Sentencia Contencioso-Administrativo 1936/2024 Tribunal Supremo. Sala de lo Contencioso-Administrativo. Sección Segunda, Rec. 2606/2023 de 09 de diciembre del 2024

PRIMERO. Objeto del presente recurso de casación y hechos relevantes para su resolución.

1.El objeto de este recurso de casación, desde la perspectiva del interés casacional objetivo para formar jurisprudencia, consiste en determinar si los efectos preclusivos que impone el art. 140 LGT, en el procedimiento de comprobación limitada, se mantienen, aunque se compruebe, con ocasión de la tramitación de un procedimiento inspector posterior, que tal resultado contradice, a su vez, lo consignado en una liquidación previa que había alcanzado firmeza.

Asimismo, se nos requiere precisar qué actuación resulta exigible a la Administración cuando advierta la existencia de una liquidación tributaria girada en un procedimiento de gestión, favorable al contribuyente y contradictoria con otra anterior liquidación dictada en un previo procedimiento de inspección. En particular, si puede tal regularización ser objeto, a su vez, de una tercera comprobación que agrave la situación jurídica del contribuyente, sin someterse a las reglas sobre revisión de oficio de los actos favorables, para efectuar una nueva liquidación en relación con el objeto comprobado.

En último término, se nos solicita determinar si existen situaciones asimilables a las previstas en el artículo 140.1 LGT y, en concreto, si el efecto preclusivo de ulterior comprobación sobre el mismo objeto permite regularizar, por tercera vez, la situación favorable al contribuyente y si puede la Administración prescindir de los hechos y elementos que determinaron la deuda tributaria más favorable en una regularización posterior.

2.Los hechos del litigio que son relevantes para su resolución y que, en esencia, recoge la sentencia impugnada en casación, son los siguientes:

1. Actividad de la mercantil.

Con fecha 27 de noviembre de 2008, se firmó un contrato privado de cesión de la explotación económica del derecho de imagen entre don Prudencio y BOPRECI, S.L., entidad por él participada al 50 por ciento junto con su cónyuge.

La sociedad contabilizó la cesión del derecho de explotación de la imagen por parte de don Prudencio como un activo intangible, procediendo a efectuar la correspondiente amortización.

2.Inspección correspondiente al impuesto sobre sociedades, ejercicios 2011 y 2012.

En el curso de estas actuaciones inspectoras se incoa acta de disconformidad, núm. A02- NUM001, y en fecha 6 de julio de 2017 se notifica acuerdo de liquidación correspondiente a ese impuesto y ejercicios, en el que la Inspección concluye que no se trataba de un activo, pues no era controlado económicamente por la empresa, ni un activo intangible, puesto que para realizar las prestaciones se requería la intervención directa y personal de don Prudencio y, por lo tanto, no era separable. Esto le llevó a eliminar determinados ajustes extracontables y a la eliminación de la base imponible negativa del ejercicio 2011, que se aplicó también en los ejercicios objeto de este recurso -2013, 2014 y 2015-

3.Comprobación limitada correspondiente al impuesto sobre sociedades, ejercicio 2016.

En fecha 22 de diciembre de 2017, la interesada recibió propuesta de liquidación provisional correspondiente al impuesto sobre sociedades, ejercicio 2016, cuyo alcance se limita a "comprobar que los importes declarados en concepto de compensación de bases imponibles negativas originados en periodos anteriores, coinciden con los saldos a compensar, en su caso, declarados o comprobados por la Administración en declaraciones de periodos anteriores".En la propuesta se recogía que "resulta un saldo de bases imponibles negativas provenientes de periodos impositivos anteriores pendientes de aplicación en periodos futuros por importe de 144.522,08 euros, lo que supone una minoración de 17.579,44 euros en relación con el saldo declarado...".

En fecha 22 de enero de 2018 se dictó la liquidación provisional correspondiente al concepto impositivo y ejercicio referido -IS 2016-, corrigiendo el importe de las bases imponibles negativas pendientes de aplicación.

Interpuesta reclamación económico-administrativa nº NUM002 ante el TEAR, dicta resolución en la que anula el acto administrativo de liquidación provisional ya que el alcance del procedimiento de comprobación limitada fijado mediante la propuesta de liquidación provisional no alcanzaba la comprobación de la provisión por deterioro de instrumento financiero que fue suprimido sin que las actuaciones se ampliaran a este elemento de la obligación tributaria, y mantuvo la liquidación provisional en relación a la regularización de la compensación de bases imponibles negativas de periodos anteriores, que fueron fijadas en 144.522,08 euros, después de reducirse en 17.579,44 ya que no existía constancia del incremento de 17.579,44 euros en las bases imponibles negativas que había sido declarado por la entidad en el ejercicio 2016.

La resolución del TEAR fue confirmada por la sentencia de 12 de enero de 2023 dictada por la Sección Quinta de la Sala de este orden jurisdiccional del Tribunal Superior de Justicia de Madrid, en el recurso contencioso-administrativo 911/2020.

4.Inicio de actuaciones inspectoras del impuesto sobre sociedades, ejercicios 2013 a 2016, de carácter parcial limitadas a comprobar en tales ejercicios la compensación de bases imponibles negativas de ejercicios anteriores.

