Última revisión
20/05/2026
Sentencia Contencioso-Administrativo 223/2026 Tribunal Superior de Justicia de Castilla y León . Sala de lo Contencioso-Administrativo, Rec. 1002/2023 de 25 de febrero del 2026
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Orden: Administrativo
Fecha: 25 de Febrero de 2026
Tribunal: Tribunal Superior de Justicia. Sala de lo Contencioso-Administrativo
Ponente: MARIA ANTONIA LALLANA DUPLA
Nº de sentencia: 223/2026
Núm. Cendoj: 47186330032026100087
Núm. Ecli: ES:TSJCL:2026:822
Núm. Roj: STSJ CL 822:2026
Encabezamiento
Equipo/usuario: JVA
Modelo: N11600 SENTENCIA ART 67 Y SS LRJCA
ABOGADO DEL ESTADO
Don AGUSTÍN PICÓN PALACIO
Doña MARÍA ANTONIA DE LALLANA DUPLÁ
Don FRANCISCO JAVIER PARDO MUÑOZ
Don FRANCISCO JAVIER ZATARAÍN Y VALDEMORO
En Valladolid, a 25 de febrero de dos mil veintiséis.
La Sección Tercera de la Sala de lo Contencioso-administrativo del Tribunal Superior de Justicia de Castilla y León, con sede en Valladolid, integrada por los Magistrados expresados al margen, ha pronunciado la siguiente
En el recurso contencioso-administrativo núm. 1002/23 (acumulado el 1003/23) interpuesto por el
Ha sido ponente la Magistrada doña María Antonia de Lallana Duplá, quien expresa el parecer de la Sala.
Y en los autos del p.o. 1003/23 en fecha 8 de febrero de 2024 dedujo la correspondiente demanda en la que solicitaba "se
Mediante auto de 11 de marzo de 2024, se acordó la acumulación de los autos del p.o. 1003/23 a los anteriores del p.o. 1002/23.
Por auto se acordó el recibimiento a prueba del procedimiento, practicándose la prueba que resultó admitida; y quedando las actuaciones pendientes de señalamiento para votación y fallo, lo que se efectuó el 19 de febrero de 2026.
En la tramitación de este proceso se han observado, sustancialmente, las prescripciones recogidas en el ordenamiento vigente, salvo los plazos fijados por el legislador, por causa del volumen de pendencia y trabajo que soporta la Sala.
El Consorcio Centro Nacional de Investigación de la Evolución Humana ha planteado recurso contencioso-administrativo en los autos p.o. 1002/23 frente a la resolución de 4 de agosto de 2023 del Tribunal Económico-Administrativo Regional de Castilla y León, Sala de Valladolid dictada en la reclamación núm. 47-01934-2019 (acumuladas las 47-1935-2019 y 47-01936-2019)formulada contra los con número de referencia 2019GRT00000807M, 2019GRT00000808C y 2019GRT00000805K acuerdos de ejecución adoptados por la Sra. Inspectora Regional Adjunta de la Delegación Especial, de la AEAT de Castilla y León en relación con el Impuesto sobre el Valor Añadido de los ejercicios 2010 a 2012, 2013 y 2015, respectivamente, y dictados en cumplimiento de las resoluciones de dicho Tribunal Regional de fecha 28 de septiembre de 2018 en las reclamaciones económico-administrativas número 47-00353-2015, 47-00355-2015 y 47-00448-2015. Y en los autos p.o. 1003/23 frente a la resolución de 4 de agosto de 2023 del Tribunal Económico-Administrativo Regional de Castilla y León, Sala de Valladolid reclamación núm. 47-01934-2019-50 (acumuladas las 47-1935-2019-50 y 47-01936-50) que desestima el recurso de anulación interpuesto contra la resolución del TEAR de 31 de agosto de 2021 dictada en las reclamaciones contra la ejecución núm. 47-01934-2019, 47-1935-2019 y 47-01936.
La resolución impugnada en los autos del p.o. 1002/23, de 4 de agosto de 2023, del Tribunal Económico-Administrativo Regional de Castilla y León, Sala de Valladolid desestimó la reclamación núm. 47-01934-2019 (acumuladas las 47-1935-2019 y 47-01936-2019) considerando, que con fecha 28 de septiembre de 2018 el Tribunal Económico Administrativo Regional resolvió las reclamaciones interpuestas por la entidad reclamante en relación con las liquidaciones practicadas por la Dependencia Regional de Inspección de la Delegación Especial de la AEAT de Castilla en relación al IVA de los años 2010 a 2015; y en las resoluciones adoptadas por el TEAR se concluyó que la entidad reclamante desarrollaba conjuntamente actividades sujetas y no sujetas al Impuesto sobre el Valor Añadido y que al objeto de establecer el porcentaje en que resultaban deducibles las cuotas soportadas correspondientes a bienes y servicios destinados en común a ambos tipos de operaciones, sujetas y no sujetas, se debía atender al método de distribución de las cuotas basado en los costes reales de las actividades, aceptando así la propuesta de la reclamante frente al método aplicado por la Inspección de los tributos. En ejecución de las resoluciones del TEAR la Inspección dictó los correspondientes acuerdos de ejecución; y al objeto de cuantificar las cuotas deducibles, la oficina gestora procedió a la distribución de los costes entre las áreas de actividad sujetas, las áreas de actividad no sujetas y las áreas de afectación conjunta a ambas actividades; y tras ello, la oficina gestora considera que deben admitirse como cuotas deducibles el 100% de cuotas soportadas en las operaciones sujetas y, además, un porcentaje de las cuotas soportadas en las actuaciones conjuntas que es determinado a través de una fracción en cuyo numerador se incluye el coste de las operaciones sujetas y en su denominador el coste total de las operaciones efectuadas en el período (sujetas, no sujetas y conjuntas).La interesada presenta reclamación contra los acuerdos de ejecución manifestando su oposición a la forma en que se había cuantificado el porcentaje de deducción que correspondía a las cuotas soportadas en las operaciones comunes; la recurrente considera que dicho porcentaje debe ser calculado incluyendo en el numerador el importe de las operaciones sujetas y en el denominador el importe de las operaciones sujetas y no sujetas. El TEAR para resolver la cuestión planteada consistente en:
Y la resolución del TEAR impugnada en los autos del p.o. 1003/23, de fecha 4 de agosto de 2023 del Tribunal Económico-Administrativo Regional de Castilla y León, Sala de Valladolid dictada en la reclamación núm. 47-01934-2019-50 (acumuladas las 47-1935-2019-50 y 47-01936-2019-50) desestima el recurso de anulación formulado frente a la resolución del TEAR de fecha 31 de agosto de 2021, dictada en las reclamaciones económico-administrativas tramitadas con los números 4701934-2019, 47-01935-2019 y 47-01936-2019, que se acordó:
EL Consorcio Centro Nacional de Investigación de la Evolución Humana alega en la demanda presentada en los autos del p.o. 1002/23 en el apartado de Hechos.
1º- El Tribunal Económico-Administrativo de Castilla-León con fecha 28 de septiembre de 2018, resolvió las reclamaciones nº 47/353/2015, nº 47/355/2015 y nº 47/448/2017,(IVA de los ejercicios 2010 a 2012, 2013 y 2015) dictando resoluciones, en la que se ESTIMABA EN PARTE las pretensiones planteadas por la ahora recurrente, ordenando la devolución del expediente para su correcta ejecución. Y en las resoluciones adoptadas por el Tribunal se concluyó que la entidad reclamante desarrollaba conjuntamente actividades sujetas y no sujetas al Impuesto sobre el Valor Añadido y que al objeto de establecer el porcentaje en que resultaban deducibles las cuotas soportadas correspondientes a bienes y servicios destinados en común a ambos tipos de operaciones, sujetas y no sujetas, se debía atender al método de distribución de las cuotas basado en los costes reales de las actividades, aceptando así la propuesta de la reclamante frente al método aplicado por la inspección de los tributos.
Así, se estiman por parte del Tribunal las alegaciones efectuadas respecto a la imputación de facturas que hace la AEAT a los distintos centros, como los criterios que dan lugar a esa imputación, y las efectuadas sobre el cálculo de la prorrata aplicable a las cuotas destinadas en común a las actividades sujetas y no sujetas.
Sin embargo, el TEAR mantuvo el criterio de la Inspección de no sujeción de las actividades realizadas dentro del programa de Geoarqueología, contra la que la actora muestra su disconformidad.
2º- Con fecha 17 de mayo de 2019, se dictaron las Resoluciones de la Oficina de Inspección Regional de Valladolid en cuya virtud se acuerda dar cumplimiento a lo dispuesto por el Tribunal Económico-Administrativo de Burgos, en ejecución de la Resolución recaída en las reclamaciones nº 47/353/2015, nº 47/355/2015 y nº 47/448/2015.
3º- No estando conformes con dichos acuerdos el 12 de junio de 2019 se interpuso Recurso contra el acuerdo de ejecución citado, que fue tramitado por el Tribunal Económico Administrativo Regional de Castilla y León, con el expediente nº 47/01934/2019, que se tramitó de forma acumulada a las reclamaciones nº 47/01935/2019 y 47/01936/2019, referidas a los ejercicios 2013 y 2015.
En dichos recursos se fundamentaron el error en el cálculo del porcentaje de IVA deducible en las operaciones conjuntas. Pues bien, tomando en consideración los fundamentos señalados en la resolución del TEAR, la Oficina Gestora para la determinación del IVA soportado deducible considera que debe admitirse el 100% del IVA soportado en las operaciones sujetas, el 0 % del IVA soportado en las operaciones no sujetas, y del soportado en las actuaciones comunes el porcentaje resultante de la prorrata.
Sin embargo, de forma completamente errónea para calcular el porcentaje de prorrata señala que en el numerador debe constar el importe de las operaciones sujetas y en el denominador el importe del total de las operaciones efectuadas.
Alega que esta afirmación es errónea puesto que el porcentaje de la prorrata aplicable calculado correctamente conforme a la resolución del TEAR debe ser calculado en función del método de imputación de costes, incluyendo:
en el numerador el importe de las operaciones sujetas.
en el denominador el importe de las operaciones sujetas y no sujetas.
4º- El Tribunal Regional dictó resoluciones el 31 de agosto de 2021 por la que desestima el recurso, confirmando los acuerdos impugnados.
5º- Que recibiéndose con fecha 7 de octubre de 2021 la Resolución dictada por el Tribunal por la que le notifica la desestimación de la Reclamación Económico-Administrativa nº 47/01934/2019, nº 47/01935/2019 y nº 47/01936/2019 acumuladas se formuló conforme a lo dispuesto en el artículo 241 bis, 1º c) de la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria, recurso de anulación al entenderse que la misma era incongruente de forma completa y manifiesta. Se tramitó dicho recurso de anulación en el expediente nº 47/01934/2019 /50/A. por falta de motivación.
6º- Nuevamente el Tribunal Económico-Administrativo Regional de Castilla y León, dicta resolución el 31 de mayo de 2022 por la que desestima el recurso, frente a la misma se interpuso recurso de alzada ante el TEA Central
7º- Frente a la misma se interpone con fecha 1 de julio de recurso de alzada(mal informado) ante el Tribunal Económico-Administrativo Central, en el que alega nuevamente la incongruencia interna de la resolución impugnada, la existencia de precedentes administrativos en expediente objeto de discusión ante el Tribunal Regional, así como actos propios de la administración y el evidente error en el cálculo del porcentaje de IVA deducible en operaciones conjuntas, como consecuencia del incorrecto cálculo en el numerador y denominador por parte de la AEAT. El TEAC inadmitió dicho recurso en fecha 19 de julio de 2023(por error en la indicación de los recursos).
Como consecuencia de dicho presunto error, el Tribunal Económico Administrativo Central remitió al Tribunal Económico Administrativo Regional con sede en Valladolid el expediente para la Sala de Valladolid efectuara la notificación con la indicación correcta de los recursos que proceden contra la resolución en du día dictada. Por este motivo, nuevamente se ha notificado la desestimación de la Reclamación Económico-Administrativo el 4 de agosto de 2023, que es la resolución, que ahora se recurre.
Sin embargo, también con fecha 19 de julio de 2.023, el Tribunal Económico Administrativo Central dictó resolución, recaída en el expediente nº 00-09050-2022 (correspondiente a las liquidaciones de IVA de los años 2.005 a 2.009, ambos inclusive) en la que resolvía también de igual manera que en el caso anterior y decía:
"De todo lo expuesto se desprende que, en el presente caso, no cabe la interposición del recurso de alzada contra la resolución del recurso contra la ejecución, en tanto que fue tramitado a través del procedimiento abreviado.
Alega la actora que estamos ante una resolución parcial, que no ha sido objeto de pronunciamiento por el TEA Regional de Valladolid, a pesar de que el TEA Central de Madrid le indicaba que dictase una resolución indicando el recurso procedente, que era precisamente el contencioso-Administrativo ante el Tribunal Superior de Justicia de Castilla y León con sede en Valladolid. Por este motivo, estamos ante una resolución incompleta del TEA.
La otra consecuencia es que estamos ante un expediente administrativo incompleto. En efecto, el expediente administrativo remitido se corresponde con las reclamaciones contra las liquidaciones de IVA de los años 2.010 a 2012, 2.013 y 2.015, pero no de los años anteriormente citados. Por este motivo, pasa en la demanda a realizar un relato histórico de lo acontecido en relación con los años 2.005 a 2.009, ambos inclusive.
Como último antecedente de hecho alega la existencia de precedente administrativo en una liquidación hecha al CENIEH en la liquidación del IVA del 2016 del CENIEH mediante el Acta n.º A02-72700942. Esta impugnación fue resuelta por el Tribunal en sesión celebrada el día 28 de septiembre de 2018 y en ejecución de esta resolución la Agencia Tributaria dictó la resolución (acompaña como doc. nº3 de la demanda) en la que acepta y aplica los criterios de liquidación y forma de cálculo de la prorrata que la actora ha defendido siempre.
En los fundamentos de derecho alega como motivos de recurso:
1º-Incongruencia de la resolución recurrida en alzada, vulneración del principio de legalidad y de reserva de ley, es una ley posterior. Dicha resolución es incongruente porque la única motivación que se aporta para aceptar el criterio de la Administración es que, aplicando la actual redacción (dada por la Ley 9/2017, de 8 de noviembre) del artículo 93. Cinco de la Ley 37/1992, de 28 de diciembre, del Impuesto sobre el Valor Añadido, dicho criterio es correcto; habiéndose aplicado una norma desfavorable de forma retroactiva, injustificadamente,
2º- Planteamiento de la corrección o no del cálculo de la prorrata en la ejecución: se trata de una estimación del recurso de esta parte en la instancia en el TEA Regional. Mantiene que el TEA Regional de Castilla y León estimaba correcta y procedente la forma de cálculo de los costes y del porcentaje de deducción realizado por el CENIEH, o sea, aplicando la forma de cálculo de la prorrata que defiende la actora.
Tal como consta en el expediente de la Inspección, el CENIEH utilizaba la siguiente fórmula:
% de prorrata = coste de las actividades sujetas/ coste de las actividades sujetas + coste de las actividades no sujetas
El porcentaje así obtenido se aplica al coste de las actividades generales (o coste de las actividades comunes). No tiene ningún sentido incluir en el denominador el coste de las actividades comunes porque precisamente se trata de calcular qué porcentaje del IVA soportado en las actividades generales o comunes se ha de considerar deducible. Es una simple y pura regla de tres. La suma del porcentaje del IVA soportado en actividades generales que es deducible (% de prorrata) y el porcentaje del IVA soportado en actividades generales que no es deducible (poniendo en el numerador el coste de las actividades no sujetas en lugar del coste de las actividades sujetas) ha de ser 100 %, cosa que no ocurre al calcular la prorrata según la AEAT o el TEA Regional en contra del TEA Regional de Castilla y León.
Tan errónea es la forma de cálculo de la AEAT en ejecución que ni siquiera cumple la ley, pues no excluyen del denominador de la prorrata, conforme ordena la Ley 3/2006
La cuestión de la forma de calcular la prorrata no se suscitó hasta la ejecución porque era una cuestión pacífica en la que se daba la razón al CENIEH.
3º- Existencia de precedente dictado por la propia Agencia Tributaria en otro expediente objeto de discusión en el TEAR en relación con el CENIEH.
También fue objeto de reclamación ante el TEAR de Castilla y León la liquidación del IVA del 2016 del CENIEH mediante el Acta n.º A02-72700942. Esta impugnación fue resuelta por el Tribunal en sesión celebrada el día 28 de septiembre de 2018.
En ejecución de esta resolución la Agencia Tributaria dictó la resolución que se ha acompañado como documento n.º 3, en la que se procede a realizar la liquidación del período de 2016 y lo hace conforme al criterio defendido por la actora en el recurso de ejecución contra las resoluciones a recurridas. Debe tenerse en cuenta que, tanto en este ejercicio como en los ejercicios que son objeto de recurso, la discusión sobre la regla de prorrata es idéntica.
Establece el artículo 35.1 c) de la Ley 39/2015, de 1 de octubre, del Procedimiento Administrativo Común de las Administraciones Públicas, que han de estar motivados, entre otros, aquellos actos administrativos
En nuestro caso la Administración y el TEAR se separan del criterio seguido en la liquidación y ejecución del ejercicio de 2016 sin motivarlo ni justificarlo debidamente. Es más, como se ha acreditado, aplica criterios diferentes en una ejecución y en otras, lo que supone una clara vulneración de los principios de igualdad y legalidad. Y por ello se viola el principio de igualdad del art. 14 de la Constitución y se incurre en una arbitrariedad, prohibida por el art. 9.3 de la Constitución. También se vulnera el principio de confianza legítima.
