Sentencia Contencioso-Administrativo Audiencia Nacional. Sala de lo Contencioso-Administrativo. Sección Sexta, Rec. 2366/2021 de 12 de febrero del 2025

PRIMERO.-Impugna la representación procesal de la UNIVERSIDAD CARLOS III de Madrid la Resolución de 24 de junio de 2021, del Ministro de Ciencia e Innovación y de la Presidencia de la Agencia Estatal de Investigación, dictada por delegación por el Director de la Agencia Estatal de Investigación, por la que se desestima el recurso de reposición por ella interpuesto contra la Resolución de reintegro de la ayuda SEJ2007-6516 por la que se acuerda el reintegro parcial de la subvención concedida para la realización del proyecto de investigación- referencia SEJ2007-65169-, denominado "MARKET STRUCTURE MARKET FRICTIONS AND HOUSEHOLD SAVING ANDA LABOR SUPPLY DECISIONS, ascendiendo la suma a reintegrar a 53.445,82 euros.

Por Resolución de la Secretaría de Estado de Universidades e Investigación de 3 de agosto de 2007, se concedió al interesado (Q2818029G) una ayuda para la realización del proyecto de investigación cuya referencia es SEJ2007-65169, denominado "MARKET STRUCTURE MARKETFRICTIONS AND HOUSEHOLD SAVING ANDA LABOR SUPPLY DECISIONS". Para la resolución del presente recurso conviene poner de manifiesto los siguientes antecedentes al amparo de la Orden ECI/4073/2004, de 30 de Noviembre de 2004, por la que se establecieron las bases reguladoras de la concesión de ayudas para la realización de proyectos de investigación en el marco del Plan Nacional de I+D+i 2004-2007 (BOE de 11/12/2004) y la Resolución de 29 de Septiembre de 2006, de la Secretaria de Estado de Universidades e Investigación, por la que se hacía pública la convocatoria de ayudas para la realización de proyectos de investigación, en el marco de algunos Programas Nacionales del Plan Nacional de Investigación Científica, Desarrollo e Innovación Tecnológica 2004-2007 (publicada en el BOE el 11 de octubre de 2006).

El 4 de mayo de 2018, la Agencia Estatal de Investigación, acordó el inicio del procedimiento de reintegro del importe del remanente no justificado, notificándose a la interesada el 15 de mayo siguiente.

El 13 de septiembre de 2018 se dictó resolución de reintegro parcial de la ayuda concedida a la entidad recurrente, resolviéndose un defecto de justificación de la subvención por importe de 43.426,97 €, en los términos previstos en el Título II, Capítulo I de la Ley General de Subvenciones.

La cuantificación final de la ejecución de la ayuda de referencia fue la siguiente:

La resolución ahora impugnada rechazó el motivo de impugnación que invocaba la prescripción del derecho de reintegro "de las anualidades 2007, 2008 y 2009", al haber trascurrido más de 4 años desde la fecha de "justificación de dichas anualidades (31 de diciembre de 2007, 16 de abril de 2009 y 24 de febrero de 2010)", y el 7 de julio de 2014, fecha de notificación del requerimiento subsanación, argumentando lo siguiente:

"Revisado el expediente, y con relación a esta alegación, cabe decir que, la ayuda SEJ2007- 65169 se concedió como una única ayuda, con un presupuesto único total, y con un plazo de ejecución plurianual, cuya fecha prevista de finalización de la ejecución era el año 2010, de acuerdo con la Resolución de concesión de fecha 3 de agosto de 2007. El 26 de mayo de 2010, tras petición razonada, se concede una ampliación del plazo de ejecución de la ayuda hasta el año 2011.

De acuerdo con el apartado decimoctavo de la Convocatoria, que regula la justificación económica de la ayuda, el beneficiario debe presentar informes anuales de seguimiento científico y económico y un INFORME FINAL al concluir la ejecución total del proyecto, con independencia a la forma en la que se fuera liberando cada año el pago.