El 12 de julio de 2018, se comunica el inicio de actuaciones inspectoras correspondientes al impuesto sobre sociedades, ejercicios 2013 a 2016, de carácter parcial limitadas a comprobar "[...] la procedencia de la compensación de bases imponibles negativas de ejercicios anteriores que fueron regularizadas por la Inspección, quedando, por tanto, excluidos de dicha actuación la comprobación de los restantes elementos de la obligación tributaria, así como las magnitudes procedentes de ejercicios anteriores que tengan incidencia en la liquidación que resulte de la actuación parcial".

El 6 de febrero de 2019 se incoa acta de disconformidad, núm. A02- NUM003, referida únicamente a los ejercicios 2013 a 2015,eliminándose la totalidad de las bases imponibles negativas correspondientes al ejercicio 2011.

En relación con el ejercicio 2016, se indica en el acta que, al haberse realizado procedimiento de comprobación limitada por la oficina de gestión, en aplicación el art. 140.1 LGT, no procedía regularizar dicho ejercicio en ese procedimiento.

En fecha 22 de abril de 2019 se dictó liquidación provisional, relativa a los ejercicios 2013 a 2015,de la que resulta una cuota a ingresar de 207.875,72. En el acuerdo de liquidación se hizo constar que, una vez regularizadas las bases imponibles de 2011 y 2012, no quedaban bases imponibles negativas pendientes de compensar en ejercicios posteriores, señalando que "[a] inicios de 2013 no existen bases imponibles negativas pendientes de compensación".Asimismo, se hizo constar que "[l]a sociedad no presenta declaración complementaria, ni del ejercicio 2013, ni del 2014, ni del 2015, para rectificar el importe de bases imponibles negativas pendientes de compensar de ejercicios anteriores".

Esta es la liquidación impugnada en el origen del presente recurso de casación.

Formulada reclamación económico-administrativa nº NUM004 ante el TEAR, fue desestimada por resolución de 5 de junio de 2020.

Interpuesto recurso contencioso-administrativo fue desestimado por sentencia núm. 94/2023, de 1 de febrero de 2023, dictada por la Sección Quinta de la Sala de este orden jurisdiccional del TSJ de Madrid, objeto de impugnación en este recurso de casación.

La ratio decidendide la sentencia, por lo que aquí interesa, es la siguiente:

"[...] La parte actora pretende en este recurso que la primera liquidación provisional del Impuesto sobre Sociedades del ejercicio 2016 tuvo efectos preclusivos en relación al Impuesto sobre Sociedades de los ejercicios 2013, 2014 y 2015 de la entidad actora, en cuanto a las bases imponibles negativas que allí se reconocían de periodos anteriores pendientes de aplicación y que fueron fijadas en 144.522,08 euros, después de reducirse en 17.579,44 euros, por lo que esas bases imponibles negativas debían de desplegar sus efectos también en los ejercicios 2013, 2014 y 2015 en cuanto entiende que fueron reconocidas en 2016 por la AEAT, aunque se habían suprimido en la liquidación practicada a la actora en relación al Impuesto sobre Sociedades de 2011.

[...]

En el caso que nos ocupa, no resulta aplicable el art. 140.1 LGT y la jurisprudencia que lo desarrolla, por cuanto cuando en la primera liquidación relativa al Impuesto sobre Sociedades del ejercicio 2016, que fue anulada por el TEAR en Resolución que ha sido objeto del recurso 911/2020, se modifica el importe de la base imponible negativa a compensar y se establece en 144.522,08 €, después de reducirse en 17.579,44 €, lo que realmente sucede es que se está constatando por la AEAT que, sin justificación alguna, se elevó por la entidad actora en su declaración del Impuesto sobre Sociedades del ejercicio 2016, respecto de la declaración del ejercicio 2015, dicha base negativa en esos 17.579,44 €, pero no se realiza comprobación alguna, en cuanto a su existencia y justificación, porque la regularización del Impuesto sobre Sociedades del ejercicio 2016 se estaba realizando dentro de un procedimiento de comprobación limitada en el que, conforme a lo previsto en el art. 136 LGT, no puede examinarse la contabilidad y la única forma de acreditar bases imponibles negativas, según regula el art. 25.5 TRLIS es mediante el examen de la correspondiente contabilidad y la documentación que la sustenta, lo cual solo podría haberse efectuado dentro de un procedimiento de inspección.

De ahí que no tenga razón la entidad actora cuando señala que la AEAT reconoció las bases imponibles negativas pendientes de compensar en ejercicios anteriores en el ejercicio 2016 y por ello era imposible que pudiese tener efectos en las bases imponibles negativas de los ejercicios 2013, 2014 y 2015, que precisamente habían sido suprimidas después de que fuesen eliminadas en una previa liquidación del Impuesto sobre Sociedades del ejercicio 2011, al eliminarse determinados ajustes extra contables efectuados por la entidad actora.

Procede por ello la íntegra desestimación del recurso y la confirmación de la Resolución del TEAR, por ser conforme a derecho".

5.Impuesto sobre sociedades, ejercicio 2016.

En fecha 23 de mayo de 2019 se incoa acta de disconformidad, núm. A02- NUM005, relativa al impuesto sobre sociedades, ejercicio 2016.