También tenemos que hablar de los actos propios de la Administración. Es doctrina constitucionalmente aceptada que una Administración no puede ir válidamente en contra de sus propios actos. En este sentido, cuando la Administración establece un criterio, da un trámite, un plazo o permite una actuación no puede posteriormente, amparándose en que dicho criterio, trámite o plazo es erróneo, desestimar las alegaciones o recurso presentado por el Administrado, ya que el error fue provocado por la propia Administración.
4º- Error en el cálculo del porcentaje de IVA deducible en las operaciones conjuntas; se ha aplicado una forma errónea para calcular la prorrata.
El TEAR en su resolución de 28 de septiembre de 2018 al resolver las reclamaciones nº 47/353/2015, nº 47/35572015 y nº 47/448/2017 considera que debe aplicarse el método de imputación de costes según se recoge y detalla en una auditoría externa, que fue aportada por la entidad, y realizada por la sociedad PricewaterhouseCoopers Auditores SL, sobre la imputación de cada una de las facturas individuales a los distintos centros de coste.
Pues bien, tomando en consideración los fundamentos señalados en las resoluciones del TEAR, la Oficina Gestora para la determinación del IVA soportado deducible considera que debe admitirse el 100% del IVA soportado en las operaciones sujetas y del soportado en las actuaciones comunes el porcentaje resultante de la prorrata.
Sin embargo, de forma completamente errónea para calcular el porcentaje de prorrata señala que en el numerador debe constar el importe de las operaciones sujetas y en el denominador el importe del total de las operaciones efectuadas en el periodo (sujetas, no sujetas y conjuntas). Esta afirmación es errónea puesto que el porcentaje de la prorrata aplicable calculado correctamente conforme a la resolución del TEAR debe ser calculado en función del método de imputación de costes, incluyendo:
en el numerador el importe de las operaciones sujetas.
en el denominador el importe de las operaciones sujetas y no sujetas.
Aplicando lo expuesto a nuestro caso concreto, los porcentajes de prorrata correctamente calculados para los años objeto de la resolución son los siguientes:
Estos porcentajes aplicados al importe de IVA soportado en operaciones conjuntas arroja los siguientes importes soportados y deducibles en dichas operaciones:
Una vez calculado correctamente el IVA deducible derivado de las operaciones conjuntas, este importe hay que añadirlo al IVA deducible derivado de las operaciones sujetas, de esta forma se obtiene un IVA deducible total para el periodo recurrido por importe de 1.576.017,65 €, que debe ser devuelto por la AEAT.
Lo expuesto concluye que existe una diferencia a favor del CENIEH, que es la diferencia entre el importe calculado en el acuerdo de ejecución y el importe calculado correctamente.
En cuanto a las reclamaciones correspondientes a los años 2.005 a 2.009, ambos inclusive, sucede lo mismo: de forma completamente errónea para calcular el porcentaje de prorrata señala que en el numerador debe constar el importe de las operaciones sujetas y en el denominador el importe del total de las operaciones efectuadas en el periodo (sujetas, no sujetas y conjuntas). Esta afirmación es errónea puesto que el porcentaje de la prorrata aplicable calculado correctamente conforme a la resolución del TEAR debe ser calculado en función del método de imputación de costes, incluyendo:
en el numerador el importe de las operaciones sujetas.
en el denominador el importe de las operaciones sujetas y no sujetas.
Aplicando lo expuesto a nuestro caso concreto, los porcentajes de prorrata correctamente calculados para los años objeto de la resolución son los siguientes:
Estos porcentajes aplicados al importe de IVA soportado en operaciones conjuntas arroja los siguientes importes soportados y deducibles en dichas operaciones:
Una vez calculado correctamente el IVA deducible derivado de las operaciones conjuntas, este importe hay que añadirlo al IVA deducible derivado de las operaciones sujetas, de esta forma se obtiene un IVA deducible total para el periodo recurrido por importe de 3.780.251,01 €, que debe ser devuelto por la AEAT.
El calculado erróneamente por la AEAT ascendía a 1.194.291,47 €.
Y el principio básico que preside el IVA, es el de neutralidad, habiendo acentuado con reiteración la jurisprudencia europea que
Ahora bien, la perseguida neutralidad en la resolución recurrido ha llegado a fracturase al incluirse en el denominador por parte de la AEAT operaciones y actividades conjuntas, a ambos tipos de operaciones (sujetas y no sujetas).
El objetivo de la neutralidad se pone de manifiesto la jurisprudencia europea cuando señala que la no inclusión de determinadas operaciones en el denominador de la fracción que se utiliza para el cálculo de la prorrata
Por parte del actuario y del Tribunal se aplica una redacción de una norma de forma retroactiva que resulta contraria a derecho. Se aplica para el cálculo de la prorrata del ejercicio de 2015, la actual redacción del artículo 93. Cinco de la Ley 37/1992, de 28 de diciembre, del Impuesto sobre el Valor Añadido, redacción dada por la Ley 9/2017, de 8 de noviembre y que únicamente tiene efectos desde el 10 de noviembre de 2017, y no resulta aplicable con carácter retroactivo en el ejercicio 2015 objeto de inspección.
Pues bien poniendo en relación esta modificación con el principio de neutralidad es por lo que queda acreditado que el cálculo de la prorrata se ha efectuado de forma indebida para los periodos recurridos, y por las operaciones conjuntas controvertidas deben excluirse del denominador del cálculo para evitar distorsiones en la aplicación de la prorrata.
5º- Existencia de una nueva y reciente jurisprudencia del Tribunal Supremo sobre el IVA de la investigación: deducibilidad del 100 %: nulidad de pleno derecho de las resoluciones recurridas.
Con fecha 15 de diciembre de 2.023, la Sección Segunda del Tribunal Supremo ha dictado dos sentencias con números 1.703/2.023 y 1.704/2.023 correspondientes a los recursos núms. 4.235/2.022 y 4.384/2.022, respectivamente, sobre lo que aquí se discute, esto es, la deducibilidad o no del IVA de la investigación.
En estas dos sentencias, el Tribunal Supremo deja claro que no existe más que un solo tipo de investigación, la INVESTIGACIÓN y no, como hace la Agencia Tributaria, una "investigación básica", en beneficio del conjunto de la sociedad y una "investigación aplicada", tendente a producir un efecto o un resultado inmediato en una industria o sector económico para el que se ha investigado "ad hoc". Según esta jurisprudencia, sólo existe una actividad económica, que es la INVESTIGACIÓN y sea cual sea el destinatario de la misma, el IVA es deducible al 100 %, por lo que no cabe la aplicación de la regla de prorrata en ningún caso.
Las conclusiones de esta sentencia son plenamente aplicables al caso que nos ocupa en el que el CENIEH sólo se dedica a la investigación. No desarrolla ninguna otra actividad, como la docencia. De hecho su propio nombre lo dice todo: Centro Nacional de Investigación sobre la Evolución Humana. Por lo tanto, el 100 % del IVA de la investigación es deducible.
Esta nueva jurisprudencia es absolutamente esencial para resolver el caso que nos ocupa, ya que desde el Tribunal Supremo se está reconociendo el hecho de la deducibilidad del todo el IVA de la investigación, lo que equivaldría a una prorrata del 100 %. Esto deja las resoluciones objeto de recurso en una situación de nulidad radical o absoluta, que puede ser aplicable de oficio por esta Sala.
La nulidad radical es predicable por aplicación del art. 47 a) y c) de la Ley 39/2015, de 1 de octubre, del Procedimiento Administrativo Común de las Administraciones Públicas.
No obstante lo anterior, si se entendiera que esta jurisprudencia no es aplicable al caso que nos ocupa porque hay unas resoluciones administrativas previas, dado el carácter revisor de la jurisdicción contencioso-administrativa, es evidente que debe estimarse el recurso y aplicar el criterio de prorrata que defiende la actora por ser el más cercano al 100 % de deducibilidad de las cuotas de IVA soportado.
Y la entidad actora en la demanda de los autos 1003/23 concreta que su alcance se dirige contra la resolución de 4 de agosto de 2023 de la Sala del Tribunal Económico Administrativo Regional de Castilla y León. En esta resolución se desestiman los recursos de anulación presentados el 28 de septiembre de 2.019 contra las resoluciones del TEAR que desestimaban la impugnación de los acuerdos de ejecución de la Agencia Tributaria de las previas resoluciones del TEAR. Esta resolución se dicta como consecuencia de la devolución desde el Tribunal Económico Administrativo Central de Madrid de los expedientes, al entender que no cabía el recurso de alzada que el TEAR de Valladolid dio a la parte actora tras resolver con anterioridad los mismos recursos de anulación. El TEA Central obliga al TEA Regional de Valladolid a notificar nuevamente la resolución desestimatoria sobre el fondo del asunto y la desestimatoria de los recursos de anulación indicando correctamente los recursos procedentes. Sin embargo, esta resolución sólo resuelve los recursos de anulación, existiendo otra de la misma fecha (que ha dado origen al procedimiento 1002/2023 en esa misma Sala) en que se notifican las resoluciones desestimatorias sobre el fondo del asunto. Por lo tanto, el TEA Regional de Valladolid ha separado con dos resoluciones diferentes el fondo del asunto y los recursos de anulación. Por este motivo, se ha interesado la acumulación de ambos procesos. A continuación, reitera los mismos hechos, fundamentos de derecho y suplico que la demanda de los autos nº 1002/23.
La Abogacía del Estado se opone a la demanda alegando que constituyendo el objeto de este procedimiento las Resoluciones del TEAR por las que se desestiman los recursos contra la ejecución interpuestos por la entidad ahora recurrente contra los acuerdos dictados por la AEAT ante la estimación parcial de las reclamaciones interpuestas en su día por el concepto del IVA correspondiente a los periodos de 2010 a 2012, 2013 y 2015, resulta aplicable el art. 241 TER LGT y debe tenerse en cuenta que el ámbito del recurso contra la ejecución no es el enjuiciamiento de la validez del originario acto de liquidación dictado, siendo inadmisible el planteamiento en este recurso de todas aquellas cuestiones que se planteen sobre temas ya decididos por la resolución que se ejecuta o sobre temas que hubieran podido ser planteados en la reclamación cuya resolución se ejecuta.Por ello el objeto de esta litis ha de quedar limitado a la única y concreta cuestión que ha surgido con ocasión de la ejecución de las Resoluciones del TEAR y que no ha sido objeto de debate en las Resoluciones principales: la determinación del porcentaje de las cuotas soportadas que pueden ser deducidas respecto de las actuaciones conjunta a las actividades sujetas y no sujetas; porcentaje que es determinado por la AEAT a través de una fracción en cuyo numerador se incluye el coste de las operaciones sujetas y en su denominador el coste total de las operaciones efectuadas en el periodo en cuestión (es decir: sujetas, no sujetas y conjuntas); y por la recurrente incluyendo igualmente en el numerador el importe de las operaciones sujetas pero en el denominador el importe de las operaciones sujetas y no sujetas, excluyendo las comunes. Y el principio que ha de presidir en la cuantificación y determinación de las cuotas soportadas de IVA que pueden de ser deducidas por una entidad (como ahora el CENIEH) que desarrolla actividades sujetas y no sujetas a IVA es el de neutralidad fiscal. Y el criterio que más respeta este principio es precisamente el que utiliza la AEAT, que considera que la cuantía de las cuotas deducibles debe estar correlacionado con el importe de las cuotas repercutidas por el sujeto pasivo como consecuencia de las operaciones sujetas al impuesto, lo que se consigue teniendo en cuenta el porcentaje que dichas operaciones sujetas representan sobre el "conjunto de la total actividad" de la entidad (operaciones sujetas, no sujetas, y comunes), y no solo sobre una parte de sus actividades (operaciones sujetas y no sujetas) como pretende la recurrente. Como razona el TEAR en su resolución, la actual redacción del artículo 93. Cinco de la Ley 37/1992, de 28 de diciembre, del Impuesto sobre el Valor Añadido; aunque no resulte aplicable por razones temporales, puede arrojar algo de luz sobre la cuestión que nos ocupa, habiendo aclarado las reglas para la determinación de las cuotas deducibles en entidades que desarrollan actividades sujetas conjuntamente con otras no sujetas al impuesto. Así, la Ley 9/2017, de 8 de noviembre, ha modificado con efectos desde el 10 de noviembre de 2017 el apartado cinco del artículo 93 de la Ley del IVA y, como señala su preámbulo, tiene por objetivo "facilitar la determinación del régimen de deducción de las entidades del sector público que realizan simultáneamente operaciones sujetas y no sujetas al Impuesto", incluyendo ahora dicho precepto un segundo párrafo en el que se establece que "a estos efectos, podrá atenderse a la proporción que represente el importe total, excluido el Impuesto sobre el Valor Añadido, determinado para cada año natural, de las entregas de bienes y prestaciones de servicios de las operaciones sujetas al Impuesto, respecto del total de ingresos que obtenga el sujeto pasivo en cada año natural por el conjunto de su actividad". Luego el legislador, siguiendo el principio de neutralidad financiera, a los efectos de determinar la proporción de cuotas deducibles correspondientes a entidades del sector público que realizan simultáneamente operaciones sujetas y no sujetas, propone un método en la Ley del IVA en el que considera en el denominador de la fracción "el conjunto de su actividad", y no solo una parte de ella. En la medida en que este criterio es justamente el aplicado por la Inspección de los tributos en los acuerdos ahora impugnados en ejecución de las Resoluciones anteriores, deben ser confirmados.
El artículo 241 bis, sobre recurso de anulación, de la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria, establece que:
Alega la parte actora que en la motivación de la resolución únicamente se indica que considera que el criterio de la oficina gestora se ajusta más al principio de neutralidad, que el criterio que sostiene esa parte en su reclamación. Pero dicha resolución es incongruente porque la única motivación que se aporta para aceptar el criterio de la Administración es que, aplicando la actual redacción (dada por la Ley 9/2017, de 8 de noviembre) del artículo 93. Cinco de la Ley 37/1992, de 28 de diciembre, del Impuesto sobre el Valor Añadido, dicho criterio es correcto. Y en este mismo sentido el propio Tribunal económico-administrativo señala que dicha redacción no es aplicable a nuestro caso, por ser una modificación de la norma posterior.
Sin embargo, por las propias razones recogidas en la resolución de TEAR que desestima el recurso de anulación se está en el caso de rechazar por la sala esta cuestión pues no concurre la incongruencia (completa y manifiesta) interna de la resolución alegada dado que la resolución impugnada no aplica una norma no vigente de forma restrictiva, sino que se remite a ella como criterio interpretativo.
Todo ello sin perjuicio de entrar en el análisis de la propia Resolución del TEAR de 31 de agosto de 2021 dictada en las reclamaciones núm. 47/1934/19, 47/1935/19 y 47/1936/2019, y ello al disponer el apartado 6 del artículo 241 bis que
Con carácter previo debe tenerse en cuenta que la Resolución de fondo impugnada resuelve un recurso contra la ejecución.
Constituye el objeto de este procedimiento los acuerdos con número de referencia 2019GRT00000807M, 2019GRT00000808C y 2019GRT00000805K adoptados por la Sra. Inspectora Regional Adjunta de la Delegación Especial de la AEAT de Castilla y León en relación con el Impuesto sobre el Valor Añadido de los ejercicios 2010 a 2012, 2013 y 2015, respectivamente, y dictados en cumplimiento de las resoluciones estimatorias en parte del TEAR de fecha 28 de septiembre de 2018 en las reclamaciones económico-administrativas número 47-00353-2015, 47-00355-2015 y 47-00448-2015. En estas Resoluciones se admitió que es el propio sujeto pasivo quien puede determinar el criterio de reparto de las cuotas comunes entre las actividades económicas y no económicas que realiza, exigiendo como único requisito que dicho criterio resulte razonable y se aplique de forma homogénea en el tiempo; se acepta el método propuesto por la reclamante de distribución de las cuotas basadas en los costes reales de las actividades, no resultando de obligatoria aplicación el método de reparto empleado por la inspección.
En cumplimiento de esta Resolución se anularon los acuerdos de liquidación y tras la correspondiente tramitación se dictaron nuevos acuerdos y se procedió a la distribución de los costes entre las áreas de actividad sujetas, las áreas de actividad no sujetas y las áreas de afectación conjunta a ambas actividades. Tras ello, la AEAT considera que deben admitirse como cuotas deducibles el 100% de las soportadas en las operaciones sujetas y, además, un porcentaje de las cuotas soportadas en las actuaciones conjuntas; porcentaje que es determinado a través de una fracción en cuyo numerador se incluye el coste de las operaciones sujetas y en su denominador el coste total de las operaciones efectuadas en el periodo en cuestión (es decir: sujetas, no sujetas y conjuntas).
La recurrente discrepa de la determinación de este segundo porcentaje, considerando que debe ser calculado incluyendo en el numerador el importe de las operaciones sujetas y en el denominador el importe de las operaciones sujetas y no sujetas, excluyendo las comunes.
Pues bien, debe tenerse en cuenta que dispone el art. 241 TER de la LGT lo siguiente:
Conforme a la disposición anterior resulta que el ámbito del recurso contra la ejecución no es el enjuiciamiento de la validez del originario acto de liquidación dictado, siendo inadmisible el planteamiento en este recurso de todas aquellas cuestiones que se planteen sobre temas ya decididos por la resolución que se ejecuta o sobre temas que hubieran podido ser planteados en la reclamación cuya resolución se ejecuta.
Por ello el objeto de esta litis ha de quedar limitado a la única y concreta cuestión que ha surgido con ocasión de la ejecución de las Resoluciones del TEAR: la determinación del porcentaje de las cuotas soportadas que pueden ser deducidas respecto de las actuaciones conjunta a las actividades sujetas y no sujetas; porcentaje que es determinado por la AEAT a través de una fracción en cuyo numerador se incluye el coste de las operaciones sujetas y en su denominador el coste total de las operaciones efectuadas en el periodo en cuestión (es decir: sujetas, no sujetas y conjuntas); y por la recurrente incluyendo igualmente en el numerador el importe de las operaciones sujetas pero en el denominador el importe de las operaciones sujetas y no sujetas, excluyendo las comunes.