Teniendo en cuenta que la entidad beneficiaria realizó el 30 de marzo de 2012 la presentación del último informe de justificación, junto con el informe final del proyecto, ha de considerarse esta fecha para el inicio del cómputo de la prescripción.

Si la notificación del requerimiento de subsanación se realizó el 7 de julio de 2014, podemos establecer que no se ha producido prescripción del procedimiento".

Por lo demás resolvía que no procedía admitir las alegaciones contenidas en el recurso de reposición en las que la recurrente manifestaba su desacuerdo con la retirada de determinados gastos, en concepto de viajes, de gastos personales de los investigadores (cuotas de sociedades), así como como de software generalista; y con la cuantía que deben reintegrar al entender que la cifra es errónea, teniendo en cuenta los gastos e importes rechazados, ni los nuevos documentos presentados, por no haber sido realizadas ni presentados en el momento procesal oportuno, conforme a lo dispuesto en el artículo 118.párrafo segundo in fine de la Ley 39/2015, de 1 de octubre, del Procedimiento Administrativo Común de las Administraciones Públicas, y por lo que se refiere al presente caso, en el plazo otorgado tras notificación del Acuerdo de inicio, sin que esta conclusión se vea enervada por el hecho de que las correspondientes notificaciones de efectuaran en formato papel y no por medios telemáticos , por cuanto que la notificación se realizó y llego a conocimiento de la Universidad.

SEGUNDO.-Disconforme con la resolución recurrida, opone la Universidad recurrente la prescripción del derecho de la Administración a reconocer o liquidar el reintegro de los gastos presentados en las justificaciones preceptivas de las anualidades 2007, 2008 y 2009, respectivamente, por cuanto desde la fecha en que la Universidad presentó la justificación de las referidas anualidades hasta la fecha en que el Ministerio realizó una primera actuación tendente a determinar la existencia de alguna causa de reintegro y con conocimiento de la entidad beneficiaria (que fue el día 8 de julio de 2014, fecha de notificación del requerimiento de subsanación), se superó el plazo de 4 años de prescripción que establece el artículo 39.1 de la LG.

Por otro lado, discute el rechazo de los gastos de licencia de software por importe de 5.839,71 euros. Aduce que la Resolución de reintegro se fundamenta en que " solo son elegibles los gastos que sean necesarios para la ejecución del proyecto y dentro del periodo del mismo, por lo que sólo se valida un importe por concepto de un periodo de vigencia", pero que, sin embargo, se trata de un gasto elegible al 100% con independencia de la validez de la licencia: según el artículo decimotercero de la Convocatoria "Los costes susceptibles de ayuda para las entidades beneficiarias que trabajen a costes marginales se especifican en el apartado decimotercero de la orden de bases reguladoras" y decimotercero de la Orden de Bases "Costes de ejecución: costes debidamente justificados tales como los de adquisición de pequeños equipamientos científico-técnicos, material bibliográfico, material fungible, viajes, dietas, etc., así como los costes de utilización de servicios generales de apoyo a la investigación, de grandes instalaciones científicas y de buques oceanográficos". Que, en ningún momento de la Orden de Bases, en la Convocatoria ni en las instrucciones se informa de que dicho gasto es "no elegible", por lo que cabe como gasto dentro de "costes debidamente justificados tales como los de adquisición de pequeños equipamientos científico-técnicos, material bibliográfico, material fungible, viajes, dietas, etc.".

Se añade que dichos gastos han quedado debidamente justificados. Que la ayuda al Proyecto se ha realizado bajo la modalidad de costes marginales, por lo que todo el gasto del material inventariable, incluido el software y sus licencias es elegible al 100% (al igual que, por ejemplo, un equipo informático) siempre y cuando el gasto se realizar en el período de ejecución del proyecto (que fue el caso) y fueran necesarios para la ejecución del proyecto (dicha necesidad se justificó en las alegaciones presentadas al Acuerdo de Inicio). Por ello, considera que debe quedar excluido del importe total de reintegro la cantidad de e 5.839,71 euros, más los intereses correspondientes.