El 21 de noviembre de 2019, se dictó acuerdo de rectificación de la liquidación contenida en el acta A02- NUM005, en la que entiende la Oficina Técnica "que no cabe atribuir a la liquidación provisional del Impuesto sobre Sociedades de 2016 los efectos preclusivos que reconoce el acta de disconformidad, dado el evidente error en la apreciación de los hechos de la liquidación provisional".Aprecia una errónea aplicación del efecto preclusivo previsto en el artículo 140.1 LGT porque se había puesto de manifiesto un hecho no tenido en cuenta en tal comprobación: que el importe de las bases imponibles negativas ya había sido regularizado por la Inspección en acuerdo derivado de acta, notificado el 7 de julio de 2017 respecto del IS, periodos 2011 y 2012. En esta regularización se habían eliminado todas las bases imponibles negativas correspondientes a 2011, hecho que no fue tomado en consideración por los órganos de gestión.

El 8 de enero de 2020 se dictó acuerdo de liquidación por la Dependencia Regional de Inspección de la AEAT de Madrid, practicando liquidación por el IS 2016, derivado del acta de disconformidad A02- NUM005, en el que se confirma la rectificación propuesta.

Frente a esta liquidación se interpuso recurso contencioso-administrativo por la mercantil Bopreci, S.L., que se tramitó con el núm. 913/2020 ante la Sección Quinta de la Sala de lo Contencioso-Administrativo del TSJ de Madrid, y que fue desestimado en sentencia núm. 91/2023, de 1 de febrero, que es objeto de impugnación en el recurso de casación núm. 2349/2023.

SEGUNDO. Marco normativo.

Conforme al auto de admisión, las normas que, en principio, serán objeto de interpretación son los artículos 136, 140.1 y 141 de la Ley 58/2003 de 17 de diciembre General Tributaria (BOE de 18 de diciembre) [«LGT»].

1.El artículo 140.1 de la LGT, bajo la rúbrica "Efectos de la regularización practicada en el procedimiento de comprobación limitada",dispone que:

"1. Dictada resolución en un procedimiento de comprobación limitada, la Administración tributaria no podrá efectuar una nueva regularización en relación con el objeto comprobado al que se refiere el párrafo a) del apartado 2 del artículo anterior salvo que en un procedimiento de comprobación limitada o de inspección posterior se descubran nuevos hechos o circunstancias que resulten de actuaciones distintas de las realizadas y especificadas en dicha resolución".

A su vez, el artículo 139.2.a) de la LGT señala:

"2. La resolución administrativa que ponga fin al procedimiento de comprobación limitada deberá incluir, al menos, el siguiente contenido:

a) Obligación tributaria o elementos de la misma y ámbito temporal objeto de la comprobación".

2.Asimismo, el artículo 136 LGT preceptúa:

"1. En el procedimiento de comprobación limitada la Administración tributaria podrá comprobar los hechos, actos, elementos, actividades, explotaciones y demás circunstancias determinantes de la obligación tributaria.

2. En este procedimiento, la Administración Tributaria podrá realizar únicamente las siguientes actuaciones:

a) Examen de los datos consignados por los obligados tributarios en sus declaraciones y de los justificantes presentados o que se requieran al efecto.

b) Examen de los datos y antecedentes en poder de la Administración Tributaria que pongan de manifiesto la realización del hecho imponible o del presupuesto de una obligación tributaria, o la existencia de elementos determinantes de la misma no declarados o distintos a los declarados por el obligado tributario.

c) Examen de los registros y demás documentos exigidos por la normativa tributaria y de cualquier otro libro, registro o documento de carácter oficial con excepción de la contabilidad mercantil, así como el examen de las facturas o documentos que sirvan de justificante de las operaciones incluidas en dichos libros, registros o documentos.

No obstante lo previsto en el párrafo anterior, cuando en el curso del procedimiento el obligado tributario aporte, sin mediar requerimiento previo al efecto, la documentación contable que entienda pertinente al objeto de acreditar la contabilización de determinadas operaciones, la Administración podrá examinar dicha documentación a los solos efectos de constatar la coincidencia entre lo que figure en la documentación contable y la información de la que disponga la Administración Tributaria.

El examen de la documentación a que se refiere el párrafo anterior no impedirá ni limitará la ulterior comprobación de las operaciones a que la misma se refiere en un procedimiento de inspección.

d) Requerimientos a terceros para que aporten la información que se encuentren obligados a suministrar con carácter general o para que la ratifiquen mediante la presentación de los correspondientes justificantes.

3. En ningún caso se podrá requerir a terceros información sobre movimientos financieros, pero podrá solicitarse al obligado tributario la justificación documental de operaciones financieras que tengan incidencia en la base o en la cuota de una obligación tributaria.

4. Las actuaciones de comprobación limitada no podrán realizarse fuera de las oficinas de la Administración tributaria, salvo las que procedan según la normativa aduanera o en los supuestos previstos reglamentariamente al objeto de realizar comprobaciones censales o relativas a la aplicación de métodos objetivos de tributación, en cuyo caso los funcionarios que desarrollen dichas actuaciones tendrán las facultades reconocidas en los apartados 2 y 4 del artículo 142 de esta ley".

