Sentencia Contencioso-Administrativo 256/2026 Audiencia Nacional. Sala de lo Contencioso-Administrativo. Sección Sexta, Rec. 187/2020 de 14 de mayo del 2026

PRIMERO. -Por la representación de la UNIVERSIDAD DE LEÓN se interpone recurso contencioso-administrativo contra la Resolución de la Secretaria De Estado de Universidades, Investigación, Desarrollo e Innovación y Presidencia de la Agencia Estatal de Investigación de 18 de diciembre de 2019 del Recurso de Reposición interpuesto por la Universidad de León frente a la Resolución de reintegro de 13 de Junio de 2017 referida a la Ayuda AGL2009-07000.

A los efectos de resolución del presente recurso es de tener en cuenta los siguientes antecedentes:

- Por Orden PRE/621/2008, de 7 de marzo, modificada por la Orden PRE/565/2014, de 10 de abril (BOE de 11 de abril de 2014), se regulan las bases, el régimen de ayudas y la gestión de la línea instrumental de actuación de proyectos de I+D+i, en el marco del Plan Nacional de Investigación Científica, Desarrollo e Innovación Tecnológica, 2008-2011 (BOE de 8 de marzo de 2008).

- Mediante RESOLUCIÓN de 26 de diciembre de 2008, conjunta de la Secretaría de Estado de Universidades y de la Secretaría de Estado de Investigación, por la que se convocan ayudas para la realización de proyectos de investigación y acciones complementarias dentro del Programa Nacional de Proyectos de Investigación Fundamental, en el marco del VI Plan Nacional de Investigación Científica, Desarrollo e Innovación Tecnológica 2008-2011 (BOE de 31 de diciembre de 2008).

- Por Resolución de la Secretaría de Estado de Investigación de 30 de noviembre de 2009, se concedió al interesado (Q2432001B) una ayuda para la realización del proyecto cuya referencia es AGL2009-07000, denominado "APLICACIÓN DE HERRAMIENTAS GENÓMICAS Y DEL MODELADO DE LA INTERACCIÓN GXE A LOS ESQUEMAS DE SELECCIÓN DEL GANADO OVINO DE RAZA CHURRA".

- En fecha 3 de septiembre de 2015, esta Secretaría de Estado, acordó el inicio del procedimiento de reintegro del importe del remanente no justificado.

- Transcurrido el plazo de doce meses se declaró la caducidad.

- Con fecha de 18 de mayo de 2017, se incoó un segundo acuerdo de inicio, siendo notificado en fecha 18 de mayo de 2017, cumplimentando el trámite de audiencia exigido por el artículo 82 de la Ley 39/2015, de 1 de octubre, del Procedimiento Administrativo Común de las Administraciones Públicas. La entidad beneficiaria presentó alegaciones en fecha 12 de junio de 2017. Tras la revisión y el análisis de la documentación aportada, no se aceptan las alegaciones presentadas.

- Con fecha 13 de junio de 2017 se dictó resolución de reintegro parcial de la ayuda concedida a la entidad recurrente, siendo el importe del reintegro de 148.273,79€, (incluidos 35.431,08€ en concepto de intereses de demora). Por error la carta de pago que se adjuntó reflejó unos intereses de 32.431,08€ en vez de los 35.431,08€ que figuraban en el cuadro de liquidación.

- Con fecha 21 de julio de 2017 se interpone recurso de reposición contra la resolución del reintegro de 13 de junio para la ayuda AGL2009-07000.

- Por Resolución de la Secretaria De Estado de Universidades, Investigación, Desarrollo e Innovación y Presidencia de la Agencia Estatal de Investigación de 18 de diciembre de 2019, ahora recurrida, se procede a su desestimación.

SEGUNDO.- Se alega en la demanda el carácter subvencionable de las facturas 991, 1011, 1012, 1042, 1233 emitidas por AROS APPLIED BIOTECHNOLOGY.

Se razona que se ha acreditado documentalmente que la ULE sí solicitó presupuesto a tres proveedores diferentes de ese Servicio, el cual, por las peculiaridades del mismo, sólo podía ser prestado por unas pocas empresas - laboratorios en el mundo, por lo que se cumplió con el requisito previsto en el art. 31 de la Ley 38/2003, de 17 de Noviembre, General de Subvenciones. Además, de los tres presupuestos solicitados, se eligió al Laboratorio que ofertaba un precio más favorable por cada muestra, lo que hace que deba considerarse este gasto como subvencionable. Así, los Costes Directos justificados válidamente han de ascender a 178.238,45 € y los Costes Indirectos a 37.430,07 €, por lo que la única cantidad a reintegrar por la Universidad de León como consecuencia de este Proyecto de Investigación subvencionado asciende a 2.131,48 € más intereses de demora que ascenderían a 669,26 €.

Se concluye afirmando que la única cantidad a reintegrar por la Universidad de León ascendería a 2.800,74 € (2.131,48 de principal más 669,26 de intereses), lo que supone que, habiendo reintegrado la Universidad de León la cantidad de 163.101,17 € (DOCS. 1 - 4 de esta Demanda), deberá reconocerse el Derecho de la Universidad de León a obtener el reintegro de la cantidad de 160.300,43 €.

TERCERO.-El Abogado del Estado alega, en primer lugar, la falta de competencia de esta Sala para conocer del presente recurso por corresponder la competencia para conocer del mismo a los Juzgados Centrales de acuerdo con lo establecido en el art. 9.1 c) d la LJCA, y subsidiariamente, la desestimación del mismo ya que no se trata de que por la interesada debieran de solicitarse tres presupuestos, sino de que, dada la cuantía del contrato (de no haber sido fraccionado), debería haber existido un expediente de contratación.

CUARTO.- Sobre la competencia de esta Sala para conocer del presente recurso.