En cuanto a los gastos de viajes, se explica en la demanda que se trata de un gasto elegible según el artículo decimotercero de la Convocatoria, "los costes susceptibles de ayuda para las entidades beneficiarias que trabajen a costes marginales se especifican en el apartado decimotercero de la orden de bases reguladoras" y decimotercero de la Orden de Bases "Costes de ejecución: costes debidamente justificados tales como los de adquisición de pequeños equipamientos científico-técnicos, material bibliográfico, material fungible, viajes, dietas, etc., así como los costes de utilización de servicios generales de apoyo a la investigación, de grandes instalaciones científicas y de buques oceanográficos". Que en las instrucciones de justificación simplemente se indicaba: "Viajes y dietas: deberán corresponder a personal con dedicación al proyecto, y su justificación se realizará mediante copia de los billetes correspondientes al medio de transporte utilizado y de las liquidaciones que por indemnización de alojamiento y otros gastos, hayan suscrito las personas desplazadas". Que los gastos de viajes han sido rechazados debido a que "excedían del importe de las dietas que indica el Real Decreto 462/2002, de 24 de mayo, sobre indemnizaciones por razón del servicio", aunque nunca se informó a la entidad beneficiaria de la obligatoriedad de aplicar como normativa para dietas el Real Decreto 462/2002, de 24 de mayo, sobre indemnizaciones por razón del servicio, ni en la Orden de Bases, ni en la Convocatoria ni en las instrucciones de justificación económica.

Se expone, además, que la Universidad Carlos III realiza un control y aprobación de cada gasto individual a través de la revisión y aprobación de las Comisiones de Viajes, por lo que todos los viajes realizados para poder cumplir con los objetivos científico-técnicos del proyecto SEJ2007-64500 tienen aprobación en cuanto a las limitaciones de dietas de alojamiento y manutención por parte de la Universidad Carlos III de Madrid y que en las Normas básicas de gestión de la Universidad Carlos III de Madrid se establece lo siguiente:

"Pago de dietas y otras Indemnizaciones: Se aplicará el procedimiento descrito en Campus Global. -Asuntos Económicos - Compras y gastos - Viajes y Desplazamientos- Conceptos Dietas.

Será de aplicación, con carácter general, la normativa sobre indemnizaciones por razón de servicio contenida en el Real Decreto 462/2002 de 24 de mayo del Ministerio de la Presidencia (BOE de 30/05/2002). Los becarios de investigación que efectúen labores de docencia (es decir los FPI[1]FPU y los del Programa de Formación de Doctores de la Universidad, no otro tipo de becarios, pueden solicitar anticipos con cargo a Proyectos de Investigación tal y como se prevé en el Art. 112 de los Estatutos de la Universidad.

"En el supuesto de Comisiones de Servicio a Madrid o Barcelona:

Los importes máximos permitidos por alojamiento se incrementarán para el Grupo I y II en un 40 % por noche. El Grupo III y Personal Laboral se equipará en sus importes máximos permitidos por alojamiento a la cuantía del Grupo II.

En determinadas condiciones excepcionales los responsables del Presupuesto podrán aprobar cuantías por encima de estos límites en estas u otras ciudades siempre que la Agencia de Viajes informe que no es posible encontrar alojamientos adecuados ajustados a estos topes establecidos. Para los gastos de viaje por medio de transporte, el gasto se justificará mediante la oportuna factura. Cuando el viaje se haya contratado por agencia de viaje o compañía de transporte distinta a la concertada por la Universidad, deberá acompañarse la factura de los billetes de viaje y del resguardo de las tarjetas de embarque. Como norma general, se utilizarán billetes electrónicos, se contratará vía Agencia de Viajes concertada, para contar con la cobertura de seguros ofrecida por la misma".