Por consiguiente, no cabe plantear en esta fase de ejecución las nuevas cuestiones alegadas en la demanda con relación a la nueva y reciente jurisprudencia del TS sobre el IVA de la investigación (alega la actora que según esta jurisprudencia, solo existe una actividad económica, que es la investigación y sea cual sea el destinatario de la misma el IVA es deducible al 100% por lo que no cabe la aplicación de la regla de la prorrata en ningún caso).
Tampoco cabe ampliar el objeto del debate respecto de otras actuaciones seguidas por el TEAR en relación con el expediente n.º 00-9050-2022 (correspondiente a las liquidaciones de IVA de los años 2005 a 2009)que ha tenido una tramitación separada, y que con independencia de que se haya podido dictar en relación al mismo por el TEAC (reclamación 9050-2022,doc. 2 de la demanda) en fecha 19 de julio de 2023 una resolución semejante a la dictada por el TEAC (reclamación 5714-2022, doc.1 de la demanda)en relación con los otros expedientes acumulados 47/353/2015, 47/355/2015 y 47/448/2015, correspondientes al IVA de los ejercicios 2010 a 2012, 2013 y 2015 que son el objeto de este proceso, como se identifica en la resoluciones impugnadas del TEAR de fecha 4 de agosto de 2023,y en los escritos iniciales de interposición del recurso, resulta que las circunstancias alegadas en la demanda sobre la falta de nueva notificación por el TEAR, del acuerdo inicial recurrido en alzada ante el TEAC son ajenas a este litigio.
Tal como alega la actora en la demanda las resoluciones del TEAR de fecha 28 de septiembre de 2018 aceptaron el método de cálculo planteada por la reclamante sobre el grado de deducción de las cuotas soportadas en común por actividades tanto sujetas como ajenas al ámbito del IVA, método de distribución de las cuotas basado en los costes reales de las actividades.
Así, el Tribunal Económico-Administrativo Regional de Castilla-León con fecha 28 de septiembre de 2018, en la Reclamación nº 47/00448/2017, y también en los procedimientos núms. 47/00353/2015 y 47/00355/2015 dictó resolución, en la que se estimaba en parte las pretensiones planteadas por la ahora recurrente, ordenando la devolución del expediente para su correcta ejecución. Dice en su fallo:
Y respecto del cálculo efectuado por el CENIEH decía expresamente en la página 15, (47/00353/2015 y 47/00355/2015) inmediatamente antes del hecho sexto, lo siguiente:
Y justificaba la estimación de esta pretensión en los siguientes razonamientos:
A este respecto, ambas partes coinciden en los principios que deben determinar la deducción de las cuotas soportadas. Las partes comparten que las cuotas correspondientes a áreas vinculadas a las operaciones no sujetas no determinan el derecho a la deducción, mientras que sí tendrán carácter deducible las cuotas destinadas a la realización de operaciones sujetas y, finalmente, que las cuotas correspondientes a bienes y servicios destinados en común a ambos tipos de operaciones, sujetas y no sujetas, serán deducibles en el porcentaje en que se consideren destinados a la realización de las operaciones sujetas.
Es precisamente este último aspecto, en concreto el modo de determinar ese porcentaje de deducción de las cuotas comunes, el que constituye el objeto de controversia.
En síntesis, la reclamante pretende que dicho porcentaje de deducción se determine en función del coste real que soporta cada tipo de operaciones, mientras que la Inspección de los tributos establece en el acuerdo de liquidación que dicho porcentaje debe venir dado por la relación entre el importe total de las entregas de bienes y prestaciones de servicios sujetas al impuesto y el importe de la totalidad de los ingresos que obtiene la entidad, incluida la dotación presupuestaria pública que recibe.
Como cuestión previa, debemos compartir con la reclamante que la regla de prorrata a que se refiere la Ley del IVA sólo opera dentro de las operaciones sujetas al impuesto, en concreto cuando se realizan simultáneamente operaciones gravadas y exentas, mientras que en el caso que nos ocupa la cuestión controvertida versa sobre el grado de deducción de las cuotas soportadas en común en actividades tanto sujetas como ajenas al ámbito del IVA. En este sentido, el Tribunal de Justicia de la Unión Europea, entre otras, en su Sentencia de 16 de julio de 2015 (Asunto núms. C-108/14 y C-109/14), señala que el régimen de deducción previsto en el artículo 17, apartado 5, de la Sexta Directiva, esto es, el relativo a la regla de prorrata, "se aplica únicamente en los supuestos en que los bienes y servicios son utilizados por el sujeto pasivo para realizar indistintamente operaciones económicas con derecho a deducción y operaciones económicas que no conlleven tal derecho, es decir, cuando se trate de bienes y servicios de uso mixto. Los Estados miembros sólo pueden aplicar alguno de los métodos de deducción contemplados en el artículo 17, apartado 5, párrafo tercero, de la citada Directiva en lo que respecta a tales bienes y servicios ( sentencia Portugal Telecom, C-496/11, EU:C:2012:557, apartado 40)", insistiendo en esta idea en el apartado 27 de la Sentencia al indicar que "Las normas contenidas en el artículo 17, apartado 5, de la Sexta Directiva se refieren al IVA soportado que grava gastos relacionados exclusivamente con operaciones económicas", y diferenciando seguidamente la situación expuesta de la que acontece en el caso del reparto de las cuotas soportadas entre actividades económicas y no económicas, en relación con la cual indica lo siguiente:
"27... La determinación de los métodos y de los criterios de reparto de las cuotas soportadas de IVA entre actividades económicas y actividades no económicas en el sentido de la Sexta Directiva está comprendida dentro de la facultad de apreciación de los Estados miembros, los cuales, en el ejercicio de dicha facultad, deben tener en cuenta la finalidad y la estructura de esa Directiva y, con ese objeto, han de establecer un método de cálculo que refleje objetivamente la parte de los gastos soportados que es realmente imputable a cada una de esas dos actividades ( sentencias Securenta, C-437/06, EU:C:2008:166, apartados 33 y 39, y Portugal Telecom, C-496/11, apartado 42)".
De igual modo, debemos compartir con la reclamante que la Ley 3/2006 excluyó de forma expresa, y para todo tipo sujetos pasivos, la inclusión en el denominador de la prorrata de las subvenciones no vinculadas al precio de las operaciones.
Sin embargo, la imprecisión en que a juicio de este Tribunal se incurre en el acuerdo de liquidación, no tanto al identificar el porcentaje de deducción que aplica a las cuotas soportadas en común con el término de "prorrata", sino más bien al remitir para su determinación a la regulación contenida en el articulo 104 de la Ley del IVA, no debe dar lugar a su anulación, pues en el fondo lo que ha venido a querer determinar la Inspección de los tributos es el porcentaje o proporción en que las cuotas comunes deben considerarse afectas a las actividades económicas del Centro, siendo además esta regularización comprendida por la reclamante que defiende la aplicación de un método diferente de imputación y, por tanto, evidenciando la falta de indefensión que esta situación le ha generado.
Establecida la precisión anterior, debemos establecer el marco que debe regular el reparto de las cuotas soportadas en común entre las actividades económicas y no económicas partiendo para ello de los criterios contenidos en la Sentencia del Tribunal de Justicia de la Unión Europea de Sentencia de 13 de marzo de 2008(Asunto n 0 C-437/06 , Securenta). En esta Sentencia el Tribunal sienta en primer lugar que
Y conforme a los anteriores razonamientos de las resoluciones del TEAR de 28 de septiembre de 2018, que figuran incorporados a los autos como documentos 5 y 6 de la demanda procede la estimación del recurso, pues se parte de la naturaleza dual del Centro recurrente que realiza actividades económicas y no económicas, por lo que no son aplicables las normas de la prorrata del IVA, como recoge la doctrina de la jurisprudencia aplicable del TJUE (sentencia de 13 de marzo de 2008, Asunto nº C-437 Securenta)y la normativa del IVA aplicable, incluso se refiere a la posterior Ley 9/2017, de 8 de noviembre, que ha modificado con efectos desde el 10 de noviembre de 2017 el apartado cinco del artículo 93 de la Ley del IVA, y en cuyo criterio interpretativo se basan las resoluciones del TEAR impugnadas.
Además la Sala considera que el método de cálculo planteada por la reclamante sobre el grado de deducción de las cuotas soportadas en común por actividades tanto sujetas como ajenas al ámbito del IVA, método de distribución de las cuotas basado en los costes reales de las actividades, es el que más respeta el principio de neutralidad del IVA recogido en la aplicación de la Sexta Directiva europea; y respecto al grado de deducción de las cuotas soportadas en común en actividades tanto sujetas como ajenas al ámbito del IVA se reitera la consideración de la citada STJUE de 13 de marzo de 2008(Asunto nº C-437/06) transcrita en la resolución del TEAR impugnada (47-1934) :...
Y como decíamos el método de cálculo defendido por la actora consideramos que el más respetuoso con el principio de neutralidad del IVA. Así, el porcentaje para el cálculo de las actividades comunes a las actividades sujetas y no sujetas se debe realizar con la fórmula del numerador con el coste de las actividades sujetas y el denominador con el coste de las actividades sujetas + el coste de las actividades no sujetas.
No tiene sentido poner en el denominador el coste de las actividades comunes porque con la prorrata se trata de calcular la parte del IVA soportado por las actividades generales que es deducible, en la medida que se dedica a dar soporte a las actividades sujetas. Estas actividades generales o comunes son actividades de soporte, de apoyo a las actividades sujetas y no sujetas.
Se estima parcialmente las demandas origen de estos autos.
De conformidad con lo dispuesto en el artículo 139 de la LJCA, en su redacción dada por la Ley 37/2011, de 10 de octubre, vigente desde el 31 de octubre de 2011, estimado en parte el recurso no procede realizar expresa imposición de las costas del proceso.
VISTOS los artículos citados y demás de general y pertinente aplicación,
ESTIMAR PARCIALMENTE el recurso contencioso-administrativo interpuesto por el Consorcio Centro Nacional de Investigación de la Evolución Humana contra la resolución de 4 de agosto de 2023 del Tribunal Económico-Administrativo Regional de Castilla y León, Sala de Valladolid dictada en la reclamación núm. 47-01934-2019 (acumuladas las 47-1935-2019 y 47-01936) contra la ejecución en relación con el IVA de los ejercicios 2010 a 2012, 2013 y 2015, liquidación; y frente a la resolución del 4 de agosto de 2023 del Tribunal Económico-Administrativo Regional de Castilla y León, Sala de Valladolid (reclamación núm. 47-01934-2019-50 (acumuladas las 47-1935-2019-50 y 47-01936-50) que desestima el recurso de anulación interpuesto contra la resolución del TEAR de 31 de agosto de 2021 dictada en las reclamaciones contra la ejecución núm. 47-01934-2019, 47-1935-2019 y 47-01936. Y ANULAMOS PARCIALMENTE ambas resoluciones por su disconformidad con el ordenamiento jurídico y acordamos que en la ejecución de la resolución administrativa dictada en su día, se establezca que el porcentaje de la prorrata aplicable en función del método de imputación de costes debe calcularse incluyendo en el numerador el importe del coste de las operaciones sujetas y en el denominador solamente el importe del coste de las operaciones sujetas y no sujetas; y desestimamos las restantes pretensiones de la demanda. No se efectúa expresa imposición de las costas del recurso.
Llévese testimonio de esta resolución a los autos principales, dejando el original en el libro correspondiente.
La presente sentencia es susceptible de recurso de casación ante la Sala de lo Contencioso-administrativo del Tribunal Supremo de conformidad con lo previsto en el artículo 86 de la LJCA cuando el recurso presente interés casacional objetivo para la formación de jurisprudencia; mencionado recurso se preparará ante esta Sala en el plazo de treinta días siguientes a la notificación de la sentencia y en la forma señalada en el artículo 89.2 de la LJCA.
Así, por esta sentencia, lo pronunciamos, mandamos y firmamos.
La difusión del texto de esta resolución a partes no interesadas en el proceso en el que ha sido dictada sólo podrá llevarse a cabo previa disociación de los datos de carácter personal que los mismos contuvieran y con pleno respeto al derecho a la intimidad, a los derechos de las personas que requieran un especial deber de tutelar o a la garantía del anonimato de las víctimas o perjudicados, cuando proceda.
Los datos personales incluidos en esta resolución no podrán ser cedidos, ni comunicados con fines contrarios a las leyes.
Antecedentes
Y en los autos del p.o. 1003/23 en fecha 8 de febrero de 2024 dedujo la correspondiente demanda en la que solicitaba "se
Mediante auto de 11 de marzo de 2024, se acordó la acumulación de los autos del p.o. 1003/23 a los anteriores del p.o. 1002/23.
Por auto se acordó el recibimiento a prueba del procedimiento, practicándose la prueba que resultó admitida; y quedando las actuaciones pendientes de señalamiento para votación y fallo, lo que se efectuó el 19 de febrero de 2026.
En la tramitación de este proceso se han observado, sustancialmente, las prescripciones recogidas en el ordenamiento vigente, salvo los plazos fijados por el legislador, por causa del volumen de pendencia y trabajo que soporta la Sala.
El Consorcio Centro Nacional de Investigación de la Evolución Humana ha planteado recurso contencioso-administrativo en los autos p.o. 1002/23 frente a la resolución de 4 de agosto de 2023 del Tribunal Económico-Administrativo Regional de Castilla y León, Sala de Valladolid dictada en la reclamación núm. 47-01934-2019 (acumuladas las 47-1935-2019 y 47-01936-2019)formulada contra los con número de referencia 2019GRT00000807M, 2019GRT00000808C y 2019GRT00000805K acuerdos de ejecución adoptados por la Sra. Inspectora Regional Adjunta de la Delegación Especial, de la AEAT de Castilla y León en relación con el Impuesto sobre el Valor Añadido de los ejercicios 2010 a 2012, 2013 y 2015, respectivamente, y dictados en cumplimiento de las resoluciones de dicho Tribunal Regional de fecha 28 de septiembre de 2018 en las reclamaciones económico-administrativas número 47-00353-2015, 47-00355-2015 y 47-00448-2015. Y en los autos p.o. 1003/23 frente a la resolución de 4 de agosto de 2023 del Tribunal Económico-Administrativo Regional de Castilla y León, Sala de Valladolid reclamación núm. 47-01934-2019-50 (acumuladas las 47-1935-2019-50 y 47-01936-50) que desestima el recurso de anulación interpuesto contra la resolución del TEAR de 31 de agosto de 2021 dictada en las reclamaciones contra la ejecución núm. 47-01934-2019, 47-1935-2019 y 47-01936.
La resolución impugnada en los autos del p.o. 1002/23, de 4 de agosto de 2023, del Tribunal Económico-Administrativo Regional de Castilla y León, Sala de Valladolid desestimó la reclamación núm. 47-01934-2019 (acumuladas las 47-1935-2019 y 47-01936-2019) considerando, que con fecha 28 de septiembre de 2018 el Tribunal Económico Administrativo Regional resolvió las reclamaciones interpuestas por la entidad reclamante en relación con las liquidaciones practicadas por la Dependencia Regional de Inspección de la Delegación Especial de la AEAT de Castilla en relación al IVA de los años 2010 a 2015; y en las resoluciones adoptadas por el TEAR se concluyó que la entidad reclamante desarrollaba conjuntamente actividades sujetas y no sujetas al Impuesto sobre el Valor Añadido y que al objeto de establecer el porcentaje en que resultaban deducibles las cuotas soportadas correspondientes a bienes y servicios destinados en común a ambos tipos de operaciones, sujetas y no sujetas, se debía atender al método de distribución de las cuotas basado en los costes reales de las actividades, aceptando así la propuesta de la reclamante frente al método aplicado por la Inspección de los tributos. En ejecución de las resoluciones del TEAR la Inspección dictó los correspondientes acuerdos de ejecución; y al objeto de cuantificar las cuotas deducibles, la oficina gestora procedió a la distribución de los costes entre las áreas de actividad sujetas, las áreas de actividad no sujetas y las áreas de afectación conjunta a ambas actividades; y tras ello, la oficina gestora considera que deben admitirse como cuotas deducibles el 100% de cuotas soportadas en las operaciones sujetas y, además, un porcentaje de las cuotas soportadas en las actuaciones conjuntas que es determinado a través de una fracción en cuyo numerador se incluye el coste de las operaciones sujetas y en su denominador el coste total de las operaciones efectuadas en el período (sujetas, no sujetas y conjuntas).La interesada presenta reclamación contra los acuerdos de ejecución manifestando su oposición a la forma en que se había cuantificado el porcentaje de deducción que correspondía a las cuotas soportadas en las operaciones comunes; la recurrente considera que dicho porcentaje debe ser calculado incluyendo en el numerador el importe de las operaciones sujetas y en el denominador el importe de las operaciones sujetas y no sujetas. El TEAR para resolver la cuestión planteada consistente en:
Y la resolución del TEAR impugnada en los autos del p.o. 1003/23, de fecha 4 de agosto de 2023 del Tribunal Económico-Administrativo Regional de Castilla y León, Sala de Valladolid dictada en la reclamación núm. 47-01934-2019-50 (acumuladas las 47-1935-2019-50 y 47-01936-2019-50) desestima el recurso de anulación formulado frente a la resolución del TEAR de fecha 31 de agosto de 2021, dictada en las reclamaciones económico-administrativas tramitadas con los números 4701934-2019, 47-01935-2019 y 47-01936-2019, que se acordó:
EL Consorcio Centro Nacional de Investigación de la Evolución Humana alega en la demanda presentada en los autos del p.o. 1002/23 en el apartado de Hechos.