3.Por último, el artículo 141 LGT, relativo a "La inspección tributaria",recoge:

"La inspección tributaria consiste en el ejercicio de las funciones administrativas dirigidas a:

a) La investigación de los supuestos de hecho de las obligaciones tributarias para el descubrimiento de los que sean ignorados por la Administración.

b) La comprobación de la veracidad y exactitud de las declaraciones presentadas por los obligados tributarios.

c) La realización de actuaciones de obtención de información relacionadas con la aplicación de los tributos, de acuerdo con lo establecido en los artículos 93 y 94 de esta ley.

d) La comprobación del valor de derechos, rentas, productos, bienes, patrimonios, empresas y demás elementos, cuando sea necesaria para la determinación de las obligaciones tributarias, siendo de aplicación lo dispuesto en los artículos 134 y 135 de esta ley.

e) La comprobación del cumplimiento de los requisitos exigidos para la obtención de beneficios o incentivos fiscales y devoluciones tributarias, así como para la aplicación de regímenes tributarios especiales.

f) La información a los obligados tributarios con motivo de las actuaciones inspectoras sobre sus derechos y obligaciones tributarias y la forma en que deben cumplir estas últimas.

g) La práctica de las liquidaciones tributarias resultantes de sus actuaciones de comprobación e investigación.

h) La realización de actuaciones de comprobación limitada, conforme a lo establecido en los artículos 136 a 140 de esta ley.

i) El asesoramiento e informe a órganos de la Administración pública.

j) La realización de las intervenciones tributarias de carácter permanente o no permanente, que se regirán por lo dispuesto en su normativa específica y, en defecto de regulación expresa, por las normas de este capítulo con exclusión del artículo 149.

k) Las demás que se establezcan en otras disposiciones o se le encomienden por las autoridades competentes".

TERCERO. Criterio interpretativo de la Sala.

1.Ya se ha expuesto que la cuestión con interés casacional que plantea el presente recurso se orienta a determinar el alcance de los efectos preclusivos de una comprobación limitada.

Alega el recurrente los efectos preclusivos del procedimiento de comprobación limitada de carácter parcial del impuesto sobre sociedades del ejercicio 2016. Sostiene, al igual que hiciera ante la Sala de instancia, que la liquidación provisional del impuesto sobre sociedades del ejercicio 2016, resultado de la comprobación limitada, tuvo efectos preclusivos en relación al impuesto sobre sociedades de los ejercicios 2013, 2014 y 2015, en cuanto a las bases imponibles negativas que fueron fijadas -por importe de 144.522,08 euros-, por lo que entiende que esas bases imponibles negativas, que tenían el mismo origen, en concreto, la amortización del inmovilizado intangible consistente en los derechos de imagen de Prudencio, debían desplegar su efectos también en los ejercicios 2013, 2014 y 2015.

En esencia, entiende que lo dispuesto en ese procedimiento de comprobación limitada afectaba, no solo al ejercicio objeto de comprobación, sino a todos aquellos cuyas bases imponibles negativas tenían la misma procedencia.

2.Con carácter previo a cualquier otra consideración, conviene tener presente, a fin de depurar el debate casacional, de un lado, que la liquidación provisional correspondiente al impuesto sobre sociedades que se encuentra en el origen del presente recurso de casación es la relativa a los ejercicios 2013 a 2015, en cuyo acuerdo de liquidación se hizo constar que, una vez regularizadas las bases imponibles de 2011 y 2012, no quedaban bases imponibles negativas pendientes de compensar en ejercicios posteriores, señalando expresamente que "[a] inicios de 2013 no existen bases imponibles negativas pendientes de compensación".

De otro, que la comprobación limitada de carácter parcial cuyos efectos preclusivos pretende el recurrente extender a los ejercicios 2013, 2014 y 2015, se circunscribía al impuesto sobre sociedades del ejercicio 2016, cuya liquidación será objeto de examen por esta Sala en el recurso de casación núm. 2349/2023, señalado en la misma fecha que el que ahora se enjuicia.

3.Para enmarcar el análisis de la cuestión de interés casacional, hemos de tener en cuenta que son numerosas las sentencias del Tribunal Supremo que han examinado distintos aspectos relacionados con el alcance preclusivo del procedimiento de comprobación limitada - artículo 140 de la LGT-, sin perjuicio de que resulte necesario valorar las concretas circunstancias de cada caso examinado.

Prueba de los pronunciamientos de esta Sala y Sección son las sentencias de 16 de octubre de 2020 (RCA 3895/2018) y 26 de noviembre de 2020 (RCA 1072/2019), en la que se hace un resumen de los antecedentes jurisprudenciales relativos a la interpretación del precepto, en los siguientes términos:

"Resulta interesante recordar lo que declaramos en la sentencia de 22 de septiembre de 2014 (RCA 4336/2012), en relación con la interpretación del art. 140 de la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria, que aparece incluido dentro de la regulación del procedimiento de comprobación limitada, sentencia que confirmaba la imposibilidad de la Inspección de regularizar elementos tributarios que ya habían sido previamente comprobados por la Administración Tributaria.

Dicha sentencia estableció la siguiente doctrina:

"La cuestión se reduce, por tanto, a la interpretación de este último inciso del artículo 140.1 de la Ley General Tributaria de 2003. Y en este punto, hemos de precisar ya que compartimos el desenlace que alcanza la Audiencia Nacional en la sentencia objeto de este recurso de casación.