Se alega por el Abogado del Estado que es de aplicación el artículo 9.1 c) de la LJCA para dirimir la competencia objetiva para conocer de un recurso contra un acto de un Organismo Público como la Agencia Estatal de Investigación, no incluido en la Disposición Adicional Cuarta de la LJCA.

Por su parte el Ministerio Fiscal entiende que se impugna una resolución dictada por un órgano ejecutivo de un organismo público con personalidad jurídica propia, perteneciente al sector público estatal y con competencia en todo el territorio nacional, pero por delegación de un Secretario de Estado, que a la vez es presidente de dicha entidad pública; por lo que la competencia objetiva corresponde a la Sala de lo Contencioso Administrativo de la Audiencia Nacional.

Esta Sala ha rechazado esta alegación en numerosos autos que han rechazado las alegaciones previas formuladas por el Abogado del Estado en igual sentido.

Criterio que ahora mantenemos declarando así la competencia de esta Sala para conocer del presente recurso contencioso-administrativo.

La Agencia Estatal de Investigación es una entidad de Derecho público de las reguladas en la Ley 28/2006, de 18 de julio, de Agencias estatales para la mejora de los servicios públicos, dotada de personalidad jurídica pública, patrimonio y tesorería propios y con autonomía funcional y de gestión de conformidad con el artículo 1 de sus Estatutos aprobados por el Real Decreto 1067/2015, de 27 de noviembre, por el que se crea la Agencia Estatal de Investigación y se aprueba su Estatuto. Según su artículo 39.3 "los actos y resoluciones dictados por el presidente, el Consejo Rector y el director de la Agencia ponen fin a la vía administrativa, siendo susceptibles de impugnación en vía contencioso-administrativa, sin perjuicio del recurso potestativo de reposición".

La previsión de atribución de competencia a la Audiencia Nacional prevista en el artículo 11.1.a) de la LJCA exige que el acto o resolución de que se trate proceda de un Secretario de Estado, en el departamento ministerial correspondiente. Y en el caso analizado, de acuerdo con lo dispuesto en el artículo 8.1 del Real Decreto 1067/2015, de 27 de noviembre, por el que se crea la Agencia Estatal de Investigación, resulta que el Presidente de la Agencia es el titular de la Secretaria de Estado de Investigación, Desarrollo e Innovación.

Así las cosas, esta Sala es competente para conocer de los recursos que se interpongan contra los actos dictados por el director de la Agencia Estatal de Investigación ya sea por delegación de su presidente ya lo sea por delegación de la Secretaria de Estado de investigación, Desarrollo e Innovación, por cuanto en todo caso se trata de actos dictados por el Secretario de Estado, sin que proceda hacer ninguna distinción entre ambos supuestos.

QUINTO.- Fondo del asunto.

Como se hace constar en los antecedentes de hecho, por resolución de reintegro de 13 de junio de 2017 se acordó el reintegro parcial de la ayuda concedida por un importe de 148.273,79 € como consecuencia de no haberse aportado expediente de contratación asociado a las facturas 991, 1011, 1012, 1042, 1233.

Interpuesto recurso de reposición se alegó que los gastos correspondientes a las facturas 991, 1011, 1012, 1042 y 1233 estaban suficientemente justificados, por lo que admitidos los gastos correspondientes a dichas facturas (91.496,89 €) se debían añadir el 21% de dicha cantidad en concepto de costes indirectos (19.214,35€) que debían ser reducidos del importe a reintegrar.

Por resolución de 18 de diciembre de 2019 se procedió a la desestimación del recurso de reposición en tanto que el fundamento de la resolución de reintegro no era la falta de solicitud de tres ofertas de diferentes proveedores de acuerdo con lo establecido en el art. 31.3 de la Ley 38/2003 General de Subvenciones, sino la falta de aportación del expediente de contratación asociado a las facturas número 991, 1011, 1012, 1042, y 1233.

Siendo la causa determinante del reintegro el incumplimiento de la normativa de contratación establecida en la Ley 30/2007, de 30 de octubre, entonces vigente, resulta aplicable la doctrina establecida en la sentencia del Tribunal Supremo de 4 de octubre de 2021, recurso de casación núm. 1652/2020.

En dicha sentencia se daba respuesta a la cuestión que había suscitado interés casacional en el auto de admisión del recurso en el sentido de que "... que, salvo previsión específica en la norma reguladora de la subvención, cuando se otorga una subvención para una determinada finalidad que requiera la celebración de un contrato administrativo para la ejecución de su objeto, no es admisible que, al examinar el cumplimiento de las condiciones de la subvención ya concedida, pueda imputarse como un incumplimiento de dichas condiciones de la subvención una irregularidad formal del previo contrato administrativo, por lo que no puede ampararse una orden de reintegro en dicha irregularidad; siempre y cuando se hubiera ejecutado el objeto para el que fue otorgada la subvención".

Sobre el alcance de dicha doctrina con relación a los procedimientos de reintegro de subvenciones se ha pronunciado esta Sección en diversas ocasiones, entre otras en sentencia de 14 de junio de 2022, recurso núm. 1235/2020, dictada en un supuesto análogo al que enjuiciamos ahora.

Decíamos en dicha sentencia lo siguiente:

"A partir de aquí se trata de analizar hasta qué punto la Administración que concede la subvención puede ampararse en la falta de tramitación de un expediente de contratación para justificar el reintegro.

El Tribunal Supremo y así lo describe el Auto de admisión del recurso de 6 Jul. 2020, rec. 1652/2020 ) se ha pronunciado sobre dicha cuestión al precisar que la cuestión que presenta interés casacional y que procede resolver es si la concurrencia de un procedimiento de contratación inadecuado puede constituir causa de reintegro de una subvención, por comportar dicha irregularidad un incumplimiento, de conformidad con los arts.31.3 y 37 de la Ley 38/2003 , General de Subvenciones.