Y, por lo que se refiere a la existencia de un error aritmético en el cálculo de la cantidad a reintegrar, se argumenta que en la Carta de Pago se indica que el total a ingresar asciende a 53.445,82 euros. Que el desglose de esta cantidad es el siguiente:

1680 - Reint. O.C. Subvenciones cerrados 35.426,41 €

139101 - Intereses de demora subvenciones 18.016,41 €

Que la primera de las cantidades (35.426,41 €) se corresponde a la suma de los costes directos e indirectos, siendo los importes los siguientes:

Pero que, sin embargo, atendiendo al Anexo I de la Resolución del Procedimiento de Reintegro, en el que se detallan cada uno de los conceptos retirados, con indicación del importe presentado y el importe rechazado, la suma total de los costes directos no es la misma que consta en la Carta de Pago. Así, las cifras son las siguientes:

Que, por lo tanto, siendo los costes directos rechazados de 17.624,05 €, los costes indirectos ascienden a un total de 5.184,04 euros, por lo que la cantidad a devolver ascendería a 22.808,09 € y no 35.426 € como consta en la Carta de Pago

TERCERO. -La Abogacía del Estado se opone a la demanda e interesa su desestimación.

Por lo que se refiere a la prescripción del derecho de la Administración a exigir el reintegro sostiene que, tratándose de ayudas cofinanciadas con el Fondo Europeo de Desarrollo Regional (FEDER), el régimen jurídico aplicable a este tipo de subvención es el señalado en el artículo 6 de la LGS, a cuyo tenor:

"1- Las subvenciones financiadas con cargo a fondos de la Unión Europea se regirán por las normas comunitarias aplicables en cada caso y por las normas nacionales de desarrollo o transposición de aquéllas.

2. Los procedimientos de concesión y de control de las subvenciones regulados en esta ley tendrán carácter supletorio respecto de las normas de aplicación directa a las subvenciones financiadas con cargo a fondos de la Unión Europea".

Así las cosas, sostiene que "el hecho de la cofinanciación de las subvenciones con cargo a los fondos FEDER desplaza las normas nacionales a favor de las comunitarias y que no puede mantenerse que pueda existir una dualidad de regímenes aplicable a las subvenciones, en función de la existencia de una financiación con cargo a los Presupuestos Generales del Estado y otra a los fondos FEDER, porque en tal caso, las normas legales han previsto expresamente que el régimen aplicable es el comunitario; a saber, el previsto en el Reglamento (CE) nº 1083/2006 del Consejo de 11 de julio de 2006 por el que se establecen las disposiciones generales relativas al Fondo Europeo de Desarrollo Regional, al Fondo Social Europeo y al Fondo de Cohesión y se deroga el Reglamento (CE) 1260/1999 "

Recuerda que el artículo 3.1 del Reglamento (CE, Euraton) nº 2988/95 del Consejo, de 18 de diciembre de 1995, relativo a la protección de los intereses financieros de las Comunidades señala que "El plazo de prescripción de las diligencias será de cuatro años a partir de la realización de la irregularidad prevista en el apartado 1 del artículo 1. No obstante, las normas sectoriales podrán establecer un plazo inferior que no podrá ser menor de tres años.

Para las irregularidades continuas o reiteradas, el plazo de prescripción se contará a partir del día en que se haya puesto fin a la irregularidad. Para los programas plurianuales, el plazo de prescripción se extenderá en todo caso hasta el cierre definitivo del programa."

Así las cosas, en estos casos, a juicio del Abogado del Estado, el plazo de prescripción ha de computarse desde la finalización del proyecto subvencionado de forma plurianual, de acuerdo con lo establecido en el artículo 39.2 de la LGS y las disposiciones de la Convocatoria, con lo que el periodo para reintegro no puede iniciarse hasta la última justificación.