La comprobación limitada, disciplinada en los artículos 136 a 140 de la Ley General Tributaria, es una modalidad de los procedimientos de gestión tributaria [artículo 123.1.e)], para la realización de una de las funciones propias de la misma [artículo 117.1.h)]. Su objetivo radica en comprobar los hechos, actos, elementos, actividades, explotaciones y demás circunstancias determinantes de la obligación tributaria (artículo 136.1), mediante (i)el examen de los datos que hayan sido consignados por los obligados tributarios en sus declaraciones o en los justificantes presentados o que se requieran al efecto, o que estén en poder de la Administración tributaria y pongan de manifiesto la realización del hecho imponible o del presupuesto de una obligación tributaria, o la existencia de elementos de la misma no declarados o distintos de los declarados; (ii)el examen de los registros y demás documentos exigidos por la normativa tributaria y de cualquier otro libro, registro o documento de carácter oficial (excepto la contabilidad mercantil), así como de las facturas o documentos que sirvan de justificante de las operaciones incluidas en dichos libros, registros o documentos; y (iii)requerimientos a terceros para que aporten la información que se encuentran obligados a suministrar con carácter general o para que la ratifiquen mediante la presentación de los correspondientes justificantes (artículo 136.2).

Iniciado y tramitado el procedimiento de comprobación limitada (con arreglo a lo dispuesto en los artículos 137 y 138, respectivamente), puede concluir por resolución expresa, caducidad o el inicio de un procedimiento inspector que incluya el objeto de la comprobación limitada (artículo 139.1). Si termina por resolución expresa, ésta debe contener, al menos, (i)la obligación tributaria o los elementos de la misma y el ámbito temporal objeto de comprobación; (ii)la especificación de las concretas actuaciones realizadas; (iii)la relación de hechos y fundamentos de derecho que la motiven, y la liquidación provisional o, en su caso, la manifestación de que no procede realizar regularización alguna como consecuencia de la comprobación (artículo 139.2).

A la vista de esta disciplina alcanza todo su sentido la prohibición contenida en el artículo 140.1, vedando a la Administración, si ha mediado resolución expresa aprobatoria de una liquidación provisional, efectuar una nueva regularización en relación con igual obligación tributaria, o elementos de la misma, e idéntico ámbito temporal, «salvo que se descubran nuevos hechos o circunstancias que resulten de actuaciones distintas de las realizadas y especificadas en dicha resolución».

Es designio, pues, del legislador que lo comprobado (o inspeccionado) limitadamente, y que ha dado lugar a una liquidación provisional, no pueda ser objeto de nueva regularización [para las inspecciones limitadas o parciales y sus liquidaciones provisionales, véanse los artículos 141.h) y 148], con la excepción expresada de que se obtengan nuevos hechos en actuaciones distintas de las que fueron objeto de la comprobación limitada. Este concepto, el de "actuaciones distintas", sólo puede ser integrado atendiendo a la propia disciplina del procedimiento de comprobación limitada, en el que se trata de comprobar hechos y elementos de la obligación tributaria mediante, en lo que ahora interesa, el examen de los datos proporcionados por los obligados tributarios y de los que se encuentran en poder de la Administración. Es decir, el objeto son «los hechos, actos, elementos, actividades, explotaciones y demás circunstancias determinantes de la obligación tributaria» y el medio es el «examen de los datos» consignados por los obligados o a disposición de la Administración. Siendo así, lleva toda la razón la Sala de instancia cuando, en el segundo fundamento jurídico de su sentencia (antepenúltimo párrafo), afirma que el ámbito de la comprobación limitada se ha de predicar del "concepto impositivo" que determina la práctica de una "liquidación provisional".

Y, en efecto, como los propias jueces a quosubrayan, haría padecer la seguridad jurídica proclamada por nuestra Constitución al más alto nivel (artículo 9.3) que, realizada una comprobación limitada de un determinado elemento de la obligación tributaria (v.gr.: la deducción por reinversión de beneficios extraordinarios), pese a tener a su disposición todos los datos precisos (por haberlos suministrado el obligado o por contar ya con ellos), la Administración se concentre a su albur sólo en alguno de ellos, aprobando la oportuna liquidación provisional, para más adelante regularizar y liquidar de nuevo atendiendo al mismo elemento de la obligación tributaria, pero analizando datos a los que no atendió cuando debía, pese a poder hacerlo por disponer ya de ellos.

Carece de relevancia a estos efectos el alegato del abogado del Estado que pone el acento en el hecho de que la comprobación limitada realizada inicialmente en relación con los ejercicios 2003 y 2004 fue llevada a cabo por los órganos de gestión, mientras que la actuación posterior, de la que derivaron los actos anulados por la sentencia recurrida, se practicó por la Inspección de los Tributos, pues, por definición, la comprobación limitada es un procedimiento desarrollado por y ante los órganos de gestión mientras que el de inspección es competencia propia de aquélla, sin que el artículo 140.1, al impedir una posterior regularización, discrimine entre los órganos de gestión y de inspección, refiriéndose sin más a la Administración tributaria.