Pues bien, el Tribunal Supremo en dicha sentencia, concluye que cuando se otorga una subvención para una determinada finalidad que requiere la celebración de un contrato administrativo para la ejecución de su objeto, no es admisible que, al examinar el cumplimiento de las condiciones de la subvención ya concedida, pueda imputarse como un incumplimiento de dichas condiciones de la subvención una irregularidad formal del previo contrato administrativo. La sentencia del Tribunal Supremo anula la resolución que obligó al beneficiario de la subvención proceder a su reintegro por incumplimiento de las normas en materia de contratación, por cuanto ha procedido a la ejecución correctamente del objeto para el que fue otorgada la subvención.

En el caso analizado por la sentencia del Tribunal Supremo "el incumplimiento que se imputa al Ayuntamiento en esa resolución es que no se ha seguido el oportuno procedimiento de contratación --hechos octavo de dicha resolución--; no que no se hubiesen aportado esas tres ofertas que impone la norma que regula la subvención y no la norma que rige los contratos, que nunca se reprocha no se hubieran aportado y se acepta implícitamente por la misma Administración autonómica.

A la vista de esa discordancia y a los efectos del debate que se suscita, ha de señalarse que una cosa es la necesidad de dichas ofertas, que se establecen en el mencionado artículo 31. 3º de la LGS y otra bien diferente las formalidades que requiere un contrato de obras como el de autos. La finalidad de aquella exigencia es determinar la idoneidad de los «gastos subvencionables», exigencia que se integra, y de manera muy relevante, a la relación jurídica propia de la subvención, en cuanto mediante esa aportación variada de ofertas se pretende la trasparencia en la determinación del importe de la subvención o, mejor dicho, la determinación del correcto importe del objeto a que responde la subvención. Se pretende evitar con ello que una anormalidad en el presupuesto de la obra alterase el importe de la subvención, que está condicionado al coste de su objeto. Así pues, nada tiene que ver la imputación que se hace en la sentencia de instancia con la realidad de las cosas y ello sin perjuicio de que la ausencia de la aportación de esas tres ofertas podría subsanarse por el trámite que se establece en el artículo 83 del Reglamento de la LGS , aprobado por Real Decreto 88/2006, de 21 de julio".

Concluye la sentencia citada interpretando que "salvo previsión específica en la norma reguladora de la subvención, cuando se otorga una subvención para una determinada finalidad que requiera la celebración de un contrato administrativo para la ejecución de su objeto, no es admisible que, al examinar el cumplimiento de las condiciones de la subvención ya concedida, pueda imputarse como un incumplimiento de dichas condiciones de la subvención una irregularidad formal del previo contrato administrativo, por lo que no puede ampararse una orden de reintegro en dicha irregularidad; siempre y cuando se hubiera ejecutado el objeto para el que fue otorgada la subvención."

El criterio de esta sentencia es de plena aplicación al presente caso en el que, como se ha expuesto, se justifica el reintegro en el incumplimiento de la tramitación de un expediente de contratación y prueba de ello es la solicitud de allanamiento del Abogado del Estado en nombre de la Agencia Estatal de Investigación en los recursos801/2020 y 798/2020, entre otros, que enjuician supuestos idénticos al presente.

Procede, en consecuencia, estimar el recurso y anular las resoluciones recurridas".

Este mismo criterio lo hemos adoptado en la sentencia de 15 de abril de 2024, recurso núm. 2327/2021, en el que fue la misma Universidad Complutense la que impugnó la resolución de reintegro adoptada, también en ese caso, por la Agencia Estatal de Investigación.

Procede, por tanto, y siguiendo igual interpretación, la estimación del recurso en cuanto a la exigencia de reintegro de las facturas 991, 1011, 1012, 1042, 1233 por un importe total de 91.496.89€, dejando sin efecto el acuerdo de reintegro por dicho importe, procediéndose a dictar nueva resolución de reintegro por el importe que proceda.

SEXTO.- Procede condenar, en cuanto al pago de las costas procesales a la parte demandada, conforme al art.139 de la ley jurisdiccional y al criterio del vencimiento objetivo.

VISTOS los artículos citados y demás de general y pertinente aplicación

PRIMERO. -Por la representación de la UNIVERSIDAD DE LEÓN se interpone recurso contencioso-administrativo contra la Resolución de la Secretaria De Estado de Universidades, Investigación, Desarrollo e Innovación y Presidencia de la Agencia Estatal de Investigación de 18 de diciembre de 2019 del Recurso de Reposición interpuesto por la Universidad de León frente a la Resolución de reintegro de 13 de Junio de 2017 referida a la Ayuda AGL2009-07000.

A los efectos de resolución del presente recurso es de tener en cuenta los siguientes antecedentes:

- Por Orden PRE/621/2008, de 7 de marzo, modificada por la Orden PRE/565/2014, de 10 de abril (BOE de 11 de abril de 2014), se regulan las bases, el régimen de ayudas y la gestión de la línea instrumental de actuación de proyectos de I+D+i, en el marco del Plan Nacional de Investigación Científica, Desarrollo e Innovación Tecnológica, 2008-2011 (BOE de 8 de marzo de 2008).

- Mediante RESOLUCIÓN de 26 de diciembre de 2008, conjunta de la Secretaría de Estado de Universidades y de la Secretaría de Estado de Investigación, por la que se convocan ayudas para la realización de proyectos de investigación y acciones complementarias dentro del Programa Nacional de Proyectos de Investigación Fundamental, en el marco del VI Plan Nacional de Investigación Científica, Desarrollo e Innovación Tecnológica 2008-2011 (BOE de 31 de diciembre de 2008).

- Por Resolución de la Secretaría de Estado de Investigación de 30 de noviembre de 2009, se concedió al interesado (Q2432001B) una ayuda para la realización del proyecto cuya referencia es AGL2009-07000, denominado "APLICACIÓN DE HERRAMIENTAS GENÓMICAS Y DEL MODELADO DE LA INTERACCIÓN GXE A LOS ESQUEMAS DE SELECCIÓN DEL GANADO OVINO DE RAZA CHURRA".