1º- El Tribunal Económico-Administrativo de Castilla-León con fecha 28 de septiembre de 2018, resolvió las reclamaciones nº 47/353/2015, nº 47/355/2015 y nº 47/448/2017,(IVA de los ejercicios 2010 a 2012, 2013 y 2015) dictando resoluciones, en la que se ESTIMABA EN PARTE las pretensiones planteadas por la ahora recurrente, ordenando la devolución del expediente para su correcta ejecución. Y en las resoluciones adoptadas por el Tribunal se concluyó que la entidad reclamante desarrollaba conjuntamente actividades sujetas y no sujetas al Impuesto sobre el Valor Añadido y que al objeto de establecer el porcentaje en que resultaban deducibles las cuotas soportadas correspondientes a bienes y servicios destinados en común a ambos tipos de operaciones, sujetas y no sujetas, se debía atender al método de distribución de las cuotas basado en los costes reales de las actividades, aceptando así la propuesta de la reclamante frente al método aplicado por la inspección de los tributos.
Así, se estiman por parte del Tribunal las alegaciones efectuadas respecto a la imputación de facturas que hace la AEAT a los distintos centros, como los criterios que dan lugar a esa imputación, y las efectuadas sobre el cálculo de la prorrata aplicable a las cuotas destinadas en común a las actividades sujetas y no sujetas.
Sin embargo, el TEAR mantuvo el criterio de la Inspección de no sujeción de las actividades realizadas dentro del programa de Geoarqueología, contra la que la actora muestra su disconformidad.
2º- Con fecha 17 de mayo de 2019, se dictaron las Resoluciones de la Oficina de Inspección Regional de Valladolid en cuya virtud se acuerda dar cumplimiento a lo dispuesto por el Tribunal Económico-Administrativo de Burgos, en ejecución de la Resolución recaída en las reclamaciones nº 47/353/2015, nº 47/355/2015 y nº 47/448/2015.
3º- No estando conformes con dichos acuerdos el 12 de junio de 2019 se interpuso Recurso contra el acuerdo de ejecución citado, que fue tramitado por el Tribunal Económico Administrativo Regional de Castilla y León, con el expediente nº 47/01934/2019, que se tramitó de forma acumulada a las reclamaciones nº 47/01935/2019 y 47/01936/2019, referidas a los ejercicios 2013 y 2015.
En dichos recursos se fundamentaron el error en el cálculo del porcentaje de IVA deducible en las operaciones conjuntas. Pues bien, tomando en consideración los fundamentos señalados en la resolución del TEAR, la Oficina Gestora para la determinación del IVA soportado deducible considera que debe admitirse el 100% del IVA soportado en las operaciones sujetas, el 0 % del IVA soportado en las operaciones no sujetas, y del soportado en las actuaciones comunes el porcentaje resultante de la prorrata.
Sin embargo, de forma completamente errónea para calcular el porcentaje de prorrata señala que en el numerador debe constar el importe de las operaciones sujetas y en el denominador el importe del total de las operaciones efectuadas.
Alega que esta afirmación es errónea puesto que el porcentaje de la prorrata aplicable calculado correctamente conforme a la resolución del TEAR debe ser calculado en función del método de imputación de costes, incluyendo:
en el numerador el importe de las operaciones sujetas.
en el denominador el importe de las operaciones sujetas y no sujetas.
4º- El Tribunal Regional dictó resoluciones el 31 de agosto de 2021 por la que desestima el recurso, confirmando los acuerdos impugnados.
5º- Que recibiéndose con fecha 7 de octubre de 2021 la Resolución dictada por el Tribunal por la que le notifica la desestimación de la Reclamación Económico-Administrativa nº 47/01934/2019, nº 47/01935/2019 y nº 47/01936/2019 acumuladas se formuló conforme a lo dispuesto en el artículo 241 bis, 1º c) de la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria, recurso de anulación al entenderse que la misma era incongruente de forma completa y manifiesta. Se tramitó dicho recurso de anulación en el expediente nº 47/01934/2019 /50/A. por falta de motivación.
6º- Nuevamente el Tribunal Económico-Administrativo Regional de Castilla y León, dicta resolución el 31 de mayo de 2022 por la que desestima el recurso, frente a la misma se interpuso recurso de alzada ante el TEA Central
7º- Frente a la misma se interpone con fecha 1 de julio de recurso de alzada(mal informado) ante el Tribunal Económico-Administrativo Central, en el que alega nuevamente la incongruencia interna de la resolución impugnada, la existencia de precedentes administrativos en expediente objeto de discusión ante el Tribunal Regional, así como actos propios de la administración y el evidente error en el cálculo del porcentaje de IVA deducible en operaciones conjuntas, como consecuencia del incorrecto cálculo en el numerador y denominador por parte de la AEAT. El TEAC inadmitió dicho recurso en fecha 19 de julio de 2023(por error en la indicación de los recursos).
Como consecuencia de dicho presunto error, el Tribunal Económico Administrativo Central remitió al Tribunal Económico Administrativo Regional con sede en Valladolid el expediente para la Sala de Valladolid efectuara la notificación con la indicación correcta de los recursos que proceden contra la resolución en du día dictada. Por este motivo, nuevamente se ha notificado la desestimación de la Reclamación Económico-Administrativo el 4 de agosto de 2023, que es la resolución, que ahora se recurre.
Sin embargo, también con fecha 19 de julio de 2.023, el Tribunal Económico Administrativo Central dictó resolución, recaída en el expediente nº 00-09050-2022 (correspondiente a las liquidaciones de IVA de los años 2.005 a 2.009, ambos inclusive) en la que resolvía también de igual manera que en el caso anterior y decía:
"De todo lo expuesto se desprende que, en el presente caso, no cabe la interposición del recurso de alzada contra la resolución del recurso contra la ejecución, en tanto que fue tramitado a través del procedimiento abreviado.
Alega la actora que estamos ante una resolución parcial, que no ha sido objeto de pronunciamiento por el TEA Regional de Valladolid, a pesar de que el TEA Central de Madrid le indicaba que dictase una resolución indicando el recurso procedente, que era precisamente el contencioso-Administrativo ante el Tribunal Superior de Justicia de Castilla y León con sede en Valladolid. Por este motivo, estamos ante una resolución incompleta del TEA.
La otra consecuencia es que estamos ante un expediente administrativo incompleto. En efecto, el expediente administrativo remitido se corresponde con las reclamaciones contra las liquidaciones de IVA de los años 2.010 a 2012, 2.013 y 2.015, pero no de los años anteriormente citados. Por este motivo, pasa en la demanda a realizar un relato histórico de lo acontecido en relación con los años 2.005 a 2.009, ambos inclusive.
Como último antecedente de hecho alega la existencia de precedente administrativo en una liquidación hecha al CENIEH en la liquidación del IVA del 2016 del CENIEH mediante el Acta n.º A02-72700942. Esta impugnación fue resuelta por el Tribunal en sesión celebrada el día 28 de septiembre de 2018 y en ejecución de esta resolución la Agencia Tributaria dictó la resolución (acompaña como doc. nº3 de la demanda) en la que acepta y aplica los criterios de liquidación y forma de cálculo de la prorrata que la actora ha defendido siempre.
En los fundamentos de derecho alega como motivos de recurso:
1º-Incongruencia de la resolución recurrida en alzada, vulneración del principio de legalidad y de reserva de ley, es una ley posterior. Dicha resolución es incongruente porque la única motivación que se aporta para aceptar el criterio de la Administración es que, aplicando la actual redacción (dada por la Ley 9/2017, de 8 de noviembre) del artículo 93. Cinco de la Ley 37/1992, de 28 de diciembre, del Impuesto sobre el Valor Añadido, dicho criterio es correcto; habiéndose aplicado una norma desfavorable de forma retroactiva, injustificadamente,
2º- Planteamiento de la corrección o no del cálculo de la prorrata en la ejecución: se trata de una estimación del recurso de esta parte en la instancia en el TEA Regional. Mantiene que el TEA Regional de Castilla y León estimaba correcta y procedente la forma de cálculo de los costes y del porcentaje de deducción realizado por el CENIEH, o sea, aplicando la forma de cálculo de la prorrata que defiende la actora.
Tal como consta en el expediente de la Inspección, el CENIEH utilizaba la siguiente fórmula:
% de prorrata = coste de las actividades sujetas/ coste de las actividades sujetas + coste de las actividades no sujetas
El porcentaje así obtenido se aplica al coste de las actividades generales (o coste de las actividades comunes). No tiene ningún sentido incluir en el denominador el coste de las actividades comunes porque precisamente se trata de calcular qué porcentaje del IVA soportado en las actividades generales o comunes se ha de considerar deducible. Es una simple y pura regla de tres. La suma del porcentaje del IVA soportado en actividades generales que es deducible (% de prorrata) y el porcentaje del IVA soportado en actividades generales que no es deducible (poniendo en el numerador el coste de las actividades no sujetas en lugar del coste de las actividades sujetas) ha de ser 100 %, cosa que no ocurre al calcular la prorrata según la AEAT o el TEA Regional en contra del TEA Regional de Castilla y León.
Tan errónea es la forma de cálculo de la AEAT en ejecución que ni siquiera cumple la ley, pues no excluyen del denominador de la prorrata, conforme ordena la Ley 3/2006
La cuestión de la forma de calcular la prorrata no se suscitó hasta la ejecución porque era una cuestión pacífica en la que se daba la razón al CENIEH.
3º- Existencia de precedente dictado por la propia Agencia Tributaria en otro expediente objeto de discusión en el TEAR en relación con el CENIEH.
También fue objeto de reclamación ante el TEAR de Castilla y León la liquidación del IVA del 2016 del CENIEH mediante el Acta n.º A02-72700942. Esta impugnación fue resuelta por el Tribunal en sesión celebrada el día 28 de septiembre de 2018.
En ejecución de esta resolución la Agencia Tributaria dictó la resolución que se ha acompañado como documento n.º 3, en la que se procede a realizar la liquidación del período de 2016 y lo hace conforme al criterio defendido por la actora en el recurso de ejecución contra las resoluciones a recurridas. Debe tenerse en cuenta que, tanto en este ejercicio como en los ejercicios que son objeto de recurso, la discusión sobre la regla de prorrata es idéntica.
Establece el artículo 35.1 c) de la Ley 39/2015, de 1 de octubre, del Procedimiento Administrativo Común de las Administraciones Públicas, que han de estar motivados, entre otros, aquellos actos administrativos
En nuestro caso la Administración y el TEAR se separan del criterio seguido en la liquidación y ejecución del ejercicio de 2016 sin motivarlo ni justificarlo debidamente. Es más, como se ha acreditado, aplica criterios diferentes en una ejecución y en otras, lo que supone una clara vulneración de los principios de igualdad y legalidad. Y por ello se viola el principio de igualdad del art. 14 de la Constitución y se incurre en una arbitrariedad, prohibida por el art. 9.3 de la Constitución. También se vulnera el principio de confianza legítima.
También tenemos que hablar de los actos propios de la Administración. Es doctrina constitucionalmente aceptada que una Administración no puede ir válidamente en contra de sus propios actos. En este sentido, cuando la Administración establece un criterio, da un trámite, un plazo o permite una actuación no puede posteriormente, amparándose en que dicho criterio, trámite o plazo es erróneo, desestimar las alegaciones o recurso presentado por el Administrado, ya que el error fue provocado por la propia Administración.
4º- Error en el cálculo del porcentaje de IVA deducible en las operaciones conjuntas; se ha aplicado una forma errónea para calcular la prorrata.
El TEAR en su resolución de 28 de septiembre de 2018 al resolver las reclamaciones nº 47/353/2015, nº 47/35572015 y nº 47/448/2017 considera que debe aplicarse el método de imputación de costes según se recoge y detalla en una auditoría externa, que fue aportada por la entidad, y realizada por la sociedad PricewaterhouseCoopers Auditores SL, sobre la imputación de cada una de las facturas individuales a los distintos centros de coste.
Pues bien, tomando en consideración los fundamentos señalados en las resoluciones del TEAR, la Oficina Gestora para la determinación del IVA soportado deducible considera que debe admitirse el 100% del IVA soportado en las operaciones sujetas y del soportado en las actuaciones comunes el porcentaje resultante de la prorrata.
Sin embargo, de forma completamente errónea para calcular el porcentaje de prorrata señala que en el numerador debe constar el importe de las operaciones sujetas y en el denominador el importe del total de las operaciones efectuadas en el periodo (sujetas, no sujetas y conjuntas). Esta afirmación es errónea puesto que el porcentaje de la prorrata aplicable calculado correctamente conforme a la resolución del TEAR debe ser calculado en función del método de imputación de costes, incluyendo:
en el numerador el importe de las operaciones sujetas.
en el denominador el importe de las operaciones sujetas y no sujetas.
Aplicando lo expuesto a nuestro caso concreto, los porcentajes de prorrata correctamente calculados para los años objeto de la resolución son los siguientes:
Estos porcentajes aplicados al importe de IVA soportado en operaciones conjuntas arroja los siguientes importes soportados y deducibles en dichas operaciones:
Una vez calculado correctamente el IVA deducible derivado de las operaciones conjuntas, este importe hay que añadirlo al IVA deducible derivado de las operaciones sujetas, de esta forma se obtiene un IVA deducible total para el periodo recurrido por importe de 1.576.017,65 €, que debe ser devuelto por la AEAT.
Lo expuesto concluye que existe una diferencia a favor del CENIEH, que es la diferencia entre el importe calculado en el acuerdo de ejecución y el importe calculado correctamente.
En cuanto a las reclamaciones correspondientes a los años 2.005 a 2.009, ambos inclusive, sucede lo mismo: de forma completamente errónea para calcular el porcentaje de prorrata señala que en el numerador debe constar el importe de las operaciones sujetas y en el denominador el importe del total de las operaciones efectuadas en el periodo (sujetas, no sujetas y conjuntas). Esta afirmación es errónea puesto que el porcentaje de la prorrata aplicable calculado correctamente conforme a la resolución del TEAR debe ser calculado en función del método de imputación de costes, incluyendo:
en el numerador el importe de las operaciones sujetas.
en el denominador el importe de las operaciones sujetas y no sujetas.
Aplicando lo expuesto a nuestro caso concreto, los porcentajes de prorrata correctamente calculados para los años objeto de la resolución son los siguientes:
Estos porcentajes aplicados al importe de IVA soportado en operaciones conjuntas arroja los siguientes importes soportados y deducibles en dichas operaciones:
Una vez calculado correctamente el IVA deducible derivado de las operaciones conjuntas, este importe hay que añadirlo al IVA deducible derivado de las operaciones sujetas, de esta forma se obtiene un IVA deducible total para el periodo recurrido por importe de 3.780.251,01 €, que debe ser devuelto por la AEAT.
El calculado erróneamente por la AEAT ascendía a 1.194.291,47 €.
Y el principio básico que preside el IVA, es el de neutralidad, habiendo acentuado con reiteración la jurisprudencia europea que
Ahora bien, la perseguida neutralidad en la resolución recurrido ha llegado a fracturase al incluirse en el denominador por parte de la AEAT operaciones y actividades conjuntas, a ambos tipos de operaciones (sujetas y no sujetas).
El objetivo de la neutralidad se pone de manifiesto la jurisprudencia europea cuando señala que la no inclusión de determinadas operaciones en el denominador de la fracción que se utiliza para el cálculo de la prorrata
Por parte del actuario y del Tribunal se aplica una redacción de una norma de forma retroactiva que resulta contraria a derecho. Se aplica para el cálculo de la prorrata del ejercicio de 2015, la actual redacción del artículo 93. Cinco de la Ley 37/1992, de 28 de diciembre, del Impuesto sobre el Valor Añadido, redacción dada por la Ley 9/2017, de 8 de noviembre y que únicamente tiene efectos desde el 10 de noviembre de 2017, y no resulta aplicable con carácter retroactivo en el ejercicio 2015 objeto de inspección.
Pues bien poniendo en relación esta modificación con el principio de neutralidad es por lo que queda acreditado que el cálculo de la prorrata se ha efectuado de forma indebida para los periodos recurridos, y por las operaciones conjuntas controvertidas deben excluirse del denominador del cálculo para evitar distorsiones en la aplicación de la prorrata.
5º- Existencia de una nueva y reciente jurisprudencia del Tribunal Supremo sobre el IVA de la investigación: deducibilidad del 100 %: nulidad de pleno derecho de las resoluciones recurridas.
Con fecha 15 de diciembre de 2.023, la Sección Segunda del Tribunal Supremo ha dictado dos sentencias con números 1.703/2.023 y 1.704/2.023 correspondientes a los recursos núms. 4.235/2.022 y 4.384/2.022, respectivamente, sobre lo que aquí se discute, esto es, la deducibilidad o no del IVA de la investigación.
En estas dos sentencias, el Tribunal Supremo deja claro que no existe más que un solo tipo de investigación, la INVESTIGACIÓN y no, como hace la Agencia Tributaria, una "investigación básica", en beneficio del conjunto de la sociedad y una "investigación aplicada", tendente a producir un efecto o un resultado inmediato en una industria o sector económico para el que se ha investigado "ad hoc". Según esta jurisprudencia, sólo existe una actividad económica, que es la INVESTIGACIÓN y sea cual sea el destinatario de la misma, el IVA es deducible al 100 %, por lo que no cabe la aplicación de la regla de prorrata en ningún caso.
Las conclusiones de esta sentencia son plenamente aplicables al caso que nos ocupa en el que el CENIEH sólo se dedica a la investigación. No desarrolla ninguna otra actividad, como la docencia. De hecho su propio nombre lo dice todo: Centro Nacional de Investigación sobre la Evolución Humana. Por lo tanto, el 100 % del IVA de la investigación es deducible.
Esta nueva jurisprudencia es absolutamente esencial para resolver el caso que nos ocupa, ya que desde el Tribunal Supremo se está reconociendo el hecho de la deducibilidad del todo el IVA de la investigación, lo que equivaldría a una prorrata del 100 %. Esto deja las resoluciones objeto de recurso en una situación de nulidad radical o absoluta, que puede ser aplicable de oficio por esta Sala.