Téngase en cuenta, además, que el artículo 140.1 de la Ley General Tributaria de 2003 ha venido a suplir el vacío de que adolecía el artículo 123 de la Ley homónima de 1963, que nuestra jurisprudencia intentó colmar apelando al principio de íntegra regularización de la situación tributaria del obligado, tanto en las actuaciones generales como en las de alcance parcial o limitado, debiendo atenderse, en este segundo caso, a los componentes que conforman el ámbito material sobre el que se desarrolla la actuación [ sentencias de 26 de enero de 2012 (casación 5631/08, FJ 3º) y 10 de diciembre de 2012 (casación 1915/11, FJ 3º)]. Esta ratio decidendiestá también presente en la sentencia de 28 de noviembre de 2013 (casación 6329/11, FJ 3º), en la que la legitimidad de las ulteriores actuaciones de inspección se sustentó en que afectaron a elementos y datos que no habían sido objeto de un previo procedimiento de comprobación limitada".

Esta doctrina se ha visto ratificada y confirmada por sentencias posteriores, entre otras, de 12 de marzo de 2015 (RCA 696/2014), que sostiene:

«Esta interpretación además concuerda con la actual regulación del procedimiento de comprobación limitada, que contempla los artículos 137 y siguientes de la Ley General Tributaria ,cuyo art. 140.1 veda a la Administración, si ha mediado resolución expresa aprobatoria de una liquidación provisional, efectuar una nueva regularización en relación con igual obligación tributaria o elementos de la misma e idéntico ámbito temporal salvo que se descubran nuevos hechos o circunstancias que resulten de actuaciones distintas de las realizadas y especificadas en la resolución.

(...) En definitiva, hay que entender que la intervención de la Inspección en casos como el litigioso sólo es posible antes de la resolución expresa, si se inicia un procedimiento de comprobación de efectos de la práctica de la liquidación definitiva, pero no una vez emitida por el órgano de gestión». (FJ 3º)

Y también en la sentencia 3 de febrero de 2016 (RCA 4140/2014), que avala la fundamentación de la sentencia recurrida y veda a la Administración, si ha mediado resolución expresa aprobatoria de una liquidación provisional, efectuar una nueva regularización en relación con igual obligación tributaria, o elementos de la misma, e idéntico ámbito temporal, de tal manera, que no se puede admitir que la Administración utilice la vía de la liquidación definitiva para modificar la provisional en extremos estrictamente jurídicos y derivados de hechos ya conocidos al dictarse la liquidación provisional.

Declara la STS de 15 de junio de 2017 (RCA 3502/2015) que el Tribunal Supremo en la interpretación del citado art. 140.1, sostiene que «para el supuesto que desde un primer momento, la totalidad de los datos sobre la declaración, en el presente caso del Impuesto sobre sucesiones, estuviesen a disposición de la Administración tributaria, no cabe "ex novo" apreciar "nuevos hechos o circunstancias" en unas actuaciones posteriores, pues dicho concepto no ha sufrido alteración alguna en la situación declarada por el sujeto pasivo, y en consecuencia no puede hablarse de "novedad", que haya resultado de su apreciación en actuación inspectora posterior.

Así, en el caso analizado las "actuaciones" posteriores, no son distintas de las "realizadas y especificadas" por los órganos de gestión, pues ambas se refieren al concepto Impuesto sobre sucesiones y la reducción del 99% por adquisición de negocio, es decir, la Administración en el ámbito de sus actuaciones: Gestión e Inspección, se refirió siempre a los mismos bienes y conceptos, disponiendo de idéntica información en ambos casos. No puede admitirse ahora que, la Administración habiendo dispuesto desde el primer momento de toda la información facilitada por el sujeto pasivo, proceda vía actuación de la Inspección a regularizar y liquidar de nuevo atendiendo al mismo elemento de la obligación tributaria, y a documentos que ya obraban en su poder desde el momento de la declaración y que fueron o pudieron ser comprobados en vía de gestión...».

En definitiva, se «veda a la Administración, si ha mediado resolución expresa aprobatoria de una liquidación provisional, efectuar una nueva regularización en relación con igual obligación tributaria, o elementos de la misma, e idéntico ámbito temporal, de tal manera, que, no se puede admitir, que la Administración utilice la vía de la liquidación definitiva para modificar la provisional en extremos estrictamente jurídicos y derivados de hechos ya conocidos al dictarse la liquidación provisional».

A su vez, en la referida sentencia se sientan unas pautas que habrá que contrastar con el concreto caso examinado, y que son las siguientes:

"3.1.Lo que se prohíbe a la Administración, si ha mediado resolución expresa aprobatoria de una liquidación provisional o, en su caso, la manifestación de que no procede realizar regularización alguna como consecuencia de la comprobación, como ocurre en el caso examinado, es efectuar una nueva regularización en relación con igual obligación tributaria, o elementos de la misma, e idéntico ámbito temporal, «salvo que se descubran nuevos hechos o circunstancias que resulten de actuaciones distintas de las realizadas y especificadas en dicha resolución», siendo así que este concepto de "actuaciones distintas", sólo puede ser integrado atendiendo a la propia disciplina del procedimiento de comprobación limitada, en el que se trata de comprobar hechos y elementos de la obligación tributaria mediante el examen de los datos proporcionados por los obligados tributarios y de los que se encuentran en poder de la Administración.