- En fecha 3 de septiembre de 2015, esta Secretaría de Estado, acordó el inicio del procedimiento de reintegro del importe del remanente no justificado.

- Transcurrido el plazo de doce meses se declaró la caducidad.

- Con fecha de 18 de mayo de 2017, se incoó un segundo acuerdo de inicio, siendo notificado en fecha 18 de mayo de 2017, cumplimentando el trámite de audiencia exigido por el artículo 82 de la Ley 39/2015, de 1 de octubre, del Procedimiento Administrativo Común de las Administraciones Públicas. La entidad beneficiaria presentó alegaciones en fecha 12 de junio de 2017. Tras la revisión y el análisis de la documentación aportada, no se aceptan las alegaciones presentadas.

- Con fecha 13 de junio de 2017 se dictó resolución de reintegro parcial de la ayuda concedida a la entidad recurrente, siendo el importe del reintegro de 148.273,79€, (incluidos 35.431,08€ en concepto de intereses de demora). Por error la carta de pago que se adjuntó reflejó unos intereses de 32.431,08€ en vez de los 35.431,08€ que figuraban en el cuadro de liquidación.

- Con fecha 21 de julio de 2017 se interpone recurso de reposición contra la resolución del reintegro de 13 de junio para la ayuda AGL2009-07000.

- Por Resolución de la Secretaria De Estado de Universidades, Investigación, Desarrollo e Innovación y Presidencia de la Agencia Estatal de Investigación de 18 de diciembre de 2019, ahora recurrida, se procede a su desestimación.

SEGUNDO.- Se alega en la demanda el carácter subvencionable de las facturas 991, 1011, 1012, 1042, 1233 emitidas por AROS APPLIED BIOTECHNOLOGY.

Se razona que se ha acreditado documentalmente que la ULE sí solicitó presupuesto a tres proveedores diferentes de ese Servicio, el cual, por las peculiaridades del mismo, sólo podía ser prestado por unas pocas empresas - laboratorios en el mundo, por lo que se cumplió con el requisito previsto en el art. 31 de la Ley 38/2003, de 17 de Noviembre, General de Subvenciones. Además, de los tres presupuestos solicitados, se eligió al Laboratorio que ofertaba un precio más favorable por cada muestra, lo que hace que deba considerarse este gasto como subvencionable. Así, los Costes Directos justificados válidamente han de ascender a 178.238,45 € y los Costes Indirectos a 37.430,07 €, por lo que la única cantidad a reintegrar por la Universidad de León como consecuencia de este Proyecto de Investigación subvencionado asciende a 2.131,48 € más intereses de demora que ascenderían a 669,26 €.

Se concluye afirmando que la única cantidad a reintegrar por la Universidad de León ascendería a 2.800,74 € (2.131,48 de principal más 669,26 de intereses), lo que supone que, habiendo reintegrado la Universidad de León la cantidad de 163.101,17 € (DOCS. 1 - 4 de esta Demanda), deberá reconocerse el Derecho de la Universidad de León a obtener el reintegro de la cantidad de 160.300,43 €.

TERCERO.-El Abogado del Estado alega, en primer lugar, la falta de competencia de esta Sala para conocer del presente recurso por corresponder la competencia para conocer del mismo a los Juzgados Centrales de acuerdo con lo establecido en el art. 9.1 c) d la LJCA, y subsidiariamente, la desestimación del mismo ya que no se trata de que por la interesada debieran de solicitarse tres presupuestos, sino de que, dada la cuantía del contrato (de no haber sido fraccionado), debería haber existido un expediente de contratación.

CUARTO.- Sobre la competencia de esta Sala para conocer del presente recurso.

Se alega por el Abogado del Estado que es de aplicación el artículo 9.1 c) de la LJCA para dirimir la competencia objetiva para conocer de un recurso contra un acto de un Organismo Público como la Agencia Estatal de Investigación, no incluido en la Disposición Adicional Cuarta de la LJCA.

Por su parte el Ministerio Fiscal entiende que se impugna una resolución dictada por un órgano ejecutivo de un organismo público con personalidad jurídica propia, perteneciente al sector público estatal y con competencia en todo el territorio nacional, pero por delegación de un Secretario de Estado, que a la vez es presidente de dicha entidad pública; por lo que la competencia objetiva corresponde a la Sala de lo Contencioso Administrativo de la Audiencia Nacional.

Esta Sala ha rechazado esta alegación en numerosos autos que han rechazado las alegaciones previas formuladas por el Abogado del Estado en igual sentido.

Criterio que ahora mantenemos declarando así la competencia de esta Sala para conocer del presente recurso contencioso-administrativo.

La Agencia Estatal de Investigación es una entidad de Derecho público de las reguladas en la Ley 28/2006, de 18 de julio, de Agencias estatales para la mejora de los servicios públicos, dotada de personalidad jurídica pública, patrimonio y tesorería propios y con autonomía funcional y de gestión de conformidad con el artículo 1 de sus Estatutos aprobados por el Real Decreto 1067/2015, de 27 de noviembre, por el que se crea la Agencia Estatal de Investigación y se aprueba su Estatuto. Según su artículo 39.3 "los actos y resoluciones dictados por el presidente, el Consejo Rector y el director de la Agencia ponen fin a la vía administrativa, siendo susceptibles de impugnación en vía contencioso-administrativa, sin perjuicio del recurso potestativo de reposición".

La previsión de atribución de competencia a la Audiencia Nacional prevista en el artículo 11.1.a) de la LJCA exige que el acto o resolución de que se trate proceda de un Secretario de Estado, en el departamento ministerial correspondiente. Y en el caso analizado, de acuerdo con lo dispuesto en el artículo 8.1 del Real Decreto 1067/2015, de 27 de noviembre, por el que se crea la Agencia Estatal de Investigación, resulta que el Presidente de la Agencia es el titular de la Secretaria de Estado de Investigación, Desarrollo e Innovación.