Por todo ello concluye que, habida cuenta del carácter plurianual de la ayuda que nos ocupa, el plazo de prescripción no puede iniciarse con anterioridad al 1 de marzo de 2011 y que, habiéndose interrumpido el plazo de prescripción por la notificación del requerimiento de subsanación el 14 de julio de 2014, ha de concluirse que el reintegro no está prescrito.

Por lo que respecta al gasto de material no validado, recuerda que, de acuerdo con lo establecido en el párrafo 2 del apartado 1 del artículo 118 de la LPAC (antiguo art.112) "No se tendrán en cuenta en la resolución de los recursos, hechos, documentos o alegaciones del recurrente, cuando habiendo podido aportarlos en el trámite de alegaciones no lo haya hecho".

Por lo demás, rechaza la existencia del error material que se denuncia en la demanda.

CUARTO. -Expuestos, en apretada síntesis, los términos del debate, examinaremos los motivos de impugnación articulados en la demanda, comenzando por el que denuncia la prescripción del derecho de la Administración para exigir el reintegro de la subvención concedida a la Universidad.

A estos efectos cumple manifestar con carácter previo que, aun cuando la convocatoria establecía la posibilidad de que los proyectos pudieran estar cofinanciados con Fondos FEDER, en el caso examinado no ha quedado acreditado que el proyecto de investigación- referencia SEJ2007-65169-, denominado "MARKET STRUCTURE MARKET FRICTIONS AND HOUSEHOLD SAVING ANDA LABOR SUPPLY DECISIONS hubiera sido financiado con fondos FEDER, constando, sin embargo en el folio105 del expediente administrativo, en el que se detallan los datos individuales del proyecto y, en concreto, en el apartado desglose de la cuantía concedida por fuente de financiación: "Subvención PGE".

Así las cosas, la normativa que resulta de aplicación es la Ley General de Subvenciones y su Reglamento de desarrollo y no la normativa comunitaria.

QUINTO. -Dicho lo anterior, debemos recordar que el artículo 39 de la Ley 38/2003 General de Subvenciones (LGS) establece que:

"1. Prescribirá a los cuatro años el derecho de la Administración a reconocer o liquidar el reintegro.

2. Este plazo se computará en cada caso:

a) Desde el momento en que venció el plazo para presentar la justificación por parte del beneficiario o entidad colaboradora

b) Desde el momento de la concesión, en el supuesto previsto en el apartado 7 del artículo 30

c) En el supuesto de que se hubiesen establecido condiciones u obligaciones que debieran ser cumplidas o mantenidas por parte del beneficiario o entidad colaboradora "

Como ya hemos consignado, la ayuda sobre la que versa la controversia se concedió de acuerdo con la Orden ECI/4073/2004, de 30 de Noviembre de 2004, (BOE de 11/12/2004) por la que se establecen las bases reguladoras de la concesión de ayudas para la realización de proyectos de investigación en el marco del Plan Nacional de I+D+I 2004-2007 y la Resolución de 29 de Septiembre de 2006, de la Secretaría de Estado de Universidades e Investigación por la que se hacía pública la convocatoria de ayudas para la realización de proyectos de investigación, en el marco de algunos Programas Nacionales del Plan Nacional de Investigación Científica, Desarrollo e Innovación Tecnológica 2004-2007 (BOE 11 de octubre.

La resolución de concesión estableció las siguientes condiciones a cumplir con cargo al beneficiario de la ayuda:

Pago: El pago de la primera anualidad se tramitará con motivo de la presente Resolución de concesión. El pago de las anualidades siguientes estará condicionado a la presentación de los correspondientes informes de seguimiento (científico-técnicos y económicos) y a la valoración positiva de los mismos. El pago de las anualidades posteriores estará condicionado a las disponibilidades presupuestarias.