Es decir, tal y como se ha expuesto, el objeto son «los hechos, actos, elementos, actividades, explotaciones y demás circunstancias determinantes de la obligación tributaria» y el medio es el «examen de los datos» consignados por los obligados o a disposición de la Administración. Siendo ello así, el ámbito de la comprobación limitada se ha de predicar del "concepto impositivo" que determina la práctica de una "liquidación provisional".

3.2.Este principio de no segunda revisión sobre lo comprobado lo que pretende es ser una garantía para el administrado precisamente en los términos que recoge este artículo 140 LGT, siendo las únicas excepciones las que el propio precepto incluye, a saber, «salvo que en un procedimiento de comprobación limitada o inspección posterior se descubran nuevos hechos o circunstancias que resulten de actuaciones distintas de las realizadas y especificadas en dicha resolución».

3.3.En el caso analizado las "actuaciones" posteriores realizadas en el segundo procedimiento de comprobación limitada, no son distintas de las "realizadas" en el primer procedimiento, pues ambas se refieren al mismo concepto impositivo, IVA, y periodo, cuarto trimestre de 2010, y, en concreto a la deducción por cuotas del IVA soportadas, siendo lo relevante a los fines examinados que se inició un segundo procedimiento de comprobación limitada para solicitar documentación distinta a la que había sido requerida en el primer procedimiento, sin que existieran nuevos hechos o datos que no estuvieran a disposición de la Administración, o que ésta no pudiera haber solicitado a la contribuyente en la primera comprobación.

En efecto, la documentación que le fue requerida a la obligada en fecha 14 de enero de 2014 en el seno del segundo procedimiento de comprobación, pudo haberle sido solicitada en la primera comprobación, de tal forma que si era "necesaria", como aduce el abogado del Estado, para la comprobación de las reales adquisiciones de bienes o servicios sujetas al IVA y para acreditar la afectación de la actividad, debió haber sido solicitada por la Administración en la primera comprobación cuyo concepto impositivo y periodo resultaba coincidente.

3.4.Es más, si la Administración en el primer procedimiento de comprobación se "autolimitó" a la realización de una comprobación meramente formal, como aduce el abogado del Estado, solicitando a la obligada, al amparo del artículo 136.1.c) LGT que le permite la realización de una actuación consistente en el "examen de los registros y demás documentos exigidos por la normativa tributaria y de cualquier otro libro, registro o documento de carácter oficial con excepción de la contabilidad mercantil, así como el examen de las facturas o documentos que sirvan de justificante de las operaciones incluidas en dichos libros, registros o documentos", la aportación de libros registros de facturas expedidas, recibidas y de bienes de inversión, con el objeto de constatar si los datos que figuraban en tales libros coincidían o no con los que figuraban en la autoliquidación, así como para comprobar los requisitos formales de las facturas o documentos sustitutivos solicitados a la vista de dichos libros, esa "autolimitación" no puede justificar el inicio de un segundo procedimiento de comprobación por el mismo concepto impositivo y periodo para solicitar una documentación distinta, que pudo haber sido requerida con anterioridad, de forma que el motivo de que no obrara en poder de la Administración no es otro que no haber sido solicitada en el primer procedimiento de comprobación.

3.5.Por "nuevos hechos", a efectos de aplicar la excepción que prevé el artículo 140.1 LGT analizado, no pueden entenderse nuevos datos que resulten de una documentación solicitada con posterioridad en el segundo procedimiento de comprobación, pues, como se ha expuesto, no cabe un segundo procedimiento sobre el mismo sujeto pasivo, tributo y periodo si los datos que se pretenden comprobar ya pudieron haber sido examinados en el primero.

3.6.En suma, si la Administración pudo haber contado con toda la documentación necesaria para decidir sobre la deducción pretendida desde el primer procedimiento de comprobación limitada, no podía volver a regularizar en un segundo procedimiento de comprobación limitada, ya que no cabe "ex novo" apreciar "nuevos hechos o circunstancias" en unas actuaciones posteriores, pues dicho concepto no ha sufrido alteración alguna en la situación declarada por el sujeto pasivo y, en consecuencia, no puede hablarse de "novedad" que haya resultado de su apreciación en actuación de comprobación posterior.

3.7.Como se expone en la doctrina jurisprudencial referida, haría padecer la seguridad jurídica proclamada por nuestra Constitución (artículo 9.3) que contando la Administración con toda la documentación precisa para regularizar la obligación tributaria, o pudiendo haber contado con ella de haber sido requerida, se limite a su "albur" a comprobar algún elemento de la obligación tributaria, dictando resolución expresa aprobatoria de una liquidación provisional o, en su caso, manifestando que no procede realizar regularización alguna como consecuencia de la comprobación, como ocurrió en el caso examinado, para más adelante regularizar de nuevo por el mismo concepto impositivo y periodo, solicitando documentación distinta a la que fue requerida en el primero, sin que existan nuevos hechos o datos que la Administración no pudiera haber solicitado a la contribuyente en la primera comprobación realizada".

Finalmente, en la sentencia de 16 de octubre de 2020 (RCA 3895/2018, se sienta la siguiente doctrina jurisprudencial:

"[...] interpretando el artículo 140.1 de la Ley 58/2003, General Tributaria, de 17 de diciembre, los efectos preclusivos de una resolución que pone fin a un procedimiento de comprobación limitada se extienden no solo a aquellos elementos tributarios sobre los que se haya pronunciado expresamente la Administración Tributaria, sino también a cualquier otro elemento tributario, comprobado tras el requerimiento de la oportuna documentación justificativa, pero no regularizado de forma expresa".