Así las cosas, esta Sala es competente para conocer de los recursos que se interpongan contra los actos dictados por el director de la Agencia Estatal de Investigación ya sea por delegación de su presidente ya lo sea por delegación de la Secretaria de Estado de investigación, Desarrollo e Innovación, por cuanto en todo caso se trata de actos dictados por el Secretario de Estado, sin que proceda hacer ninguna distinción entre ambos supuestos.

QUINTO.- Fondo del asunto.

Como se hace constar en los antecedentes de hecho, por resolución de reintegro de 13 de junio de 2017 se acordó el reintegro parcial de la ayuda concedida por un importe de 148.273,79 € como consecuencia de no haberse aportado expediente de contratación asociado a las facturas 991, 1011, 1012, 1042, 1233.

Interpuesto recurso de reposición se alegó que los gastos correspondientes a las facturas 991, 1011, 1012, 1042 y 1233 estaban suficientemente justificados, por lo que admitidos los gastos correspondientes a dichas facturas (91.496,89 €) se debían añadir el 21% de dicha cantidad en concepto de costes indirectos (19.214,35€) que debían ser reducidos del importe a reintegrar.

Por resolución de 18 de diciembre de 2019 se procedió a la desestimación del recurso de reposición en tanto que el fundamento de la resolución de reintegro no era la falta de solicitud de tres ofertas de diferentes proveedores de acuerdo con lo establecido en el art. 31.3 de la Ley 38/2003 General de Subvenciones, sino la falta de aportación del expediente de contratación asociado a las facturas número 991, 1011, 1012, 1042, y 1233.

Siendo la causa determinante del reintegro el incumplimiento de la normativa de contratación establecida en la Ley 30/2007, de 30 de octubre, entonces vigente, resulta aplicable la doctrina establecida en la sentencia del Tribunal Supremo de 4 de octubre de 2021, recurso de casación núm. 1652/2020.

En dicha sentencia se daba respuesta a la cuestión que había suscitado interés casacional en el auto de admisión del recurso en el sentido de que "... que, salvo previsión específica en la norma reguladora de la subvención, cuando se otorga una subvención para una determinada finalidad que requiera la celebración de un contrato administrativo para la ejecución de su objeto, no es admisible que, al examinar el cumplimiento de las condiciones de la subvención ya concedida, pueda imputarse como un incumplimiento de dichas condiciones de la subvención una irregularidad formal del previo contrato administrativo, por lo que no puede ampararse una orden de reintegro en dicha irregularidad; siempre y cuando se hubiera ejecutado el objeto para el que fue otorgada la subvención".

Sobre el alcance de dicha doctrina con relación a los procedimientos de reintegro de subvenciones se ha pronunciado esta Sección en diversas ocasiones, entre otras en sentencia de 14 de junio de 2022, recurso núm. 1235/2020, dictada en un supuesto análogo al que enjuiciamos ahora.

Decíamos en dicha sentencia lo siguiente:

"A partir de aquí se trata de analizar hasta qué punto la Administración que concede la subvención puede ampararse en la falta de tramitación de un expediente de contratación para justificar el reintegro.

El Tribunal Supremo y así lo describe el Auto de admisión del recurso de 6 Jul. 2020, rec. 1652/2020 ) se ha pronunciado sobre dicha cuestión al precisar que la cuestión que presenta interés casacional y que procede resolver es si la concurrencia de un procedimiento de contratación inadecuado puede constituir causa de reintegro de una subvención, por comportar dicha irregularidad un incumplimiento, de conformidad con los arts.31.3 y 37 de la Ley 38/2003 , General de Subvenciones.

Pues bien, el Tribunal Supremo en dicha sentencia, concluye que cuando se otorga una subvención para una determinada finalidad que requiere la celebración de un contrato administrativo para la ejecución de su objeto, no es admisible que, al examinar el cumplimiento de las condiciones de la subvención ya concedida, pueda imputarse como un incumplimiento de dichas condiciones de la subvención una irregularidad formal del previo contrato administrativo. La sentencia del Tribunal Supremo anula la resolución que obligó al beneficiario de la subvención proceder a su reintegro por incumplimiento de las normas en materia de contratación, por cuanto ha procedido a la ejecución correctamente del objeto para el que fue otorgada la subvención.

En el caso analizado por la sentencia del Tribunal Supremo "el incumplimiento que se imputa al Ayuntamiento en esa resolución es que no se ha seguido el oportuno procedimiento de contratación --hechos octavo de dicha resolución--; no que no se hubiesen aportado esas tres ofertas que impone la norma que regula la subvención y no la norma que rige los contratos, que nunca se reprocha no se hubieran aportado y se acepta implícitamente por la misma Administración autonómica.

A la vista de esa discordancia y a los efectos del debate que se suscita, ha de señalarse que una cosa es la necesidad de dichas ofertas, que se establecen en el mencionado artículo 31. 3º de la LGS y otra bien diferente las formalidades que requiere un contrato de obras como el de autos. La finalidad de aquella exigencia es determinar la idoneidad de los «gastos subvencionables», exigencia que se integra, y de manera muy relevante, a la relación jurídica propia de la subvención, en cuanto mediante esa aportación variada de ofertas se pretende la trasparencia en la determinación del importe de la subvención o, mejor dicho, la determinación del correcto importe del objeto a que responde la subvención. Se pretende evitar con ello que una anormalidad en el presupuesto de la obra alterase el importe de la subvención, que está condicionado al coste de su objeto. Así pues, nada tiene que ver la imputación que se hace en la sentencia de instancia con la realidad de las cosas y ello sin perjuicio de que la ausencia de la aportación de esas tres ofertas podría subsanarse por el trámite que se establece en el artículo 83 del Reglamento de la LGS , aprobado por Real Decreto 88/2006, de 21 de julio".