Justificación: La justificación del empleo de las ayudas concedidas (esto es, que el gasto ha sido efectivamente realizado, desembolsado y aplicado al fin para el que se concedió la ayuda) se realizará de acuerdo con lo establecido artículo 30 de la Ley 38/2003, de 17 de noviembre, General de Subvenciones y en el apartado decimoquinto de la Resolución de convocatoria.

Emisión de informes: Hay dos tipos de informes de seguimiento: los científico-técnicos, que dan cuenta del estado de avance del proyecto en relación con sus objetivos y los económicos, que recogen las inversiones y gastos efectivamente realizados y pagados relativos al proyecto. Estos dos documentos se remitirán conjuntamente antes del 31 de marzo de cada año y contendrán la información relativa al periodo comprendido entre el uno de enero y el treinta y uno de diciembre del año anterior. El informe final se presentará en el plazo de tres meses desde la finalización del periodo de ejecución aprobado para la acción incentivada.

Documentación justificativa: Los documentos acreditativos de que la actuación subvencionada ha sido efectivamente ejecutada, así como los informes reseñados en el apartado Decimoquinto de la Resolución de convocatoria, deberán ser cumplimentados siguiendo las instrucciones de justificación que se encontrarán disponibles en la página web del Ministerio de Educación y Ciencia (www.mec.es), a través de los medios en ella indicados.

Dichas disposiciones son fiel trasunto de las establecidas en la Resolución de 29 de septiembre de 2006, de la Secretaría de Estado de Universidades e Investigación, por la que se hace pública la convocatoria de ayudas para la realización de proyectos de investigación, en el marco de algunos Programas Nacionales del Plan Nacional de Investigación Científica, Desarrollo e Innovación Tecnológica 2004-2007 (BOE de 11 de octubre) que dispone en el punto decimoquinto la forma en la que debe realizarse el pago y la justificación de las diferentes anualidades, en los siguientes términos:

"Pago, Justificación. Seguimiento científico-técnico. -Se aplicará lo dispuesto en la orden de bases reguladoras en sus apartados decimoquinto, decimoctavo y decimonoveno.

1. Tanto el importe de la subvención no financiada con FEDER como, en su caso, la parte correspondiente al anticipo reembolsable se librará por anualidades. ....

3. El importe de la subvención financiada con FEDER se librará según se vaya justificando la realización de la actividad objeto de la subvención en los términos exigidos por la normativa comunitaria. En aquellos casos en los que el beneficiario hubiera recibido un anticipo reembolsable en los términos expuestos en el apartado decimosegundo, los fondos librados serán destinados a la cancelación parcial o total del anticipo referido, conforme al procedimiento recogido en dicho apartado. ...

5. Para la realización del seguimiento científico-técnico y económico los beneficiarios deberán rendir informes de seguimiento anuales, en los términos y plazos que se establezcan en las «Instrucciones de ejecución y justificación» que figurarán como anexo a la resolución de concesión. Así mismo, los beneficiarios presentarán un informe final dentro del plazo de tres meses desde la fecha de finalización proyecto. El contenido del informe se regulará en las antedichas «Instrucciones de ejecución y justificación». (....)

7. Los informes de seguimiento anuales y el informe final incluirán la descripción de los logros y el cumplimiento de los objetivos hasta la fecha, así como la justificación económica correspondiente. Junto con el informe final se remitirá, asimismo, si procede, fotocopia compulsada del documento acreditativo del reintegro al Tesoro Público de los fondos no utilizados. ....

Como quiera que los anexos de la resolución de concesión no establecieron un plazo específico para la justificación, habrá que entender que se aplican las normas generales de la Ley 38/2003, de 17 de noviembre, General de Subvenciones, cuyo artículo 30 determina que: "2. La rendición de la cuenta justificativa constituye un acto obligatorio del beneficiario o de la entidad colaboradora, en la que se deben incluir, bajo responsabilidad del declarante, los justificantes de gasto o cualquier otro documento con validez jurídica que permitan acreditar el cumplimiento del objeto de la subvención pública. La forma de la cuenta justificativa y el plazo de rendición de la misma vendrán determinados por las correspondientes bases reguladoras de las subvenciones públicas.