La nulidad radical es predicable por aplicación del art. 47 a) y c) de la Ley 39/2015, de 1 de octubre, del Procedimiento Administrativo Común de las Administraciones Públicas.
No obstante lo anterior, si se entendiera que esta jurisprudencia no es aplicable al caso que nos ocupa porque hay unas resoluciones administrativas previas, dado el carácter revisor de la jurisdicción contencioso-administrativa, es evidente que debe estimarse el recurso y aplicar el criterio de prorrata que defiende la actora por ser el más cercano al 100 % de deducibilidad de las cuotas de IVA soportado.
Y la entidad actora en la demanda de los autos 1003/23 concreta que su alcance se dirige contra la resolución de 4 de agosto de 2023 de la Sala del Tribunal Económico Administrativo Regional de Castilla y León. En esta resolución se desestiman los recursos de anulación presentados el 28 de septiembre de 2.019 contra las resoluciones del TEAR que desestimaban la impugnación de los acuerdos de ejecución de la Agencia Tributaria de las previas resoluciones del TEAR. Esta resolución se dicta como consecuencia de la devolución desde el Tribunal Económico Administrativo Central de Madrid de los expedientes, al entender que no cabía el recurso de alzada que el TEAR de Valladolid dio a la parte actora tras resolver con anterioridad los mismos recursos de anulación. El TEA Central obliga al TEA Regional de Valladolid a notificar nuevamente la resolución desestimatoria sobre el fondo del asunto y la desestimatoria de los recursos de anulación indicando correctamente los recursos procedentes. Sin embargo, esta resolución sólo resuelve los recursos de anulación, existiendo otra de la misma fecha (que ha dado origen al procedimiento 1002/2023 en esa misma Sala) en que se notifican las resoluciones desestimatorias sobre el fondo del asunto. Por lo tanto, el TEA Regional de Valladolid ha separado con dos resoluciones diferentes el fondo del asunto y los recursos de anulación. Por este motivo, se ha interesado la acumulación de ambos procesos. A continuación, reitera los mismos hechos, fundamentos de derecho y suplico que la demanda de los autos nº 1002/23.
La Abogacía del Estado se opone a la demanda alegando que constituyendo el objeto de este procedimiento las Resoluciones del TEAR por las que se desestiman los recursos contra la ejecución interpuestos por la entidad ahora recurrente contra los acuerdos dictados por la AEAT ante la estimación parcial de las reclamaciones interpuestas en su día por el concepto del IVA correspondiente a los periodos de 2010 a 2012, 2013 y 2015, resulta aplicable el art. 241 TER LGT y debe tenerse en cuenta que el ámbito del recurso contra la ejecución no es el enjuiciamiento de la validez del originario acto de liquidación dictado, siendo inadmisible el planteamiento en este recurso de todas aquellas cuestiones que se planteen sobre temas ya decididos por la resolución que se ejecuta o sobre temas que hubieran podido ser planteados en la reclamación cuya resolución se ejecuta.Por ello el objeto de esta litis ha de quedar limitado a la única y concreta cuestión que ha surgido con ocasión de la ejecución de las Resoluciones del TEAR y que no ha sido objeto de debate en las Resoluciones principales: la determinación del porcentaje de las cuotas soportadas que pueden ser deducidas respecto de las actuaciones conjunta a las actividades sujetas y no sujetas; porcentaje que es determinado por la AEAT a través de una fracción en cuyo numerador se incluye el coste de las operaciones sujetas y en su denominador el coste total de las operaciones efectuadas en el periodo en cuestión (es decir: sujetas, no sujetas y conjuntas); y por la recurrente incluyendo igualmente en el numerador el importe de las operaciones sujetas pero en el denominador el importe de las operaciones sujetas y no sujetas, excluyendo las comunes. Y el principio que ha de presidir en la cuantificación y determinación de las cuotas soportadas de IVA que pueden de ser deducidas por una entidad (como ahora el CENIEH) que desarrolla actividades sujetas y no sujetas a IVA es el de neutralidad fiscal. Y el criterio que más respeta este principio es precisamente el que utiliza la AEAT, que considera que la cuantía de las cuotas deducibles debe estar correlacionado con el importe de las cuotas repercutidas por el sujeto pasivo como consecuencia de las operaciones sujetas al impuesto, lo que se consigue teniendo en cuenta el porcentaje que dichas operaciones sujetas representan sobre el "conjunto de la total actividad" de la entidad (operaciones sujetas, no sujetas, y comunes), y no solo sobre una parte de sus actividades (operaciones sujetas y no sujetas) como pretende la recurrente. Como razona el TEAR en su resolución, la actual redacción del artículo 93. Cinco de la Ley 37/1992, de 28 de diciembre, del Impuesto sobre el Valor Añadido; aunque no resulte aplicable por razones temporales, puede arrojar algo de luz sobre la cuestión que nos ocupa, habiendo aclarado las reglas para la determinación de las cuotas deducibles en entidades que desarrollan actividades sujetas conjuntamente con otras no sujetas al impuesto. Así, la Ley 9/2017, de 8 de noviembre, ha modificado con efectos desde el 10 de noviembre de 2017 el apartado cinco del artículo 93 de la Ley del IVA y, como señala su preámbulo, tiene por objetivo "facilitar la determinación del régimen de deducción de las entidades del sector público que realizan simultáneamente operaciones sujetas y no sujetas al Impuesto", incluyendo ahora dicho precepto un segundo párrafo en el que se establece que "a estos efectos, podrá atenderse a la proporción que represente el importe total, excluido el Impuesto sobre el Valor Añadido, determinado para cada año natural, de las entregas de bienes y prestaciones de servicios de las operaciones sujetas al Impuesto, respecto del total de ingresos que obtenga el sujeto pasivo en cada año natural por el conjunto de su actividad". Luego el legislador, siguiendo el principio de neutralidad financiera, a los efectos de determinar la proporción de cuotas deducibles correspondientes a entidades del sector público que realizan simultáneamente operaciones sujetas y no sujetas, propone un método en la Ley del IVA en el que considera en el denominador de la fracción "el conjunto de su actividad", y no solo una parte de ella. En la medida en que este criterio es justamente el aplicado por la Inspección de los tributos en los acuerdos ahora impugnados en ejecución de las Resoluciones anteriores, deben ser confirmados.
El artículo 241 bis, sobre recurso de anulación, de la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria, establece que:
Alega la parte actora que en la motivación de la resolución únicamente se indica que considera que el criterio de la oficina gestora se ajusta más al principio de neutralidad, que el criterio que sostiene esa parte en su reclamación. Pero dicha resolución es incongruente porque la única motivación que se aporta para aceptar el criterio de la Administración es que, aplicando la actual redacción (dada por la Ley 9/2017, de 8 de noviembre) del artículo 93. Cinco de la Ley 37/1992, de 28 de diciembre, del Impuesto sobre el Valor Añadido, dicho criterio es correcto. Y en este mismo sentido el propio Tribunal económico-administrativo señala que dicha redacción no es aplicable a nuestro caso, por ser una modificación de la norma posterior.
Sin embargo, por las propias razones recogidas en la resolución de TEAR que desestima el recurso de anulación se está en el caso de rechazar por la sala esta cuestión pues no concurre la incongruencia (completa y manifiesta) interna de la resolución alegada dado que la resolución impugnada no aplica una norma no vigente de forma restrictiva, sino que se remite a ella como criterio interpretativo.
Todo ello sin perjuicio de entrar en el análisis de la propia Resolución del TEAR de 31 de agosto de 2021 dictada en las reclamaciones núm. 47/1934/19, 47/1935/19 y 47/1936/2019, y ello al disponer el apartado 6 del artículo 241 bis que
Con carácter previo debe tenerse en cuenta que la Resolución de fondo impugnada resuelve un recurso contra la ejecución.
Constituye el objeto de este procedimiento los acuerdos con número de referencia 2019GRT00000807M, 2019GRT00000808C y 2019GRT00000805K adoptados por la Sra. Inspectora Regional Adjunta de la Delegación Especial de la AEAT de Castilla y León en relación con el Impuesto sobre el Valor Añadido de los ejercicios 2010 a 2012, 2013 y 2015, respectivamente, y dictados en cumplimiento de las resoluciones estimatorias en parte del TEAR de fecha 28 de septiembre de 2018 en las reclamaciones económico-administrativas número 47-00353-2015, 47-00355-2015 y 47-00448-2015. En estas Resoluciones se admitió que es el propio sujeto pasivo quien puede determinar el criterio de reparto de las cuotas comunes entre las actividades económicas y no económicas que realiza, exigiendo como único requisito que dicho criterio resulte razonable y se aplique de forma homogénea en el tiempo; se acepta el método propuesto por la reclamante de distribución de las cuotas basadas en los costes reales de las actividades, no resultando de obligatoria aplicación el método de reparto empleado por la inspección.
En cumplimiento de esta Resolución se anularon los acuerdos de liquidación y tras la correspondiente tramitación se dictaron nuevos acuerdos y se procedió a la distribución de los costes entre las áreas de actividad sujetas, las áreas de actividad no sujetas y las áreas de afectación conjunta a ambas actividades. Tras ello, la AEAT considera que deben admitirse como cuotas deducibles el 100% de las soportadas en las operaciones sujetas y, además, un porcentaje de las cuotas soportadas en las actuaciones conjuntas; porcentaje que es determinado a través de una fracción en cuyo numerador se incluye el coste de las operaciones sujetas y en su denominador el coste total de las operaciones efectuadas en el periodo en cuestión (es decir: sujetas, no sujetas y conjuntas).
La recurrente discrepa de la determinación de este segundo porcentaje, considerando que debe ser calculado incluyendo en el numerador el importe de las operaciones sujetas y en el denominador el importe de las operaciones sujetas y no sujetas, excluyendo las comunes.
Pues bien, debe tenerse en cuenta que dispone el art. 241 TER de la LGT lo siguiente:
Conforme a la disposición anterior resulta que el ámbito del recurso contra la ejecución no es el enjuiciamiento de la validez del originario acto de liquidación dictado, siendo inadmisible el planteamiento en este recurso de todas aquellas cuestiones que se planteen sobre temas ya decididos por la resolución que se ejecuta o sobre temas que hubieran podido ser planteados en la reclamación cuya resolución se ejecuta.
Por ello el objeto de esta litis ha de quedar limitado a la única y concreta cuestión que ha surgido con ocasión de la ejecución de las Resoluciones del TEAR: la determinación del porcentaje de las cuotas soportadas que pueden ser deducidas respecto de las actuaciones conjunta a las actividades sujetas y no sujetas; porcentaje que es determinado por la AEAT a través de una fracción en cuyo numerador se incluye el coste de las operaciones sujetas y en su denominador el coste total de las operaciones efectuadas en el periodo en cuestión (es decir: sujetas, no sujetas y conjuntas); y por la recurrente incluyendo igualmente en el numerador el importe de las operaciones sujetas pero en el denominador el importe de las operaciones sujetas y no sujetas, excluyendo las comunes.
Por consiguiente, no cabe plantear en esta fase de ejecución las nuevas cuestiones alegadas en la demanda con relación a la nueva y reciente jurisprudencia del TS sobre el IVA de la investigación (alega la actora que según esta jurisprudencia, solo existe una actividad económica, que es la investigación y sea cual sea el destinatario de la misma el IVA es deducible al 100% por lo que no cabe la aplicación de la regla de la prorrata en ningún caso).
Tampoco cabe ampliar el objeto del debate respecto de otras actuaciones seguidas por el TEAR en relación con el expediente n.º 00-9050-2022 (correspondiente a las liquidaciones de IVA de los años 2005 a 2009)que ha tenido una tramitación separada, y que con independencia de que se haya podido dictar en relación al mismo por el TEAC (reclamación 9050-2022,doc. 2 de la demanda) en fecha 19 de julio de 2023 una resolución semejante a la dictada por el TEAC (reclamación 5714-2022, doc.1 de la demanda)en relación con los otros expedientes acumulados 47/353/2015, 47/355/2015 y 47/448/2015, correspondientes al IVA de los ejercicios 2010 a 2012, 2013 y 2015 que son el objeto de este proceso, como se identifica en la resoluciones impugnadas del TEAR de fecha 4 de agosto de 2023,y en los escritos iniciales de interposición del recurso, resulta que las circunstancias alegadas en la demanda sobre la falta de nueva notificación por el TEAR, del acuerdo inicial recurrido en alzada ante el TEAC son ajenas a este litigio.
Tal como alega la actora en la demanda las resoluciones del TEAR de fecha 28 de septiembre de 2018 aceptaron el método de cálculo planteada por la reclamante sobre el grado de deducción de las cuotas soportadas en común por actividades tanto sujetas como ajenas al ámbito del IVA, método de distribución de las cuotas basado en los costes reales de las actividades.
Así, el Tribunal Económico-Administrativo Regional de Castilla-León con fecha 28 de septiembre de 2018, en la Reclamación nº 47/00448/2017, y también en los procedimientos núms. 47/00353/2015 y 47/00355/2015 dictó resolución, en la que se estimaba en parte las pretensiones planteadas por la ahora recurrente, ordenando la devolución del expediente para su correcta ejecución. Dice en su fallo:
Y respecto del cálculo efectuado por el CENIEH decía expresamente en la página 15, (47/00353/2015 y 47/00355/2015) inmediatamente antes del hecho sexto, lo siguiente:
Y justificaba la estimación de esta pretensión en los siguientes razonamientos:
A este respecto, ambas partes coinciden en los principios que deben determinar la deducción de las cuotas soportadas. Las partes comparten que las cuotas correspondientes a áreas vinculadas a las operaciones no sujetas no determinan el derecho a la deducción, mientras que sí tendrán carácter deducible las cuotas destinadas a la realización de operaciones sujetas y, finalmente, que las cuotas correspondientes a bienes y servicios destinados en común a ambos tipos de operaciones, sujetas y no sujetas, serán deducibles en el porcentaje en que se consideren destinados a la realización de las operaciones sujetas.
Es precisamente este último aspecto, en concreto el modo de determinar ese porcentaje de deducción de las cuotas comunes, el que constituye el objeto de controversia.
En síntesis, la reclamante pretende que dicho porcentaje de deducción se determine en función del coste real que soporta cada tipo de operaciones, mientras que la Inspección de los tributos establece en el acuerdo de liquidación que dicho porcentaje debe venir dado por la relación entre el importe total de las entregas de bienes y prestaciones de servicios sujetas al impuesto y el importe de la totalidad de los ingresos que obtiene la entidad, incluida la dotación presupuestaria pública que recibe.
Como cuestión previa, debemos compartir con la reclamante que la regla de prorrata a que se refiere la Ley del IVA sólo opera dentro de las operaciones sujetas al impuesto, en concreto cuando se realizan simultáneamente operaciones gravadas y exentas, mientras que en el caso que nos ocupa la cuestión controvertida versa sobre el grado de deducción de las cuotas soportadas en común en actividades tanto sujetas como ajenas al ámbito del IVA. En este sentido, el Tribunal de Justicia de la Unión Europea, entre otras, en su Sentencia de 16 de julio de 2015 (Asunto núms. C-108/14 y C-109/14), señala que el régimen de deducción previsto en el artículo 17, apartado 5, de la Sexta Directiva, esto es, el relativo a la regla de prorrata, "se aplica únicamente en los supuestos en que los bienes y servicios son utilizados por el sujeto pasivo para realizar indistintamente operaciones económicas con derecho a deducción y operaciones económicas que no conlleven tal derecho, es decir, cuando se trate de bienes y servicios de uso mixto. Los Estados miembros sólo pueden aplicar alguno de los métodos de deducción contemplados en el artículo 17, apartado 5, párrafo tercero, de la citada Directiva en lo que respecta a tales bienes y servicios ( sentencia Portugal Telecom, C-496/11, EU:C:2012:557, apartado 40)", insistiendo en esta idea en el apartado 27 de la Sentencia al indicar que "Las normas contenidas en el artículo 17, apartado 5, de la Sexta Directiva se refieren al IVA soportado que grava gastos relacionados exclusivamente con operaciones económicas", y diferenciando seguidamente la situación expuesta de la que acontece en el caso del reparto de las cuotas soportadas entre actividades económicas y no económicas, en relación con la cual indica lo siguiente:
"27... La determinación de los métodos y de los criterios de reparto de las cuotas soportadas de IVA entre actividades económicas y actividades no económicas en el sentido de la Sexta Directiva está comprendida dentro de la facultad de apreciación de los Estados miembros, los cuales, en el ejercicio de dicha facultad, deben tener en cuenta la finalidad y la estructura de esa Directiva y, con ese objeto, han de establecer un método de cálculo que refleje objetivamente la parte de los gastos soportados que es realmente imputable a cada una de esas dos actividades ( sentencias Securenta, C-437/06, EU:C:2008:166, apartados 33 y 39, y Portugal Telecom, C-496/11, apartado 42)".
De igual modo, debemos compartir con la reclamante que la Ley 3/2006 excluyó de forma expresa, y para todo tipo sujetos pasivos, la inclusión en el denominador de la prorrata de las subvenciones no vinculadas al precio de las operaciones.
Sin embargo, la imprecisión en que a juicio de este Tribunal se incurre en el acuerdo de liquidación, no tanto al identificar el porcentaje de deducción que aplica a las cuotas soportadas en común con el término de "prorrata", sino más bien al remitir para su determinación a la regulación contenida en el articulo 104 de la Ley del IVA, no debe dar lugar a su anulación, pues en el fondo lo que ha venido a querer determinar la Inspección de los tributos es el porcentaje o proporción en que las cuotas comunes deben considerarse afectas a las actividades económicas del Centro, siendo además esta regularización comprendida por la reclamante que defiende la aplicación de un método diferente de imputación y, por tanto, evidenciando la falta de indefensión que esta situación le ha generado.