Concluye la sentencia citada interpretando que "salvo previsión específica en la norma reguladora de la subvención, cuando se otorga una subvención para una determinada finalidad que requiera la celebración de un contrato administrativo para la ejecución de su objeto, no es admisible que, al examinar el cumplimiento de las condiciones de la subvención ya concedida, pueda imputarse como un incumplimiento de dichas condiciones de la subvención una irregularidad formal del previo contrato administrativo, por lo que no puede ampararse una orden de reintegro en dicha irregularidad; siempre y cuando se hubiera ejecutado el objeto para el que fue otorgada la subvención."

El criterio de esta sentencia es de plena aplicación al presente caso en el que, como se ha expuesto, se justifica el reintegro en el incumplimiento de la tramitación de un expediente de contratación y prueba de ello es la solicitud de allanamiento del Abogado del Estado en nombre de la Agencia Estatal de Investigación en los recursos801/2020 y 798/2020, entre otros, que enjuician supuestos idénticos al presente.

Procede, en consecuencia, estimar el recurso y anular las resoluciones recurridas".

Este mismo criterio lo hemos adoptado en la sentencia de 15 de abril de 2024, recurso núm. 2327/2021, en el que fue la misma Universidad Complutense la que impugnó la resolución de reintegro adoptada, también en ese caso, por la Agencia Estatal de Investigación.

Procede, por tanto, y siguiendo igual interpretación, la estimación del recurso en cuanto a la exigencia de reintegro de las facturas 991, 1011, 1012, 1042, 1233 por un importe total de 91.496.89€, dejando sin efecto el acuerdo de reintegro por dicho importe, procediéndose a dictar nueva resolución de reintegro por el importe que proceda.

SEXTO.- Procede condenar, en cuanto al pago de las costas procesales a la parte demandada, conforme al art.139 de la ley jurisdiccional y al criterio del vencimiento objetivo.

VISTOS los artículos citados y demás de general y pertinente aplicación

PRIMERO. -Por la representación de la UNIVERSIDAD DE LEÓN se interpone recurso contencioso-administrativo contra la Resolución de la Secretaria De Estado de Universidades, Investigación, Desarrollo e Innovación y Presidencia de la Agencia Estatal de Investigación de 18 de diciembre de 2019 del Recurso de Reposición interpuesto por la Universidad de León frente a la Resolución de reintegro de 13 de Junio de 2017 referida a la Ayuda AGL2009-07000.

A los efectos de resolución del presente recurso es de tener en cuenta los siguientes antecedentes:

- Por Orden PRE/621/2008, de 7 de marzo, modificada por la Orden PRE/565/2014, de 10 de abril (BOE de 11 de abril de 2014), se regulan las bases, el régimen de ayudas y la gestión de la línea instrumental de actuación de proyectos de I+D+i, en el marco del Plan Nacional de Investigación Científica, Desarrollo e Innovación Tecnológica, 2008-2011 (BOE de 8 de marzo de 2008).

- Mediante RESOLUCIÓN de 26 de diciembre de 2008, conjunta de la Secretaría de Estado de Universidades y de la Secretaría de Estado de Investigación, por la que se convocan ayudas para la realización de proyectos de investigación y acciones complementarias dentro del Programa Nacional de Proyectos de Investigación Fundamental, en el marco del VI Plan Nacional de Investigación Científica, Desarrollo e Innovación Tecnológica 2008-2011 (BOE de 31 de diciembre de 2008).

- Por Resolución de la Secretaría de Estado de Investigación de 30 de noviembre de 2009, se concedió al interesado (Q2432001B) una ayuda para la realización del proyecto cuya referencia es AGL2009-07000, denominado "APLICACIÓN DE HERRAMIENTAS GENÓMICAS Y DEL MODELADO DE LA INTERACCIÓN GXE A LOS ESQUEMAS DE SELECCIÓN DEL GANADO OVINO DE RAZA CHURRA".

- En fecha 3 de septiembre de 2015, esta Secretaría de Estado, acordó el inicio del procedimiento de reintegro del importe del remanente no justificado.

- Transcurrido el plazo de doce meses se declaró la caducidad.

- Con fecha de 18 de mayo de 2017, se incoó un segundo acuerdo de inicio, siendo notificado en fecha 18 de mayo de 2017, cumplimentando el trámite de audiencia exigido por el artículo 82 de la Ley 39/2015, de 1 de octubre, del Procedimiento Administrativo Común de las Administraciones Públicas. La entidad beneficiaria presentó alegaciones en fecha 12 de junio de 2017. Tras la revisión y el análisis de la documentación aportada, no se aceptan las alegaciones presentadas.

- Con fecha 13 de junio de 2017 se dictó resolución de reintegro parcial de la ayuda concedida a la entidad recurrente, siendo el importe del reintegro de 148.273,79€, (incluidos 35.431,08€ en concepto de intereses de demora). Por error la carta de pago que se adjuntó reflejó unos intereses de 32.431,08€ en vez de los 35.431,08€ que figuraban en el cuadro de liquidación.

- Con fecha 21 de julio de 2017 se interpone recurso de reposición contra la resolución del reintegro de 13 de junio para la ayuda AGL2009-07000.

- Por Resolución de la Secretaria De Estado de Universidades, Investigación, Desarrollo e Innovación y Presidencia de la Agencia Estatal de Investigación de 18 de diciembre de 2019, ahora recurrida, se procede a su desestimación.

SEGUNDO.- Se alega en la demanda el carácter subvencionable de las facturas 991, 1011, 1012, 1042, 1233 emitidas por AROS APPLIED BIOTECHNOLOGY.