A falta de previsión de las bases reguladoras, la cuenta deberá incluir declaración de las actividades realizadas que han sido financiadas con la subvención y su coste, con el desglose de cada uno de los gastos incurridos, y su presentación se realizará, como máximo, en el plazo de tres meses desde la finalización del plazo para la realización de la actividad".

En el expediente consta acreditado que la UPC presentó las siguientes justificaciones:

El Ministerio realizó un Requerimiento de subsanación con fecha 7 de julio de 2014 (notificado a la Universidad Carlos III de Madrid el 8 de julio de 2014) por lo que se interrumpió el plazo de los gastos realizados en las anualidades 2010 y 2011 (DOCUMENTO Nº21 del expediente administrativo).

Sin embargo, en el caso de los gastos de las anualidades 2007, 2008 y 2009 había prescrito el plazo para reconocer o liquidar el reintegro por haber transcurrido un plazo superior a 4 años.

Frente a los argumentos que presenta la Administración acerca del dies a quopara el cómputo del plazo de 4 años, debe resolverse la cuestión controvertida recordando que, en el caso de ayudas plurianuales, que se entregan de forma fraccionada y se sujetan a justificaciones anuales, de las que depende la percepción de la anualidad siguiente, cada uno de estos tramos de la ayuda tiene una autonomía propia, de acuerdo con la regulación específica de estas. Tal y como hemos expresado, las subvenciones se concedieron por anualidades, exigiéndose un seguimiento y una justificación científica y económica a la que se subordinó la percepción de la siguiente anualidad. Por lo tanto, cada una de esas percepciones requiere una justificación en plazo, que a su vez determina conforme al artículo 39.2, a) que se inicie el plazo de prescripción para la liquidación de la subvención, tras el cual no cabe llevarla a cabo, por prescripción de la acción.

En otros supuestos semejantes hemos hecho estas mismas consideraciones, recordando a su vez los precedentes de la Sala y la Jurisprudencia que en esta materia ha establecido el Tribunal Supremo. Cabe citar el recurso de casación para unificación de Doctrina 162/2016, en el que el Tribunal Supremo ( Tribunal Supremo, Sala Tercera, de lo Contencioso-administrativo, Sección 3ª, Sentencia 1994/2016 de 27 Julio 2016, Rec. 162/2016, ECLI: ES:TS :2016:3918, FD 4º) razona:

"Esta Sala ha señalado los siguientes criterios sobre el inicio del plazo de prescripción, en relación con las distintas obligaciones a que se condiciona la concesión de una subvención, en la sentencia de 30 de julio de 2013 (recurso 213/2012 ), que cita la propia sentencia impugnada:

No es posible admitir la posición de la Administración en relación con un plazo único de prescripción para todas las obligaciones que comenzaría a correr a partir del fin del plazo para la última de ellas y que cualquier actuación, de forma general y absoluta, interrumpe tal plazo de prescripción. Finalizado el plazo de cumplimiento de una concreta obligación, el plazo de comprobación sobre la misma empieza a correr en beneficio de la empresa receptora de la subvención; el criterio contrario carece de justificación, pues cada condición es autónoma y ha sido establecido con distintos requisitos, y es congruente con ello que el plazo de comprobación se corresponda con cada una de las obligaciones estipuladas en la subvención. En consecuencia, habrá que estar al sentido de las actuaciones de comprobación para ver si efectivamente han supuesto una interrupción general de los plazos o si están referidos a una concreta causa de incumplimiento".

SEXTO. -Di cho lo anterior, los restantes motivos de impugnación articulados en la demanda quedarían circunscritos a los reintegros correspondientes a las anualidades 2010 y 2011.