Establecida la precisión anterior, debemos establecer el marco que debe regular el reparto de las cuotas soportadas en común entre las actividades económicas y no económicas partiendo para ello de los criterios contenidos en la Sentencia del Tribunal de Justicia de la Unión Europea de Sentencia de 13 de marzo de 2008(Asunto n 0 C-437/06 , Securenta). En esta Sentencia el Tribunal sienta en primer lugar que
Y conforme a los anteriores razonamientos de las resoluciones del TEAR de 28 de septiembre de 2018, que figuran incorporados a los autos como documentos 5 y 6 de la demanda procede la estimación del recurso, pues se parte de la naturaleza dual del Centro recurrente que realiza actividades económicas y no económicas, por lo que no son aplicables las normas de la prorrata del IVA, como recoge la doctrina de la jurisprudencia aplicable del TJUE (sentencia de 13 de marzo de 2008, Asunto nº C-437 Securenta)y la normativa del IVA aplicable, incluso se refiere a la posterior Ley 9/2017, de 8 de noviembre, que ha modificado con efectos desde el 10 de noviembre de 2017 el apartado cinco del artículo 93 de la Ley del IVA, y en cuyo criterio interpretativo se basan las resoluciones del TEAR impugnadas.
Además la Sala considera que el método de cálculo planteada por la reclamante sobre el grado de deducción de las cuotas soportadas en común por actividades tanto sujetas como ajenas al ámbito del IVA, método de distribución de las cuotas basado en los costes reales de las actividades, es el que más respeta el principio de neutralidad del IVA recogido en la aplicación de la Sexta Directiva europea; y respecto al grado de deducción de las cuotas soportadas en común en actividades tanto sujetas como ajenas al ámbito del IVA se reitera la consideración de la citada STJUE de 13 de marzo de 2008(Asunto nº C-437/06) transcrita en la resolución del TEAR impugnada (47-1934) :...
Y como decíamos el método de cálculo defendido por la actora consideramos que el más respetuoso con el principio de neutralidad del IVA. Así, el porcentaje para el cálculo de las actividades comunes a las actividades sujetas y no sujetas se debe realizar con la fórmula del numerador con el coste de las actividades sujetas y el denominador con el coste de las actividades sujetas + el coste de las actividades no sujetas.
No tiene sentido poner en el denominador el coste de las actividades comunes porque con la prorrata se trata de calcular la parte del IVA soportado por las actividades generales que es deducible, en la medida que se dedica a dar soporte a las actividades sujetas. Estas actividades generales o comunes son actividades de soporte, de apoyo a las actividades sujetas y no sujetas.
Se estima parcialmente las demandas origen de estos autos.
De conformidad con lo dispuesto en el artículo 139 de la LJCA, en su redacción dada por la Ley 37/2011, de 10 de octubre, vigente desde el 31 de octubre de 2011, estimado en parte el recurso no procede realizar expresa imposición de las costas del proceso.
VISTOS los artículos citados y demás de general y pertinente aplicación,
ESTIMAR PARCIALMENTE el recurso contencioso-administrativo interpuesto por el Consorcio Centro Nacional de Investigación de la Evolución Humana contra la resolución de 4 de agosto de 2023 del Tribunal Económico-Administrativo Regional de Castilla y León, Sala de Valladolid dictada en la reclamación núm. 47-01934-2019 (acumuladas las 47-1935-2019 y 47-01936) contra la ejecución en relación con el IVA de los ejercicios 2010 a 2012, 2013 y 2015, liquidación; y frente a la resolución del 4 de agosto de 2023 del Tribunal Económico-Administrativo Regional de Castilla y León, Sala de Valladolid (reclamación núm. 47-01934-2019-50 (acumuladas las 47-1935-2019-50 y 47-01936-50) que desestima el recurso de anulación interpuesto contra la resolución del TEAR de 31 de agosto de 2021 dictada en las reclamaciones contra la ejecución núm. 47-01934-2019, 47-1935-2019 y 47-01936. Y ANULAMOS PARCIALMENTE ambas resoluciones por su disconformidad con el ordenamiento jurídico y acordamos que en la ejecución de la resolución administrativa dictada en su día, se establezca que el porcentaje de la prorrata aplicable en función del método de imputación de costes debe calcularse incluyendo en el numerador el importe del coste de las operaciones sujetas y en el denominador solamente el importe del coste de las operaciones sujetas y no sujetas; y desestimamos las restantes pretensiones de la demanda. No se efectúa expresa imposición de las costas del recurso.
Llévese testimonio de esta resolución a los autos principales, dejando el original en el libro correspondiente.
La presente sentencia es susceptible de recurso de casación ante la Sala de lo Contencioso-administrativo del Tribunal Supremo de conformidad con lo previsto en el artículo 86 de la LJCA cuando el recurso presente interés casacional objetivo para la formación de jurisprudencia; mencionado recurso se preparará ante esta Sala en el plazo de treinta días siguientes a la notificación de la sentencia y en la forma señalada en el artículo 89.2 de la LJCA.
Así, por esta sentencia, lo pronunciamos, mandamos y firmamos.
La difusión del texto de esta resolución a partes no interesadas en el proceso en el que ha sido dictada sólo podrá llevarse a cabo previa disociación de los datos de carácter personal que los mismos contuvieran y con pleno respeto al derecho a la intimidad, a los derechos de las personas que requieran un especial deber de tutelar o a la garantía del anonimato de las víctimas o perjudicados, cuando proceda.
Los datos personales incluidos en esta resolución no podrán ser cedidos, ni comunicados con fines contrarios a las leyes.
Fundamentos
El Consorcio Centro Nacional de Investigación de la Evolución Humana ha planteado recurso contencioso-administrativo en los autos p.o. 1002/23 frente a la resolución de 4 de agosto de 2023 del Tribunal Económico-Administrativo Regional de Castilla y León, Sala de Valladolid dictada en la reclamación núm. 47-01934-2019 (acumuladas las 47-1935-2019 y 47-01936-2019)formulada contra los con número de referencia 2019GRT00000807M, 2019GRT00000808C y 2019GRT00000805K acuerdos de ejecución adoptados por la Sra. Inspectora Regional Adjunta de la Delegación Especial, de la AEAT de Castilla y León en relación con el Impuesto sobre el Valor Añadido de los ejercicios 2010 a 2012, 2013 y 2015, respectivamente, y dictados en cumplimiento de las resoluciones de dicho Tribunal Regional de fecha 28 de septiembre de 2018 en las reclamaciones económico-administrativas número 47-00353-2015, 47-00355-2015 y 47-00448-2015. Y en los autos p.o. 1003/23 frente a la resolución de 4 de agosto de 2023 del Tribunal Económico-Administrativo Regional de Castilla y León, Sala de Valladolid reclamación núm. 47-01934-2019-50 (acumuladas las 47-1935-2019-50 y 47-01936-50) que desestima el recurso de anulación interpuesto contra la resolución del TEAR de 31 de agosto de 2021 dictada en las reclamaciones contra la ejecución núm. 47-01934-2019, 47-1935-2019 y 47-01936.
La resolución impugnada en los autos del p.o. 1002/23, de 4 de agosto de 2023, del Tribunal Económico-Administrativo Regional de Castilla y León, Sala de Valladolid desestimó la reclamación núm. 47-01934-2019 (acumuladas las 47-1935-2019 y 47-01936-2019) considerando, que con fecha 28 de septiembre de 2018 el Tribunal Económico Administrativo Regional resolvió las reclamaciones interpuestas por la entidad reclamante en relación con las liquidaciones practicadas por la Dependencia Regional de Inspección de la Delegación Especial de la AEAT de Castilla en relación al IVA de los años 2010 a 2015; y en las resoluciones adoptadas por el TEAR se concluyó que la entidad reclamante desarrollaba conjuntamente actividades sujetas y no sujetas al Impuesto sobre el Valor Añadido y que al objeto de establecer el porcentaje en que resultaban deducibles las cuotas soportadas correspondientes a bienes y servicios destinados en común a ambos tipos de operaciones, sujetas y no sujetas, se debía atender al método de distribución de las cuotas basado en los costes reales de las actividades, aceptando así la propuesta de la reclamante frente al método aplicado por la Inspección de los tributos. En ejecución de las resoluciones del TEAR la Inspección dictó los correspondientes acuerdos de ejecución; y al objeto de cuantificar las cuotas deducibles, la oficina gestora procedió a la distribución de los costes entre las áreas de actividad sujetas, las áreas de actividad no sujetas y las áreas de afectación conjunta a ambas actividades; y tras ello, la oficina gestora considera que deben admitirse como cuotas deducibles el 100% de cuotas soportadas en las operaciones sujetas y, además, un porcentaje de las cuotas soportadas en las actuaciones conjuntas que es determinado a través de una fracción en cuyo numerador se incluye el coste de las operaciones sujetas y en su denominador el coste total de las operaciones efectuadas en el período (sujetas, no sujetas y conjuntas).La interesada presenta reclamación contra los acuerdos de ejecución manifestando su oposición a la forma en que se había cuantificado el porcentaje de deducción que correspondía a las cuotas soportadas en las operaciones comunes; la recurrente considera que dicho porcentaje debe ser calculado incluyendo en el numerador el importe de las operaciones sujetas y en el denominador el importe de las operaciones sujetas y no sujetas. El TEAR para resolver la cuestión planteada consistente en:
Y la resolución del TEAR impugnada en los autos del p.o. 1003/23, de fecha 4 de agosto de 2023 del Tribunal Económico-Administrativo Regional de Castilla y León, Sala de Valladolid dictada en la reclamación núm. 47-01934-2019-50 (acumuladas las 47-1935-2019-50 y 47-01936-2019-50) desestima el recurso de anulación formulado frente a la resolución del TEAR de fecha 31 de agosto de 2021, dictada en las reclamaciones económico-administrativas tramitadas con los números 4701934-2019, 47-01935-2019 y 47-01936-2019, que se acordó:
EL Consorcio Centro Nacional de Investigación de la Evolución Humana alega en la demanda presentada en los autos del p.o. 1002/23 en el apartado de Hechos.
1º- El Tribunal Económico-Administrativo de Castilla-León con fecha 28 de septiembre de 2018, resolvió las reclamaciones nº 47/353/2015, nº 47/355/2015 y nº 47/448/2017,(IVA de los ejercicios 2010 a 2012, 2013 y 2015) dictando resoluciones, en la que se ESTIMABA EN PARTE las pretensiones planteadas por la ahora recurrente, ordenando la devolución del expediente para su correcta ejecución. Y en las resoluciones adoptadas por el Tribunal se concluyó que la entidad reclamante desarrollaba conjuntamente actividades sujetas y no sujetas al Impuesto sobre el Valor Añadido y que al objeto de establecer el porcentaje en que resultaban deducibles las cuotas soportadas correspondientes a bienes y servicios destinados en común a ambos tipos de operaciones, sujetas y no sujetas, se debía atender al método de distribución de las cuotas basado en los costes reales de las actividades, aceptando así la propuesta de la reclamante frente al método aplicado por la inspección de los tributos.
Así, se estiman por parte del Tribunal las alegaciones efectuadas respecto a la imputación de facturas que hace la AEAT a los distintos centros, como los criterios que dan lugar a esa imputación, y las efectuadas sobre el cálculo de la prorrata aplicable a las cuotas destinadas en común a las actividades sujetas y no sujetas.
Sin embargo, el TEAR mantuvo el criterio de la Inspección de no sujeción de las actividades realizadas dentro del programa de Geoarqueología, contra la que la actora muestra su disconformidad.
2º- Con fecha 17 de mayo de 2019, se dictaron las Resoluciones de la Oficina de Inspección Regional de Valladolid en cuya virtud se acuerda dar cumplimiento a lo dispuesto por el Tribunal Económico-Administrativo de Burgos, en ejecución de la Resolución recaída en las reclamaciones nº 47/353/2015, nº 47/355/2015 y nº 47/448/2015.
3º- No estando conformes con dichos acuerdos el 12 de junio de 2019 se interpuso Recurso contra el acuerdo de ejecución citado, que fue tramitado por el Tribunal Económico Administrativo Regional de Castilla y León, con el expediente nº 47/01934/2019, que se tramitó de forma acumulada a las reclamaciones nº 47/01935/2019 y 47/01936/2019, referidas a los ejercicios 2013 y 2015.
En dichos recursos se fundamentaron el error en el cálculo del porcentaje de IVA deducible en las operaciones conjuntas. Pues bien, tomando en consideración los fundamentos señalados en la resolución del TEAR, la Oficina Gestora para la determinación del IVA soportado deducible considera que debe admitirse el 100% del IVA soportado en las operaciones sujetas, el 0 % del IVA soportado en las operaciones no sujetas, y del soportado en las actuaciones comunes el porcentaje resultante de la prorrata.
Sin embargo, de forma completamente errónea para calcular el porcentaje de prorrata señala que en el numerador debe constar el importe de las operaciones sujetas y en el denominador el importe del total de las operaciones efectuadas.
Alega que esta afirmación es errónea puesto que el porcentaje de la prorrata aplicable calculado correctamente conforme a la resolución del TEAR debe ser calculado en función del método de imputación de costes, incluyendo:
en el numerador el importe de las operaciones sujetas.
en el denominador el importe de las operaciones sujetas y no sujetas.
4º- El Tribunal Regional dictó resoluciones el 31 de agosto de 2021 por la que desestima el recurso, confirmando los acuerdos impugnados.
5º- Que recibiéndose con fecha 7 de octubre de 2021 la Resolución dictada por el Tribunal por la que le notifica la desestimación de la Reclamación Económico-Administrativa nº 47/01934/2019, nº 47/01935/2019 y nº 47/01936/2019 acumuladas se formuló conforme a lo dispuesto en el artículo 241 bis, 1º c) de la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria, recurso de anulación al entenderse que la misma era incongruente de forma completa y manifiesta. Se tramitó dicho recurso de anulación en el expediente nº 47/01934/2019 /50/A. por falta de motivación.
6º- Nuevamente el Tribunal Económico-Administrativo Regional de Castilla y León, dicta resolución el 31 de mayo de 2022 por la que desestima el recurso, frente a la misma se interpuso recurso de alzada ante el TEA Central
7º- Frente a la misma se interpone con fecha 1 de julio de recurso de alzada(mal informado) ante el Tribunal Económico-Administrativo Central, en el que alega nuevamente la incongruencia interna de la resolución impugnada, la existencia de precedentes administrativos en expediente objeto de discusión ante el Tribunal Regional, así como actos propios de la administración y el evidente error en el cálculo del porcentaje de IVA deducible en operaciones conjuntas, como consecuencia del incorrecto cálculo en el numerador y denominador por parte de la AEAT. El TEAC inadmitió dicho recurso en fecha 19 de julio de 2023(por error en la indicación de los recursos).
Como consecuencia de dicho presunto error, el Tribunal Económico Administrativo Central remitió al Tribunal Económico Administrativo Regional con sede en Valladolid el expediente para la Sala de Valladolid efectuara la notificación con la indicación correcta de los recursos que proceden contra la resolución en du día dictada. Por este motivo, nuevamente se ha notificado la desestimación de la Reclamación Económico-Administrativo el 4 de agosto de 2023, que es la resolución, que ahora se recurre.
Sin embargo, también con fecha 19 de julio de 2.023, el Tribunal Económico Administrativo Central dictó resolución, recaída en el expediente nº 00-09050-2022 (correspondiente a las liquidaciones de IVA de los años 2.005 a 2.009, ambos inclusive) en la que resolvía también de igual manera que en el caso anterior y decía:
"De todo lo expuesto se desprende que, en el presente caso, no cabe la interposición del recurso de alzada contra la resolución del recurso contra la ejecución, en tanto que fue tramitado a través del procedimiento abreviado.
Alega la actora que estamos ante una resolución parcial, que no ha sido objeto de pronunciamiento por el TEA Regional de Valladolid, a pesar de que el TEA Central de Madrid le indicaba que dictase una resolución indicando el recurso procedente, que era precisamente el contencioso-Administrativo ante el Tribunal Superior de Justicia de Castilla y León con sede en Valladolid. Por este motivo, estamos ante una resolución incompleta del TEA.
La otra consecuencia es que estamos ante un expediente administrativo incompleto. En efecto, el expediente administrativo remitido se corresponde con las reclamaciones contra las liquidaciones de IVA de los años 2.010 a 2012, 2.013 y 2.015, pero no de los años anteriormente citados. Por este motivo, pasa en la demanda a realizar un relato histórico de lo acontecido en relación con los años 2.005 a 2.009, ambos inclusive.
Como último antecedente de hecho alega la existencia de precedente administrativo en una liquidación hecha al CENIEH en la liquidación del IVA del 2016 del CENIEH mediante el Acta n.º A02-72700942. Esta impugnación fue resuelta por el Tribunal en sesión celebrada el día 28 de septiembre de 2018 y en ejecución de esta resolución la Agencia Tributaria dictó la resolución (acompaña como doc. nº3 de la demanda) en la que acepta y aplica los criterios de liquidación y forma de cálculo de la prorrata que la actora ha defendido siempre.
En los fundamentos de derecho alega como motivos de recurso:
1º-Incongruencia de la resolución recurrida en alzada, vulneración del principio de legalidad y de reserva de ley, es una ley posterior. Dicha resolución es incongruente porque la única motivación que se aporta para aceptar el criterio de la Administración es que, aplicando la actual redacción (dada por la Ley 9/2017, de 8 de noviembre) del artículo 93. Cinco de la Ley 37/1992, de 28 de diciembre, del Impuesto sobre el Valor Añadido, dicho criterio es correcto; habiéndose aplicado una norma desfavorable de forma retroactiva, injustificadamente,
2º- Planteamiento de la corrección o no del cálculo de la prorrata en la ejecución: se trata de una estimación del recurso de esta parte en la instancia en el TEA Regional. Mantiene que el TEA Regional de Castilla y León estimaba correcta y procedente la forma de cálculo de los costes y del porcentaje de deducción realizado por el CENIEH, o sea, aplicando la forma de cálculo de la prorrata que defiende la actora.