Se razona que se ha acreditado documentalmente que la ULE sí solicitó presupuesto a tres proveedores diferentes de ese Servicio, el cual, por las peculiaridades del mismo, sólo podía ser prestado por unas pocas empresas - laboratorios en el mundo, por lo que se cumplió con el requisito previsto en el art. 31 de la Ley 38/2003, de 17 de Noviembre, General de Subvenciones. Además, de los tres presupuestos solicitados, se eligió al Laboratorio que ofertaba un precio más favorable por cada muestra, lo que hace que deba considerarse este gasto como subvencionable. Así, los Costes Directos justificados válidamente han de ascender a 178.238,45 € y los Costes Indirectos a 37.430,07 €, por lo que la única cantidad a reintegrar por la Universidad de León como consecuencia de este Proyecto de Investigación subvencionado asciende a 2.131,48 € más intereses de demora que ascenderían a 669,26 €.

Se concluye afirmando que la única cantidad a reintegrar por la Universidad de León ascendería a 2.800,74 € (2.131,48 de principal más 669,26 de intereses), lo que supone que, habiendo reintegrado la Universidad de León la cantidad de 163.101,17 € (DOCS. 1 - 4 de esta Demanda), deberá reconocerse el Derecho de la Universidad de León a obtener el reintegro de la cantidad de 160.300,43 €.

TERCERO.-El Abogado del Estado alega, en primer lugar, la falta de competencia de esta Sala para conocer del presente recurso por corresponder la competencia para conocer del mismo a los Juzgados Centrales de acuerdo con lo establecido en el art. 9.1 c) d la LJCA, y subsidiariamente, la desestimación del mismo ya que no se trata de que por la interesada debieran de solicitarse tres presupuestos, sino de que, dada la cuantía del contrato (de no haber sido fraccionado), debería haber existido un expediente de contratación.

CUARTO.- Sobre la competencia de esta Sala para conocer del presente recurso.

Se alega por el Abogado del Estado que es de aplicación el artículo 9.1 c) de la LJCA para dirimir la competencia objetiva para conocer de un recurso contra un acto de un Organismo Público como la Agencia Estatal de Investigación, no incluido en la Disposición Adicional Cuarta de la LJCA.

Por su parte el Ministerio Fiscal entiende que se impugna una resolución dictada por un órgano ejecutivo de un organismo público con personalidad jurídica propia, perteneciente al sector público estatal y con competencia en todo el territorio nacional, pero por delegación de un Secretario de Estado, que a la vez es presidente de dicha entidad pública; por lo que la competencia objetiva corresponde a la Sala de lo Contencioso Administrativo de la Audiencia Nacional.

Esta Sala ha rechazado esta alegación en numerosos autos que han rechazado las alegaciones previas formuladas por el Abogado del Estado en igual sentido.

Criterio que ahora mantenemos declarando así la competencia de esta Sala para conocer del presente recurso contencioso-administrativo.

La Agencia Estatal de Investigación es una entidad de Derecho público de las reguladas en la Ley 28/2006, de 18 de julio, de Agencias estatales para la mejora de los servicios públicos, dotada de personalidad jurídica pública, patrimonio y tesorería propios y con autonomía funcional y de gestión de conformidad con el artículo 1 de sus Estatutos aprobados por el Real Decreto 1067/2015, de 27 de noviembre, por el que se crea la Agencia Estatal de Investigación y se aprueba su Estatuto. Según su artículo 39.3 "los actos y resoluciones dictados por el presidente, el Consejo Rector y el director de la Agencia ponen fin a la vía administrativa, siendo susceptibles de impugnación en vía contencioso-administrativa, sin perjuicio del recurso potestativo de reposición".

La previsión de atribución de competencia a la Audiencia Nacional prevista en el artículo 11.1.a) de la LJCA exige que el acto o resolución de que se trate proceda de un Secretario de Estado, en el departamento ministerial correspondiente. Y en el caso analizado, de acuerdo con lo dispuesto en el artículo 8.1 del Real Decreto 1067/2015, de 27 de noviembre, por el que se crea la Agencia Estatal de Investigación, resulta que el Presidente de la Agencia es el titular de la Secretaria de Estado de Investigación, Desarrollo e Innovación.

Así las cosas, esta Sala es competente para conocer de los recursos que se interpongan contra los actos dictados por el director de la Agencia Estatal de Investigación ya sea por delegación de su presidente ya lo sea por delegación de la Secretaria de Estado de investigación, Desarrollo e Innovación, por cuanto en todo caso se trata de actos dictados por el Secretario de Estado, sin que proceda hacer ninguna distinción entre ambos supuestos.

QUINTO.- Fondo del asunto.

Como se hace constar en los antecedentes de hecho, por resolución de reintegro de 13 de junio de 2017 se acordó el reintegro parcial de la ayuda concedida por un importe de 148.273,79 € como consecuencia de no haberse aportado expediente de contratación asociado a las facturas 991, 1011, 1012, 1042, 1233.

Interpuesto recurso de reposición se alegó que los gastos correspondientes a las facturas 991, 1011, 1012, 1042 y 1233 estaban suficientemente justificados, por lo que admitidos los gastos correspondientes a dichas facturas (91.496,89 €) se debían añadir el 21% de dicha cantidad en concepto de costes indirectos (19.214,35€) que debían ser reducidos del importe a reintegrar.

Por resolución de 18 de diciembre de 2019 se procedió a la desestimación del recurso de reposición en tanto que el fundamento de la resolución de reintegro no era la falta de solicitud de tres ofertas de diferentes proveedores de acuerdo con lo establecido en el art. 31.3 de la Ley 38/2003 General de Subvenciones, sino la falta de aportación del expediente de contratación asociado a las facturas número 991, 1011, 1012, 1042, y 1233.

Siendo la causa determinante del reintegro el incumplimiento de la normativa de contratación establecida en la Ley 30/2007, de 30 de octubre, entonces vigente, resulta aplicable la doctrina establecida en la sentencia del Tribunal Supremo de 4 de octubre de 2021, recurso de casación núm. 1652/2020.

