El TS reitera: si Hacienda regulariza a quien se dedujo cuotas de IVA indebidamente repercutidas debe hacerlo íntegramente

El Tribunal Supremo, en la sentencia n.º 1202/2025, de 29 de septiembre, ECLI:ES:TS:2025:4070, aborda la proyección del principio de íntegra regularización en el procedimiento de comprobación limitada respecto del IVA. En particular, si, habiéndose denegado la deducibilidad de cuotas del IVA soportadas, la Administración tributaria debe, en virtud de ese principio y dentro del mismo procedimiento, efectuar las actuaciones necesarias para determinar si concurren los requisitos legales para reconocer a ese mismo contribuyente el derecho a la devolución de los ingresos indebidos relacionados con la regularización practicada.

La Sala insiste a dicho respecto sobre su doctrina jurisprudencial [recogida, entre otras, en sus SSTS n.º 736/2021, de 26 de mayo, ECLI:ES:TS:2021:2242; n.º 762/2021, de 11 de diciembre, ECLI:ES:TS:2023:5534; y n.º 605/2023, de 17 de mayo, ECLI:ES:TS:2023:2231] atinente a que el apartado 2.c) del artículo 14 RRVA, interpretado a la luz del principio de regularización íntegra, comporta que, cuando la Administración regularice, en el seno de un procedimiento de inspección o de gestión tributaria, incluido el de comprobación limitada, la situación tributaria de quien se dedujo las cuotas de IVA que le fueron indebidamente repercutidas, deberá efectuar las comprobaciones necesarias para determinar si dicho obligado tributario tiene derecho a la devolución de esas cuotas indebidamente repercutidas, regularizando de forma íntegra su situación, resultando improcedente remitirle a un nuevo procedimiento de rectificación de la autoliquidación y devolución de ingresos indebidos.

En el concreto supuesto examinado, ambas partes coinciden en reconocer que, en el seno de los procedimientos de gestión tributaria, Hacienda debe realizar las actuaciones necesarias para determinar si concurren los requisitos legales para reconocer al contribuyente el derecho a la devolución de los ingresos indebidos constituidos por las cuotas del IVA que, en el mismo período de comprobación, le hubieren sido indebidamente repercutidas. Y, es que, en ese sentido, es reiterada la jurisprudencia del TS con respecto al principio de regularización íntegra y su directa vinculación con principios sustantivos y procedimentales. Así, y por ejemplo, recuerda la doctrina ya fijada en la STS n.º 247/2023, de 28 de febrero, ECLI:ES:TS:2023:644:

«a) El principio de íntegra regularización, que reiteradamente hemos reconocido, es aplicable a los supuestos en los que se comprueba por la Administración un hecho imponible -la emisión de informes de auditoría-, imputándolo al ejercicio que corresponde, sin tener en cuenta que el contribuyente ya había satisfecho el importe de la deuda, fuera del plazo legal, pero con carácter previo al inicio de la regularización. La evitación de que se pague dos veces por la misma deuda tributaria obliga a considerar, en el seno de la comprobación, esa circunstancia, debiendo analizar la Administración tanto los aspectos desfavorables como los favorables para el contribuyente. En este caso, debió la Administración hacer todo lo posible, de oficio, para evitar ese doble pago, ajustando la deuda única a la realidad de la autoliquidación tardía, sin remitir al sujeto pasivo al inicio de una solicitud para obtener aquello que podía derivar -y reconocerse- del propio procedimiento abierto.

b) Este principio, en su vertiente procedimental, es aplicable no solo a los procedimientos de inspección sino también a los procedimientos de gestión tributaria, incluido el de comprobación limitada, en los términos ya expresados, sin que sea admisible remitir al contribuyente, para obtener la devolución de la cantidad doblemente percibida a un procedimiento nuevo de rectificación de la autoliquidación y devolución de ingresos indebidos totalmente innecesario y contrario a los principios de eficacia, economía y proporcionalidad en la aplicación de los tributos».