Tal como consta en el expediente de la Inspección, el CENIEH utilizaba la siguiente fórmula:
% de prorrata = coste de las actividades sujetas/ coste de las actividades sujetas + coste de las actividades no sujetas
El porcentaje así obtenido se aplica al coste de las actividades generales (o coste de las actividades comunes). No tiene ningún sentido incluir en el denominador el coste de las actividades comunes porque precisamente se trata de calcular qué porcentaje del IVA soportado en las actividades generales o comunes se ha de considerar deducible. Es una simple y pura regla de tres. La suma del porcentaje del IVA soportado en actividades generales que es deducible (% de prorrata) y el porcentaje del IVA soportado en actividades generales que no es deducible (poniendo en el numerador el coste de las actividades no sujetas en lugar del coste de las actividades sujetas) ha de ser 100 %, cosa que no ocurre al calcular la prorrata según la AEAT o el TEA Regional en contra del TEA Regional de Castilla y León.
Tan errónea es la forma de cálculo de la AEAT en ejecución que ni siquiera cumple la ley, pues no excluyen del denominador de la prorrata, conforme ordena la Ley 3/2006
La cuestión de la forma de calcular la prorrata no se suscitó hasta la ejecución porque era una cuestión pacífica en la que se daba la razón al CENIEH.
3º- Existencia de precedente dictado por la propia Agencia Tributaria en otro expediente objeto de discusión en el TEAR en relación con el CENIEH.
También fue objeto de reclamación ante el TEAR de Castilla y León la liquidación del IVA del 2016 del CENIEH mediante el Acta n.º A02-72700942. Esta impugnación fue resuelta por el Tribunal en sesión celebrada el día 28 de septiembre de 2018.
En ejecución de esta resolución la Agencia Tributaria dictó la resolución que se ha acompañado como documento n.º 3, en la que se procede a realizar la liquidación del período de 2016 y lo hace conforme al criterio defendido por la actora en el recurso de ejecución contra las resoluciones a recurridas. Debe tenerse en cuenta que, tanto en este ejercicio como en los ejercicios que son objeto de recurso, la discusión sobre la regla de prorrata es idéntica.
Establece el artículo 35.1 c) de la Ley 39/2015, de 1 de octubre, del Procedimiento Administrativo Común de las Administraciones Públicas, que han de estar motivados, entre otros, aquellos actos administrativos
En nuestro caso la Administración y el TEAR se separan del criterio seguido en la liquidación y ejecución del ejercicio de 2016 sin motivarlo ni justificarlo debidamente. Es más, como se ha acreditado, aplica criterios diferentes en una ejecución y en otras, lo que supone una clara vulneración de los principios de igualdad y legalidad. Y por ello se viola el principio de igualdad del art. 14 de la Constitución y se incurre en una arbitrariedad, prohibida por el art. 9.3 de la Constitución. También se vulnera el principio de confianza legítima.
También tenemos que hablar de los actos propios de la Administración. Es doctrina constitucionalmente aceptada que una Administración no puede ir válidamente en contra de sus propios actos. En este sentido, cuando la Administración establece un criterio, da un trámite, un plazo o permite una actuación no puede posteriormente, amparándose en que dicho criterio, trámite o plazo es erróneo, desestimar las alegaciones o recurso presentado por el Administrado, ya que el error fue provocado por la propia Administración.
4º- Error en el cálculo del porcentaje de IVA deducible en las operaciones conjuntas; se ha aplicado una forma errónea para calcular la prorrata.
El TEAR en su resolución de 28 de septiembre de 2018 al resolver las reclamaciones nº 47/353/2015, nº 47/35572015 y nº 47/448/2017 considera que debe aplicarse el método de imputación de costes según se recoge y detalla en una auditoría externa, que fue aportada por la entidad, y realizada por la sociedad PricewaterhouseCoopers Auditores SL, sobre la imputación de cada una de las facturas individuales a los distintos centros de coste.
Pues bien, tomando en consideración los fundamentos señalados en las resoluciones del TEAR, la Oficina Gestora para la determinación del IVA soportado deducible considera que debe admitirse el 100% del IVA soportado en las operaciones sujetas y del soportado en las actuaciones comunes el porcentaje resultante de la prorrata.
Sin embargo, de forma completamente errónea para calcular el porcentaje de prorrata señala que en el numerador debe constar el importe de las operaciones sujetas y en el denominador el importe del total de las operaciones efectuadas en el periodo (sujetas, no sujetas y conjuntas). Esta afirmación es errónea puesto que el porcentaje de la prorrata aplicable calculado correctamente conforme a la resolución del TEAR debe ser calculado en función del método de imputación de costes, incluyendo:
en el numerador el importe de las operaciones sujetas.
en el denominador el importe de las operaciones sujetas y no sujetas.
Aplicando lo expuesto a nuestro caso concreto, los porcentajes de prorrata correctamente calculados para los años objeto de la resolución son los siguientes:
Estos porcentajes aplicados al importe de IVA soportado en operaciones conjuntas arroja los siguientes importes soportados y deducibles en dichas operaciones:
Una vez calculado correctamente el IVA deducible derivado de las operaciones conjuntas, este importe hay que añadirlo al IVA deducible derivado de las operaciones sujetas, de esta forma se obtiene un IVA deducible total para el periodo recurrido por importe de 1.576.017,65 €, que debe ser devuelto por la AEAT.
Lo expuesto concluye que existe una diferencia a favor del CENIEH, que es la diferencia entre el importe calculado en el acuerdo de ejecución y el importe calculado correctamente.
En cuanto a las reclamaciones correspondientes a los años 2.005 a 2.009, ambos inclusive, sucede lo mismo: de forma completamente errónea para calcular el porcentaje de prorrata señala que en el numerador debe constar el importe de las operaciones sujetas y en el denominador el importe del total de las operaciones efectuadas en el periodo (sujetas, no sujetas y conjuntas). Esta afirmación es errónea puesto que el porcentaje de la prorrata aplicable calculado correctamente conforme a la resolución del TEAR debe ser calculado en función del método de imputación de costes, incluyendo:
en el numerador el importe de las operaciones sujetas.
en el denominador el importe de las operaciones sujetas y no sujetas.
Aplicando lo expuesto a nuestro caso concreto, los porcentajes de prorrata correctamente calculados para los años objeto de la resolución son los siguientes:
Estos porcentajes aplicados al importe de IVA soportado en operaciones conjuntas arroja los siguientes importes soportados y deducibles en dichas operaciones:
Una vez calculado correctamente el IVA deducible derivado de las operaciones conjuntas, este importe hay que añadirlo al IVA deducible derivado de las operaciones sujetas, de esta forma se obtiene un IVA deducible total para el periodo recurrido por importe de 3.780.251,01 €, que debe ser devuelto por la AEAT.
El calculado erróneamente por la AEAT ascendía a 1.194.291,47 €.
Y el principio básico que preside el IVA, es el de neutralidad, habiendo acentuado con reiteración la jurisprudencia europea que
Ahora bien, la perseguida neutralidad en la resolución recurrido ha llegado a fracturase al incluirse en el denominador por parte de la AEAT operaciones y actividades conjuntas, a ambos tipos de operaciones (sujetas y no sujetas).
El objetivo de la neutralidad se pone de manifiesto la jurisprudencia europea cuando señala que la no inclusión de determinadas operaciones en el denominador de la fracción que se utiliza para el cálculo de la prorrata
Por parte del actuario y del Tribunal se aplica una redacción de una norma de forma retroactiva que resulta contraria a derecho. Se aplica para el cálculo de la prorrata del ejercicio de 2015, la actual redacción del artículo 93. Cinco de la Ley 37/1992, de 28 de diciembre, del Impuesto sobre el Valor Añadido, redacción dada por la Ley 9/2017, de 8 de noviembre y que únicamente tiene efectos desde el 10 de noviembre de 2017, y no resulta aplicable con carácter retroactivo en el ejercicio 2015 objeto de inspección.
Pues bien poniendo en relación esta modificación con el principio de neutralidad es por lo que queda acreditado que el cálculo de la prorrata se ha efectuado de forma indebida para los periodos recurridos, y por las operaciones conjuntas controvertidas deben excluirse del denominador del cálculo para evitar distorsiones en la aplicación de la prorrata.
5º- Existencia de una nueva y reciente jurisprudencia del Tribunal Supremo sobre el IVA de la investigación: deducibilidad del 100 %: nulidad de pleno derecho de las resoluciones recurridas.
Con fecha 15 de diciembre de 2.023, la Sección Segunda del Tribunal Supremo ha dictado dos sentencias con números 1.703/2.023 y 1.704/2.023 correspondientes a los recursos núms. 4.235/2.022 y 4.384/2.022, respectivamente, sobre lo que aquí se discute, esto es, la deducibilidad o no del IVA de la investigación.
En estas dos sentencias, el Tribunal Supremo deja claro que no existe más que un solo tipo de investigación, la INVESTIGACIÓN y no, como hace la Agencia Tributaria, una "investigación básica", en beneficio del conjunto de la sociedad y una "investigación aplicada", tendente a producir un efecto o un resultado inmediato en una industria o sector económico para el que se ha investigado "ad hoc". Según esta jurisprudencia, sólo existe una actividad económica, que es la INVESTIGACIÓN y sea cual sea el destinatario de la misma, el IVA es deducible al 100 %, por lo que no cabe la aplicación de la regla de prorrata en ningún caso.
Las conclusiones de esta sentencia son plenamente aplicables al caso que nos ocupa en el que el CENIEH sólo se dedica a la investigación. No desarrolla ninguna otra actividad, como la docencia. De hecho su propio nombre lo dice todo: Centro Nacional de Investigación sobre la Evolución Humana. Por lo tanto, el 100 % del IVA de la investigación es deducible.
Esta nueva jurisprudencia es absolutamente esencial para resolver el caso que nos ocupa, ya que desde el Tribunal Supremo se está reconociendo el hecho de la deducibilidad del todo el IVA de la investigación, lo que equivaldría a una prorrata del 100 %. Esto deja las resoluciones objeto de recurso en una situación de nulidad radical o absoluta, que puede ser aplicable de oficio por esta Sala.
La nulidad radical es predicable por aplicación del art. 47 a) y c) de la Ley 39/2015, de 1 de octubre, del Procedimiento Administrativo Común de las Administraciones Públicas.
No obstante lo anterior, si se entendiera que esta jurisprudencia no es aplicable al caso que nos ocupa porque hay unas resoluciones administrativas previas, dado el carácter revisor de la jurisdicción contencioso-administrativa, es evidente que debe estimarse el recurso y aplicar el criterio de prorrata que defiende la actora por ser el más cercano al 100 % de deducibilidad de las cuotas de IVA soportado.
Y la entidad actora en la demanda de los autos 1003/23 concreta que su alcance se dirige contra la resolución de 4 de agosto de 2023 de la Sala del Tribunal Económico Administrativo Regional de Castilla y León. En esta resolución se desestiman los recursos de anulación presentados el 28 de septiembre de 2.019 contra las resoluciones del TEAR que desestimaban la impugnación de los acuerdos de ejecución de la Agencia Tributaria de las previas resoluciones del TEAR. Esta resolución se dicta como consecuencia de la devolución desde el Tribunal Económico Administrativo Central de Madrid de los expedientes, al entender que no cabía el recurso de alzada que el TEAR de Valladolid dio a la parte actora tras resolver con anterioridad los mismos recursos de anulación. El TEA Central obliga al TEA Regional de Valladolid a notificar nuevamente la resolución desestimatoria sobre el fondo del asunto y la desestimatoria de los recursos de anulación indicando correctamente los recursos procedentes. Sin embargo, esta resolución sólo resuelve los recursos de anulación, existiendo otra de la misma fecha (que ha dado origen al procedimiento 1002/2023 en esa misma Sala) en que se notifican las resoluciones desestimatorias sobre el fondo del asunto. Por lo tanto, el TEA Regional de Valladolid ha separado con dos resoluciones diferentes el fondo del asunto y los recursos de anulación. Por este motivo, se ha interesado la acumulación de ambos procesos. A continuación, reitera los mismos hechos, fundamentos de derecho y suplico que la demanda de los autos nº 1002/23.
La Abogacía del Estado se opone a la demanda alegando que constituyendo el objeto de este procedimiento las Resoluciones del TEAR por las que se desestiman los recursos contra la ejecución interpuestos por la entidad ahora recurrente contra los acuerdos dictados por la AEAT ante la estimación parcial de las reclamaciones interpuestas en su día por el concepto del IVA correspondiente a los periodos de 2010 a 2012, 2013 y 2015, resulta aplicable el art. 241 TER LGT y debe tenerse en cuenta que el ámbito del recurso contra la ejecución no es el enjuiciamiento de la validez del originario acto de liquidación dictado, siendo inadmisible el planteamiento en este recurso de todas aquellas cuestiones que se planteen sobre temas ya decididos por la resolución que se ejecuta o sobre temas que hubieran podido ser planteados en la reclamación cuya resolución se ejecuta.Por ello el objeto de esta litis ha de quedar limitado a la única y concreta cuestión que ha surgido con ocasión de la ejecución de las Resoluciones del TEAR y que no ha sido objeto de debate en las Resoluciones principales: la determinación del porcentaje de las cuotas soportadas que pueden ser deducidas respecto de las actuaciones conjunta a las actividades sujetas y no sujetas; porcentaje que es determinado por la AEAT a través de una fracción en cuyo numerador se incluye el coste de las operaciones sujetas y en su denominador el coste total de las operaciones efectuadas en el periodo en cuestión (es decir: sujetas, no sujetas y conjuntas); y por la recurrente incluyendo igualmente en el numerador el importe de las operaciones sujetas pero en el denominador el importe de las operaciones sujetas y no sujetas, excluyendo las comunes. Y el principio que ha de presidir en la cuantificación y determinación de las cuotas soportadas de IVA que pueden de ser deducidas por una entidad (como ahora el CENIEH) que desarrolla actividades sujetas y no sujetas a IVA es el de neutralidad fiscal. Y el criterio que más respeta este principio es precisamente el que utiliza la AEAT, que considera que la cuantía de las cuotas deducibles debe estar correlacionado con el importe de las cuotas repercutidas por el sujeto pasivo como consecuencia de las operaciones sujetas al impuesto, lo que se consigue teniendo en cuenta el porcentaje que dichas operaciones sujetas representan sobre el "conjunto de la total actividad" de la entidad (operaciones sujetas, no sujetas, y comunes), y no solo sobre una parte de sus actividades (operaciones sujetas y no sujetas) como pretende la recurrente. Como razona el TEAR en su resolución, la actual redacción del artículo 93. Cinco de la Ley 37/1992, de 28 de diciembre, del Impuesto sobre el Valor Añadido; aunque no resulte aplicable por razones temporales, puede arrojar algo de luz sobre la cuestión que nos ocupa, habiendo aclarado las reglas para la determinación de las cuotas deducibles en entidades que desarrollan actividades sujetas conjuntamente con otras no sujetas al impuesto. Así, la Ley 9/2017, de 8 de noviembre, ha modificado con efectos desde el 10 de noviembre de 2017 el apartado cinco del artículo 93 de la Ley del IVA y, como señala su preámbulo, tiene por objetivo "facilitar la determinación del régimen de deducción de las entidades del sector público que realizan simultáneamente operaciones sujetas y no sujetas al Impuesto", incluyendo ahora dicho precepto un segundo párrafo en el que se establece que "a estos efectos, podrá atenderse a la proporción que represente el importe total, excluido el Impuesto sobre el Valor Añadido, determinado para cada año natural, de las entregas de bienes y prestaciones de servicios de las operaciones sujetas al Impuesto, respecto del total de ingresos que obtenga el sujeto pasivo en cada año natural por el conjunto de su actividad". Luego el legislador, siguiendo el principio de neutralidad financiera, a los efectos de determinar la proporción de cuotas deducibles correspondientes a entidades del sector público que realizan simultáneamente operaciones sujetas y no sujetas, propone un método en la Ley del IVA en el que considera en el denominador de la fracción "el conjunto de su actividad", y no solo una parte de ella. En la medida en que este criterio es justamente el aplicado por la Inspección de los tributos en los acuerdos ahora impugnados en ejecución de las Resoluciones anteriores, deben ser confirmados.
El artículo 241 bis, sobre recurso de anulación, de la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria, establece que:
Alega la parte actora que en la motivación de la resolución únicamente se indica que considera que el criterio de la oficina gestora se ajusta más al principio de neutralidad, que el criterio que sostiene esa parte en su reclamación. Pero dicha resolución es incongruente porque la única motivación que se aporta para aceptar el criterio de la Administración es que, aplicando la actual redacción (dada por la Ley 9/2017, de 8 de noviembre) del artículo 93. Cinco de la Ley 37/1992, de 28 de diciembre, del Impuesto sobre el Valor Añadido, dicho criterio es correcto. Y en este mismo sentido el propio Tribunal económico-administrativo señala que dicha redacción no es aplicable a nuestro caso, por ser una modificación de la norma posterior.
Sin embargo, por las propias razones recogidas en la resolución de TEAR que desestima el recurso de anulación se está en el caso de rechazar por la sala esta cuestión pues no concurre la incongruencia (completa y manifiesta) interna de la resolución alegada dado que la resolución impugnada no aplica una norma no vigente de forma restrictiva, sino que se remite a ella como criterio interpretativo.
Todo ello sin perjuicio de entrar en el análisis de la propia Resolución del TEAR de 31 de agosto de 2021 dictada en las reclamaciones núm. 47/1934/19, 47/1935/19 y 47/1936/2019, y ello al disponer el apartado 6 del artículo 241 bis que
Con carácter previo debe tenerse en cuenta que la Resolución de fondo impugnada resuelve un recurso contra la ejecución.