En dicha sentencia se daba respuesta a la cuestión que había suscitado interés casacional en el auto de admisión del recurso en el sentido de que "... que, salvo previsión específica en la norma reguladora de la subvención, cuando se otorga una subvención para una determinada finalidad que requiera la celebración de un contrato administrativo para la ejecución de su objeto, no es admisible que, al examinar el cumplimiento de las condiciones de la subvención ya concedida, pueda imputarse como un incumplimiento de dichas condiciones de la subvención una irregularidad formal del previo contrato administrativo, por lo que no puede ampararse una orden de reintegro en dicha irregularidad; siempre y cuando se hubiera ejecutado el objeto para el que fue otorgada la subvención".

Sobre el alcance de dicha doctrina con relación a los procedimientos de reintegro de subvenciones se ha pronunciado esta Sección en diversas ocasiones, entre otras en sentencia de 14 de junio de 2022, recurso núm. 1235/2020, dictada en un supuesto análogo al que enjuiciamos ahora.

Decíamos en dicha sentencia lo siguiente:

"A partir de aquí se trata de analizar hasta qué punto la Administración que concede la subvención puede ampararse en la falta de tramitación de un expediente de contratación para justificar el reintegro.

El Tribunal Supremo y así lo describe el Auto de admisión del recurso de 6 Jul. 2020, rec. 1652/2020 ) se ha pronunciado sobre dicha cuestión al precisar que la cuestión que presenta interés casacional y que procede resolver es si la concurrencia de un procedimiento de contratación inadecuado puede constituir causa de reintegro de una subvención, por comportar dicha irregularidad un incumplimiento, de conformidad con los arts.31.3 y 37 de la Ley 38/2003 , General de Subvenciones.

Pues bien, el Tribunal Supremo en dicha sentencia, concluye que cuando se otorga una subvención para una determinada finalidad que requiere la celebración de un contrato administrativo para la ejecución de su objeto, no es admisible que, al examinar el cumplimiento de las condiciones de la subvención ya concedida, pueda imputarse como un incumplimiento de dichas condiciones de la subvención una irregularidad formal del previo contrato administrativo. La sentencia del Tribunal Supremo anula la resolución que obligó al beneficiario de la subvención proceder a su reintegro por incumplimiento de las normas en materia de contratación, por cuanto ha procedido a la ejecución correctamente del objeto para el que fue otorgada la subvención.

En el caso analizado por la sentencia del Tribunal Supremo "el incumplimiento que se imputa al Ayuntamiento en esa resolución es que no se ha seguido el oportuno procedimiento de contratación --hechos octavo de dicha resolución--; no que no se hubiesen aportado esas tres ofertas que impone la norma que regula la subvención y no la norma que rige los contratos, que nunca se reprocha no se hubieran aportado y se acepta implícitamente por la misma Administración autonómica.

A la vista de esa discordancia y a los efectos del debate que se suscita, ha de señalarse que una cosa es la necesidad de dichas ofertas, que se establecen en el mencionado artículo 31. 3º de la LGS y otra bien diferente las formalidades que requiere un contrato de obras como el de autos. La finalidad de aquella exigencia es determinar la idoneidad de los «gastos subvencionables», exigencia que se integra, y de manera muy relevante, a la relación jurídica propia de la subvención, en cuanto mediante esa aportación variada de ofertas se pretende la trasparencia en la determinación del importe de la subvención o, mejor dicho, la determinación del correcto importe del objeto a que responde la subvención. Se pretende evitar con ello que una anormalidad en el presupuesto de la obra alterase el importe de la subvención, que está condicionado al coste de su objeto. Así pues, nada tiene que ver la imputación que se hace en la sentencia de instancia con la realidad de las cosas y ello sin perjuicio de que la ausencia de la aportación de esas tres ofertas podría subsanarse por el trámite que se establece en el artículo 83 del Reglamento de la LGS , aprobado por Real Decreto 88/2006, de 21 de julio".

Concluye la sentencia citada interpretando que "salvo previsión específica en la norma reguladora de la subvención, cuando se otorga una subvención para una determinada finalidad que requiera la celebración de un contrato administrativo para la ejecución de su objeto, no es admisible que, al examinar el cumplimiento de las condiciones de la subvención ya concedida, pueda imputarse como un incumplimiento de dichas condiciones de la subvención una irregularidad formal del previo contrato administrativo, por lo que no puede ampararse una orden de reintegro en dicha irregularidad; siempre y cuando se hubiera ejecutado el objeto para el que fue otorgada la subvención."

El criterio de esta sentencia es de plena aplicación al presente caso en el que, como se ha expuesto, se justifica el reintegro en el incumplimiento de la tramitación de un expediente de contratación y prueba de ello es la solicitud de allanamiento del Abogado del Estado en nombre de la Agencia Estatal de Investigación en los recursos801/2020 y 798/2020, entre otros, que enjuician supuestos idénticos al presente.

Procede, en consecuencia, estimar el recurso y anular las resoluciones recurridas".

Este mismo criterio lo hemos adoptado en la sentencia de 15 de abril de 2024, recurso núm. 2327/2021, en el que fue la misma Universidad Complutense la que impugnó la resolución de reintegro adoptada, también en ese caso, por la Agencia Estatal de Investigación.

Procede, por tanto, y siguiendo igual interpretación, la estimación del recurso en cuanto a la exigencia de reintegro de las facturas 991, 1011, 1012, 1042, 1233 por un importe total de 91.496.89€, dejando sin efecto el acuerdo de reintegro por dicho importe, procediéndose a dictar nueva resolución de reintegro por el importe que proceda.

SEXTO.- Procede condenar, en cuanto al pago de las costas procesales a la parte demandada, conforme al art.139 de la ley jurisdiccional y al criterio del vencimiento objetivo.

VISTOS los artículos citados y demás de general y pertinente aplicación