En último término, la Sala en la STS núm. 1195/2023, de 28 de septiembre de 2023, rec. cas. 8710/2021, fijó la siguiente doctrina jurisprudencial:

"[...] ratificando la doctrina jurisprudencial contenida en la sentencia de 16 de octubre de 2020 (RCA 3895/2018), e interpretando el artículo 140.1 de la Ley 58/2003, General Tributaria, de 17 de diciembre, los efectos preclusivos de una resolución que pone fin a un procedimiento de comprobación limitada se extienden no solo a aquellos elementos tributarios sobre los que se haya pronunciado expresamente la Administración Tributaria, sino también a cualquier otro elemento tributario, comprobado tras el requerimiento de la oportuna documentación justificativa, pero no regularizado de forma expresa".

4.Pues bien, en el caso que se enjuicia, atendiendo a las concretas circunstancias concurrentes, se concluye que no resulta aplicable el art. 140.1 LGT y la jurisprudencia que lo desarrolla, toda vez que los pretendidos efectos preclusivos de la comprobación limitada del ejercicio 2016 no resultan aplicables a un ámbito temporal distinto del que ha sido objeto de comprobación.

En efecto, la comprobación limitada practicada por el órgano de gestión tributaria relativa al impuesto sobre sociedades del ejercicio 2016, no puede tener efectos preclusivos sobre la comprobación relativa a los ejercicios 2013, 2014 y 2015, ahora enjuiciados.

Tras referir el artículo 140 de la LGT que una vez dictada resolución en un procedimiento de comprobación limitada, la Administración tributaria no podrá efectuar una nueva regularización en relación con el objeto comprobado al que se refiere el párrafo a) del apartado 2 del artículo anterior, salvo que en un procedimiento de comprobación limitada o inspección posterior se descubran nuevos hechos o circunstancias que resulten de actuaciones distintas de las realizadas y especificadas en dicha resolución, y señalar el párrafo a) del apartado 2 del artículo 139 LGT, al que se remite el artículo transcrito, que la resolución administrativa que ponga fin al procedimiento de comprobación limitada deberá incluir la "obligación tributaria o elementos de la misma y ámbito temporal objeto de la comprobación",se desprende que el precepto referido, en aras a la seguridad jurídica del contribuyente, prevé que una comprobación limitada previa produce efecto preclusivo respecto de lo ya comprobado, de forma que el objeto de dichas actuaciones parciales no puede ya regularizarse en un nuevo procedimiento de comprobación referido al mismo concepto y periodo impositivo ya comprobado,salvo que en la nueva actuación concurran las nuevas circunstancias o hechos descubiertos que exijan una nueva liquidación. Pero para que la comprobación previa produzca este efecto de "cierre" es necesario que exista una resolución expresa que se refiera, por lo que aquí importa, al mismo ámbito temporal que haya sido comprobado.

Esa identidad en el ámbito temporal objeto de comprobación no concurre en el caso enjuiciado, pues el procedimiento de comprobación limitada llevado a cabo por el órgano de gestión tributaria, iniciado mediante notificación de 22 de diciembre de 2017, se refería al impuesto sobre sociedades del ejercicio 2016, por lo que tenía un ámbito temporal diferente al ahora examinado -ejercicios 2013 a 2015-.

En consecuencia, atendiendo a las circunstancias concurrentes en el caso que se enjuicia, no cabe aplicar el art. 140.1 LGT y la jurisprudencia que lo desarrolla toda vez que el ámbito temporal de la comprobación limitada cuyos efectos preclusivos se pretenden extender no tenía por objeto los ejercicios examinados en este recurso de casación.

A lo expuesto no obsta la alegación atinente a que las bases imponibles negativas proceden de la misma operación y que ese origen común validaría las consignadas en todas sus autoliquidaciones, pues tal afirmación no se corresponde con la prohibición contenida en el artículo 140.1 LGT, que, como se ha expuesto, no permite a la Administración, si ha mediado resolución expresa aprobatoria de una liquidación provisional, efectuar una nueva regularización en relación con igual obligación tributaria, o elementos de la misma, e idéntico ámbito temporal,salvo la excepción prevista en el precepto, por lo que no extiende los efectos preclusivos de la comprobación a otro ámbito temporal distinto del que haya sido comprobado.

5.Dadas las consideraciones expuestas, la Sala no considera procedente fijar doctrina jurisprudencial en el caso enjuiciado ni entrar a examinar el resto de las cuestiones de interés casacional objetivo planteadas, toda vez que en el presente recurso de casación no cabe aplicar el art. 140.1 LGT y la jurisprudencia que lo desarrolla.

CUARTO. Resolución de las pretensiones deducidas en el proceso.

A la luz de lo expuesto, no procede acoger las pretensiones articuladas por la parte recurrente en este recurso de casación, debiendo confirmarse la sentencia de instancia.

QUINTO. Pronunciamiento sobre costas.

En virtud de lo dispuesto en el artículo 93.4 LJCA, no procede declaración expresa de condena a las costas del recurso de casación, al no apreciarse mala fe o temeridad en la conducta procesal de ninguna de las partes.