Constituye el objeto de este procedimiento los acuerdos con número de referencia 2019GRT00000807M, 2019GRT00000808C y 2019GRT00000805K adoptados por la Sra. Inspectora Regional Adjunta de la Delegación Especial de la AEAT de Castilla y León en relación con el Impuesto sobre el Valor Añadido de los ejercicios 2010 a 2012, 2013 y 2015, respectivamente, y dictados en cumplimiento de las resoluciones estimatorias en parte del TEAR de fecha 28 de septiembre de 2018 en las reclamaciones económico-administrativas número 47-00353-2015, 47-00355-2015 y 47-00448-2015. En estas Resoluciones se admitió que es el propio sujeto pasivo quien puede determinar el criterio de reparto de las cuotas comunes entre las actividades económicas y no económicas que realiza, exigiendo como único requisito que dicho criterio resulte razonable y se aplique de forma homogénea en el tiempo; se acepta el método propuesto por la reclamante de distribución de las cuotas basadas en los costes reales de las actividades, no resultando de obligatoria aplicación el método de reparto empleado por la inspección.
En cumplimiento de esta Resolución se anularon los acuerdos de liquidación y tras la correspondiente tramitación se dictaron nuevos acuerdos y se procedió a la distribución de los costes entre las áreas de actividad sujetas, las áreas de actividad no sujetas y las áreas de afectación conjunta a ambas actividades. Tras ello, la AEAT considera que deben admitirse como cuotas deducibles el 100% de las soportadas en las operaciones sujetas y, además, un porcentaje de las cuotas soportadas en las actuaciones conjuntas; porcentaje que es determinado a través de una fracción en cuyo numerador se incluye el coste de las operaciones sujetas y en su denominador el coste total de las operaciones efectuadas en el periodo en cuestión (es decir: sujetas, no sujetas y conjuntas).
La recurrente discrepa de la determinación de este segundo porcentaje, considerando que debe ser calculado incluyendo en el numerador el importe de las operaciones sujetas y en el denominador el importe de las operaciones sujetas y no sujetas, excluyendo las comunes.
Pues bien, debe tenerse en cuenta que dispone el art. 241 TER de la LGT lo siguiente:
Conforme a la disposición anterior resulta que el ámbito del recurso contra la ejecución no es el enjuiciamiento de la validez del originario acto de liquidación dictado, siendo inadmisible el planteamiento en este recurso de todas aquellas cuestiones que se planteen sobre temas ya decididos por la resolución que se ejecuta o sobre temas que hubieran podido ser planteados en la reclamación cuya resolución se ejecuta.
Por ello el objeto de esta litis ha de quedar limitado a la única y concreta cuestión que ha surgido con ocasión de la ejecución de las Resoluciones del TEAR: la determinación del porcentaje de las cuotas soportadas que pueden ser deducidas respecto de las actuaciones conjunta a las actividades sujetas y no sujetas; porcentaje que es determinado por la AEAT a través de una fracción en cuyo numerador se incluye el coste de las operaciones sujetas y en su denominador el coste total de las operaciones efectuadas en el periodo en cuestión (es decir: sujetas, no sujetas y conjuntas); y por la recurrente incluyendo igualmente en el numerador el importe de las operaciones sujetas pero en el denominador el importe de las operaciones sujetas y no sujetas, excluyendo las comunes.
Por consiguiente, no cabe plantear en esta fase de ejecución las nuevas cuestiones alegadas en la demanda con relación a la nueva y reciente jurisprudencia del TS sobre el IVA de la investigación (alega la actora que según esta jurisprudencia, solo existe una actividad económica, que es la investigación y sea cual sea el destinatario de la misma el IVA es deducible al 100% por lo que no cabe la aplicación de la regla de la prorrata en ningún caso).
Tampoco cabe ampliar el objeto del debate respecto de otras actuaciones seguidas por el TEAR en relación con el expediente n.º 00-9050-2022 (correspondiente a las liquidaciones de IVA de los años 2005 a 2009)que ha tenido una tramitación separada, y que con independencia de que se haya podido dictar en relación al mismo por el TEAC (reclamación 9050-2022,doc. 2 de la demanda) en fecha 19 de julio de 2023 una resolución semejante a la dictada por el TEAC (reclamación 5714-2022, doc.1 de la demanda)en relación con los otros expedientes acumulados 47/353/2015, 47/355/2015 y 47/448/2015, correspondientes al IVA de los ejercicios 2010 a 2012, 2013 y 2015 que son el objeto de este proceso, como se identifica en la resoluciones impugnadas del TEAR de fecha 4 de agosto de 2023,y en los escritos iniciales de interposición del recurso, resulta que las circunstancias alegadas en la demanda sobre la falta de nueva notificación por el TEAR, del acuerdo inicial recurrido en alzada ante el TEAC son ajenas a este litigio.
Tal como alega la actora en la demanda las resoluciones del TEAR de fecha 28 de septiembre de 2018 aceptaron el método de cálculo planteada por la reclamante sobre el grado de deducción de las cuotas soportadas en común por actividades tanto sujetas como ajenas al ámbito del IVA, método de distribución de las cuotas basado en los costes reales de las actividades.
Así, el Tribunal Económico-Administrativo Regional de Castilla-León con fecha 28 de septiembre de 2018, en la Reclamación nº 47/00448/2017, y también en los procedimientos núms. 47/00353/2015 y 47/00355/2015 dictó resolución, en la que se estimaba en parte las pretensiones planteadas por la ahora recurrente, ordenando la devolución del expediente para su correcta ejecución. Dice en su fallo:
Y respecto del cálculo efectuado por el CENIEH decía expresamente en la página 15, (47/00353/2015 y 47/00355/2015) inmediatamente antes del hecho sexto, lo siguiente:
Y justificaba la estimación de esta pretensión en los siguientes razonamientos:
A este respecto, ambas partes coinciden en los principios que deben determinar la deducción de las cuotas soportadas. Las partes comparten que las cuotas correspondientes a áreas vinculadas a las operaciones no sujetas no determinan el derecho a la deducción, mientras que sí tendrán carácter deducible las cuotas destinadas a la realización de operaciones sujetas y, finalmente, que las cuotas correspondientes a bienes y servicios destinados en común a ambos tipos de operaciones, sujetas y no sujetas, serán deducibles en el porcentaje en que se consideren destinados a la realización de las operaciones sujetas.
Es precisamente este último aspecto, en concreto el modo de determinar ese porcentaje de deducción de las cuotas comunes, el que constituye el objeto de controversia.
En síntesis, la reclamante pretende que dicho porcentaje de deducción se determine en función del coste real que soporta cada tipo de operaciones, mientras que la Inspección de los tributos establece en el acuerdo de liquidación que dicho porcentaje debe venir dado por la relación entre el importe total de las entregas de bienes y prestaciones de servicios sujetas al impuesto y el importe de la totalidad de los ingresos que obtiene la entidad, incluida la dotación presupuestaria pública que recibe.
Como cuestión previa, debemos compartir con la reclamante que la regla de prorrata a que se refiere la Ley del IVA sólo opera dentro de las operaciones sujetas al impuesto, en concreto cuando se realizan simultáneamente operaciones gravadas y exentas, mientras que en el caso que nos ocupa la cuestión controvertida versa sobre el grado de deducción de las cuotas soportadas en común en actividades tanto sujetas como ajenas al ámbito del IVA. En este sentido, el Tribunal de Justicia de la Unión Europea, entre otras, en su Sentencia de 16 de julio de 2015 (Asunto núms. C-108/14 y C-109/14), señala que el régimen de deducción previsto en el artículo 17, apartado 5, de la Sexta Directiva, esto es, el relativo a la regla de prorrata, "se aplica únicamente en los supuestos en que los bienes y servicios son utilizados por el sujeto pasivo para realizar indistintamente operaciones económicas con derecho a deducción y operaciones económicas que no conlleven tal derecho, es decir, cuando se trate de bienes y servicios de uso mixto. Los Estados miembros sólo pueden aplicar alguno de los métodos de deducción contemplados en el artículo 17, apartado 5, párrafo tercero, de la citada Directiva en lo que respecta a tales bienes y servicios ( sentencia Portugal Telecom, C-496/11, EU:C:2012:557, apartado 40)", insistiendo en esta idea en el apartado 27 de la Sentencia al indicar que "Las normas contenidas en el artículo 17, apartado 5, de la Sexta Directiva se refieren al IVA soportado que grava gastos relacionados exclusivamente con operaciones económicas", y diferenciando seguidamente la situación expuesta de la que acontece en el caso del reparto de las cuotas soportadas entre actividades económicas y no económicas, en relación con la cual indica lo siguiente:
"27... La determinación de los métodos y de los criterios de reparto de las cuotas soportadas de IVA entre actividades económicas y actividades no económicas en el sentido de la Sexta Directiva está comprendida dentro de la facultad de apreciación de los Estados miembros, los cuales, en el ejercicio de dicha facultad, deben tener en cuenta la finalidad y la estructura de esa Directiva y, con ese objeto, han de establecer un método de cálculo que refleje objetivamente la parte de los gastos soportados que es realmente imputable a cada una de esas dos actividades ( sentencias Securenta, C-437/06, EU:C:2008:166, apartados 33 y 39, y Portugal Telecom, C-496/11, apartado 42)".
De igual modo, debemos compartir con la reclamante que la Ley 3/2006 excluyó de forma expresa, y para todo tipo sujetos pasivos, la inclusión en el denominador de la prorrata de las subvenciones no vinculadas al precio de las operaciones.
Sin embargo, la imprecisión en que a juicio de este Tribunal se incurre en el acuerdo de liquidación, no tanto al identificar el porcentaje de deducción que aplica a las cuotas soportadas en común con el término de "prorrata", sino más bien al remitir para su determinación a la regulación contenida en el articulo 104 de la Ley del IVA, no debe dar lugar a su anulación, pues en el fondo lo que ha venido a querer determinar la Inspección de los tributos es el porcentaje o proporción en que las cuotas comunes deben considerarse afectas a las actividades económicas del Centro, siendo además esta regularización comprendida por la reclamante que defiende la aplicación de un método diferente de imputación y, por tanto, evidenciando la falta de indefensión que esta situación le ha generado.
Establecida la precisión anterior, debemos establecer el marco que debe regular el reparto de las cuotas soportadas en común entre las actividades económicas y no económicas partiendo para ello de los criterios contenidos en la Sentencia del Tribunal de Justicia de la Unión Europea de Sentencia de 13 de marzo de 2008(Asunto n 0 C-437/06 , Securenta). En esta Sentencia el Tribunal sienta en primer lugar que
Y conforme a los anteriores razonamientos de las resoluciones del TEAR de 28 de septiembre de 2018, que figuran incorporados a los autos como documentos 5 y 6 de la demanda procede la estimación del recurso, pues se parte de la naturaleza dual del Centro recurrente que realiza actividades económicas y no económicas, por lo que no son aplicables las normas de la prorrata del IVA, como recoge la doctrina de la jurisprudencia aplicable del TJUE (sentencia de 13 de marzo de 2008, Asunto nº C-437 Securenta)y la normativa del IVA aplicable, incluso se refiere a la posterior Ley 9/2017, de 8 de noviembre, que ha modificado con efectos desde el 10 de noviembre de 2017 el apartado cinco del artículo 93 de la Ley del IVA, y en cuyo criterio interpretativo se basan las resoluciones del TEAR impugnadas.
Además la Sala considera que el método de cálculo planteada por la reclamante sobre el grado de deducción de las cuotas soportadas en común por actividades tanto sujetas como ajenas al ámbito del IVA, método de distribución de las cuotas basado en los costes reales de las actividades, es el que más respeta el principio de neutralidad del IVA recogido en la aplicación de la Sexta Directiva europea; y respecto al grado de deducción de las cuotas soportadas en común en actividades tanto sujetas como ajenas al ámbito del IVA se reitera la consideración de la citada STJUE de 13 de marzo de 2008(Asunto nº C-437/06) transcrita en la resolución del TEAR impugnada (47-1934) :...
Y como decíamos el método de cálculo defendido por la actora consideramos que el más respetuoso con el principio de neutralidad del IVA. Así, el porcentaje para el cálculo de las actividades comunes a las actividades sujetas y no sujetas se debe realizar con la fórmula del numerador con el coste de las actividades sujetas y el denominador con el coste de las actividades sujetas + el coste de las actividades no sujetas.
No tiene sentido poner en el denominador el coste de las actividades comunes porque con la prorrata se trata de calcular la parte del IVA soportado por las actividades generales que es deducible, en la medida que se dedica a dar soporte a las actividades sujetas. Estas actividades generales o comunes son actividades de soporte, de apoyo a las actividades sujetas y no sujetas.
Se estima parcialmente las demandas origen de estos autos.
De conformidad con lo dispuesto en el artículo 139 de la LJCA, en su redacción dada por la Ley 37/2011, de 10 de octubre, vigente desde el 31 de octubre de 2011, estimado en parte el recurso no procede realizar expresa imposición de las costas del proceso.
VISTOS los artículos citados y demás de general y pertinente aplicación,
ESTIMAR PARCIALMENTE el recurso contencioso-administrativo interpuesto por el Consorcio Centro Nacional de Investigación de la Evolución Humana contra la resolución de 4 de agosto de 2023 del Tribunal Económico-Administrativo Regional de Castilla y León, Sala de Valladolid dictada en la reclamación núm. 47-01934-2019 (acumuladas las 47-1935-2019 y 47-01936) contra la ejecución en relación con el IVA de los ejercicios 2010 a 2012, 2013 y 2015, liquidación; y frente a la resolución del 4 de agosto de 2023 del Tribunal Económico-Administrativo Regional de Castilla y León, Sala de Valladolid (reclamación núm. 47-01934-2019-50 (acumuladas las 47-1935-2019-50 y 47-01936-50) que desestima el recurso de anulación interpuesto contra la resolución del TEAR de 31 de agosto de 2021 dictada en las reclamaciones contra la ejecución núm. 47-01934-2019, 47-1935-2019 y 47-01936. Y ANULAMOS PARCIALMENTE ambas resoluciones por su disconformidad con el ordenamiento jurídico y acordamos que en la ejecución de la resolución administrativa dictada en su día, se establezca que el porcentaje de la prorrata aplicable en función del método de imputación de costes debe calcularse incluyendo en el numerador el importe del coste de las operaciones sujetas y en el denominador solamente el importe del coste de las operaciones sujetas y no sujetas; y desestimamos las restantes pretensiones de la demanda. No se efectúa expresa imposición de las costas del recurso.
Llévese testimonio de esta resolución a los autos principales, dejando el original en el libro correspondiente.
La presente sentencia es susceptible de recurso de casación ante la Sala de lo Contencioso-administrativo del Tribunal Supremo de conformidad con lo previsto en el artículo 86 de la LJCA cuando el recurso presente interés casacional objetivo para la formación de jurisprudencia; mencionado recurso se preparará ante esta Sala en el plazo de treinta días siguientes a la notificación de la sentencia y en la forma señalada en el artículo 89.2 de la LJCA.
Así, por esta sentencia, lo pronunciamos, mandamos y firmamos.
La difusión del texto de esta resolución a partes no interesadas en el proceso en el que ha sido dictada sólo podrá llevarse a cabo previa disociación de los datos de carácter personal que los mismos contuvieran y con pleno respeto al derecho a la intimidad, a los derechos de las personas que requieran un especial deber de tutelar o a la garantía del anonimato de las víctimas o perjudicados, cuando proceda.
Los datos personales incluidos en esta resolución no podrán ser cedidos, ni comunicados con fines contrarios a las leyes.
Fallo
ESTIMAR PARCIALMENTE el recurso contencioso-administrativo interpuesto por el Consorcio Centro Nacional de Investigación de la Evolución Humana contra la resolución de 4 de agosto de 2023 del Tribunal Económico-Administrativo Regional de Castilla y León, Sala de Valladolid dictada en la reclamación núm. 47-01934-2019 (acumuladas las 47-1935-2019 y 47-01936) contra la ejecución en relación con el IVA de los ejercicios 2010 a 2012, 2013 y 2015, liquidación; y frente a la resolución del 4 de agosto de 2023 del Tribunal Económico-Administrativo Regional de Castilla y León, Sala de Valladolid (reclamación núm. 47-01934-2019-50 (acumuladas las 47-1935-2019-50 y 47-01936-50) que desestima el recurso de anulación interpuesto contra la resolución del TEAR de 31 de agosto de 2021 dictada en las reclamaciones contra la ejecución núm. 47-01934-2019, 47-1935-2019 y 47-01936. Y ANULAMOS PARCIALMENTE ambas resoluciones por su disconformidad con el ordenamiento jurídico y acordamos que en la ejecución de la resolución administrativa dictada en su día, se establezca que el porcentaje de la prorrata aplicable en función del método de imputación de costes debe calcularse incluyendo en el numerador el importe del coste de las operaciones sujetas y en el denominador solamente el importe del coste de las operaciones sujetas y no sujetas; y desestimamos las restantes pretensiones de la demanda. No se efectúa expresa imposición de las costas del recurso.
Llévese testimonio de esta resolución a los autos principales, dejando el original en el libro correspondiente.
La presente sentencia es susceptible de recurso de casación ante la Sala de lo Contencioso-administrativo del Tribunal Supremo de conformidad con lo previsto en el artículo 86 de la LJCA cuando el recurso presente interés casacional objetivo para la formación de jurisprudencia; mencionado recurso se preparará ante esta Sala en el plazo de treinta días siguientes a la notificación de la sentencia y en la forma señalada en el artículo 89.2 de la LJCA.
Así, por esta sentencia, lo pronunciamos, mandamos y firmamos.
La difusión del texto de esta resolución a partes no interesadas en el proceso en el que ha sido dictada sólo podrá llevarse a cabo previa disociación de los datos de carácter personal que los mismos contuvieran y con pleno respeto al derecho a la intimidad, a los derechos de las personas que requieran un especial deber de tutelar o a la garantía del anonimato de las víctimas o perjudicados, cuando proceda.
Los datos personales incluidos en esta resolución no podrán ser cedidos, ni comunicados con fines contrarios a las leyes.