Pues bien, realizada esta precisión debemos resolver si es posible efectuar nuevas alegaciones y/o subsanar, con ocasión de la interposición de un recurso de reposición, la falta de presentación de los documentos.

Para ello conviene recordar que el artículo 118.párrafo segundo in fine de la Ley 39/2015, de 1 de octubre, del Procedimiento Administrativo Común de las Administraciones Públicas, viene a cercenar esta posibilidad al disponer que no se tendrán en cuenta en la resolución de los recursos, hechos, documentos o alegaciones del recurrente, cuando habiendo podido aportarlos en el trámite de alegaciones no lo haya hecho y, además, descarta de forma expresa la posibilidad de solicitar con ocasión de la interposición de un recurso administrativo la práctica de pruebas cuando su falta de realización en el procedimiento en el que se dictó la resolución recurrida fuera imputable al interesado.

Dicho lo anterior, interesa poner de manifiesto que para los procedimientos tributarios la admisión de documentos en vía de recurso de reposición, e incluso en el seno de la reclamación económica administrativa, es la regla general, de acuerdo con la doctrina contenida en las Sentencias de la Sala 3º del Tribunal Supremo de 20 de abril de 2017, de 10 de septiembre de 2018 ( ROJ: STS 3091/2018 - ECLI:ES:TS: 2018:3091) y de 19 de mayo de 2020 ( ROJ: STS 976/2020 - ECLI:ES:TS: 2020:976), con una única excepción: que la actitud del interesado haya de reputarse abusiva o maliciosa y así se constate debida y justificadamente en el expediente.

No obstante, no hemos encontrado ninguna pronunciamiento de la Sala 3º del Tribunal Supremo que aplique esta doctrina a los procedimientos de reintegro de subvenciones como el que aquí nos ocupa y, por tanto, la regla general ha de ser la contenida en el citado artículo 118 párrafo segundo in fine de la Ley 39/2015, de 1 de octubre, del Procedimiento Administrativo Común de las Administraciones Públicas, pudiéndose únicamente y como excepción a dicha regla, admitir y entrar a examinar los documentos aportados con el recurso administrativo en los siguientes supuestos:

(i) Cuando se haya acreditado que los documentos aportados con los recursos administrativos no pudieron ser aportados en el plazo fijado en la Convocatoria por causa no imputable al interesado;

(ii) Cuando se trate de documentos respecto de los que la Administración no haya concedido el trámite de subsanación del artículo 68 de la Ley 39/2015, siendo susceptible del mismo y,

(iii) Cuando con la prueba aportada se pretenda acreditar el error material evidente padecido por la Administración en la Resolución recurrida o aclarar o matizar algún dato ya aportado e indebidamente valorado.

Pues bien, en el caso examinado no nos encontramos en ninguno de los supuestos referidos.

En consecuencia, debemos convenir con la resolución recurrida en que resultaban extemporáneas las alegaciones contenidas en el recurso de reposición en las que la recurrente manifestaba su desacuerdo con la retirada de determinados gastos, en concepto de viajes, de gastos personales de los investigadores (cuotas de sociedades), así como como de software generalista; y con la cuantía que deben reintegrar al entender que la cifra es errónea, teniendo en cuenta los gastos e importes rechazados, así como la aportación de nuevos documentos, sin que esta conclusión se vea enervada por el hecho de que las correspondientes notificaciones de efectuaran en formato papel y no por medios telemáticos , por cuanto que la notificación se realizó y llego a conocimiento de la Universidad, computándose los plazos correspondientes desde ese momento.

SÉPTIMO.- Así las cosas, el presente recurso ha de ser estimado en parte a los efectos de declarar la prescripción del derecho de reintegro de las anualidades 2007, 2008 y 2009, desestimando los motivos de impugnación aducidos en la demanda respecto del reintegro de las anualidades 2010 y 201, sin hacer especial pronunciamiento sobre pago de costas procesales.